一、皱纹盘鲍组织培养研究(论文文献综述)
张雯雯[1](2021)在《海水碳酸盐体系变化对两种经济贝类关键生理活动的影响》文中研究表明海水碳酸盐体系在全球碳循环中发挥着重要作用。随着大气CO2浓度的升高,表层海水pH相比工业革命前已下降了0.1个单位,[HCO3-]、[CO32-]和碳酸钙饱和度等碳酸盐化学参数也随之改变。近岸海域由于人类活动和陆地径流的影响,碳酸盐体系更加复杂多变,这种变化与温度和重金属等其他环境因子相互叠加时,极易对近岸养殖生物产生影响,研究海水碳酸盐体系的改变对海产经济贝类的生理影响具有重要生态和经济意义。本文运用生理指标测定、扫描电镜和拉曼光谱等多种表征手段,以北方主要养殖贝类皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)为研究对象,采用实验生态学和现场调查相结合的方法,研究了:1)酸化与升温或重金属胁迫对贝类耗氧率等生理指标的影响;2)海水碳酸盐体系化学参数的改变对皱纹盘鲍早期胚胎发育的影响,以及成鲍在低碳酸盐体系海水中的钙化特征;3)大规模贝藻综合养殖海域海水碳酸盐体系时空变化规律及其与养殖活动的关系。研究明晰了海水碳酸盐体系在贝类生理中的重要作用,认知了大规模贝藻养殖对海水碳酸盐体系的调控能力,阐明了多营养层次综合养殖(IMTA)模式在缓解海洋酸化方面的潜力。主要研究结果如下:1.海水酸化与升温对皱纹盘鲍幼虫呼吸代谢的影响测定了自然海水和酸化海水(pHT 7.8和7.5)中皱纹盘鲍担轮幼虫和面盘幼虫在连续升温过程(20、22、24、26、28和30℃)中的耗氧率。结果表明,随着温度的升高,自然海水中担轮幼虫和面盘幼虫的耗氧率均呈现下降-上升-下降的趋势,耗氧率范围分别为5.20-7.97ng·ind-1·h-1和7.29-10.59ng·ind-1·h-1,最高值均出现在28℃。酸化和升温的交互作用仅对面盘幼虫影响显着。2种幼虫在不同温度(22、28℃)和酸化处理下的排氨率差异显着。2.海水酸化与重金属(Cu、Cd)对菲律宾蛤仔的生理影响以自然海水(pHT8.1)为对照,采用静态急性毒性实验方法,研究了不同酸化条件下(pHT 7.7和7.3),菲律宾蛤仔耗氧率(OR)、滤水率(FR)和心率对重金属铜(Cu:0、0.06和0.60 mg·L-1)和镉(Cd:0、0.03和0.30 mg·L-1)胁迫的生理响应。结果显示,Cu胁迫显着降低蛤仔的OR、FR和心率(P<0.05)。Cd胁迫对蛤仔OR和FR无显着影响(P>0.05),但0.30 mg·L-1 Cd导致蛤仔心率升高。酸化胁迫对蛤仔的OR和FR无显着影响(P>0.05),但在pHT为7.3的海水中,蛤仔心率出现短暂下降并快速恢复的现象。实验中未发现短期酸化胁迫与Cu/Cd对蛤仔生理的交互作用。3.皱纹盘鲍幼虫发育对海水碳酸盐体系的响应通过改变总碱度(TA)和溶解无机碳(DIC)改变海水碳酸盐体系,形成了一系列不同水平的pHT、pCO2、[HCO3-]、[CO32-]和文石饱和度(Ωarag),并研究了这些参数对皱纹盘鲍幼虫早期胚胎发育的影响。结果表明,鲍幼虫的软体部发育受到pCO2和pH的显着影响,当pCO2>1872.80μatm时担轮幼虫孵化率低于80%;在受精卵发育至担轮幼虫这一阶段,pHT7.4时幼虫畸形率可达100%。在担轮幼虫发育至面盘幼虫阶段,[CO32-]与胚壳钙化(壳长、壳厚)正相关。另外,在Ωarag>1的海水中,当pCO2≥1872.80μatm时幼虫胚壳表面出现孔洞。4.皱纹盘鲍成鲍钙化对低碳酸盐海水环境的响应控制pHT在自然海水水平,通过降低TA(385.5μmol·kg-1)营造pCO2、[HCO3-]、[CO32-]极低且Ωarag<1的低碳酸盐海水环境,研究了皱纹盘鲍成鲍的钙化情况。将玻片插入鲍外套膜和贝壳之间,养殖一段时间后通过扫描电镜、元素分析和拉曼光谱三种手段检查玻片表面Ca CO3沉积情况。结果显示,对照组和实验组的鲍均可正常分泌有机基质,养殖第8天后对照组已有文石生成,而实验组仅出现有机基质的加厚,未形成文石晶体,且贝壳表面被海水腐蚀。成鲍贝壳形成极度依赖海水碳酸盐体系5.规模化贝藻养殖对桑沟湾海水碳酸盐体系的影响在2019年5月到9月进行了5个航次调查,研究了典型养殖海湾——桑沟湾海水碳酸盐体系的时空变化规律。结果表明,大规模贝藻养殖(IMTA)是桑沟湾海水碳酸盐体系变化的重要生物学驱动力。当5月份养殖海带达到最高生物量时,海带养殖区和湾外海水之间的最大ΔDIC,ΔpCO2和ΔpHT分别为-156μmol·kg-1,-102μatm和0.15。贝类养殖显着降低了海水中的TA,尽管贝类的呼吸作用使海水pCO2升高、pHT降低,但贝类养殖区的海水DIC明显减少,表明贝类养殖区发生了碳酸钙的快速沉积。结果表明,海带养殖改变了碳酸盐系统,可能有利于贝类的钙化,并在未来的海洋酸化情境中为这些钙化物种提供避难所。
陈守峰[2](2021)在《鱼类和贝类脯氨酰内肽酶的比较分析》文中进行了进一步梳理脯氨酰内肽酶(Prolyl endopeptidase,PEP,EC3.4.21.26)是属于丝氨酸蛋白酶家族中一类特殊的蛋白酶,通过特异性分解长度小于33个氨基酸并含有脯氨酸残基的寡肽参与学习和记忆,细胞增殖和分化,葡萄糖代谢等许多生物过程。然而,相较于哺乳动物PEP,对水产动物PEP的研究相对较少,PEP在水产动物中的功能尚不明确,不同水产动物PEP之间是否存在差异性也有待研究。本研究以海水鱼日本真鲈(Lateolabrax japonicus)、淡水鱼鲢鱼(Hypophthalmichthys molitrix)和贝类皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)为主要研究对象,分析鱼类和贝类中PEP的性质和结构差异。前期研究中,发现鲈鱼和鲢鱼肌肉中存在PEP,但贝类PEP的研究尚未报道。试验发现,皱纹盘鲍PEP在性腺中的酶活力最高。因此,利用硫酸铵分级沉淀以及连续柱层析方法,从鲈鱼肌肉、鲢鱼肌肉和皱纹盘鲍性腺分离纯化PEP,分子量分别为84 k Da、80 k Da和82 k Da,表明PEP的分子量在不同物种间存在差异。酶学性质研究发现,鲈鱼和鲢鱼PEP的最适温度为35°C,而皱纹盘鲍PEP为25°C,三种PEP的最适p H均为6.0,表明PEP是一种低温偏酸性的酶。底物特异性和蛋白酶抑制剂对PEP活性的影响实验结果表明,PEP属于丝氨酸蛋白酶家族中一类特殊的蛋白酶。荧光定量PCR结果表明,PEP在鱼类脑组织中和皱纹盘鲍性腺组织中表达水平最高。进一步分析PEP在皱纹盘鲍雌雄性腺发育过程中的表达水平,PEP在雌性性腺成熟后期的表达量最高,在雄性性腺发育的生长中期表达量达到最大值。PEP在皱纹盘鲍性腺发育不同时期表达量的差异,表明PEP可能参与到皱纹盘鲍性腺发育过程。为了进一步比较三种PEP氨基酸序列的差异性,本研究克隆得到鲢鱼PEP的开放阅读框,全长2223 bp,共编码741个氨基酸残基。与前期已报道的鲈鱼、皱纹盘鲍PEP序列综合比较分析发现,鲈鱼和鲢鱼PEP在N端比皱纹盘鲍多编码了35个氨基酸残基。鲈鱼与皱纹盘鲍PEP的同源性为58.7%,鲢鱼与皱纹盘鲍PEP的同源性为58.97%,鲈鱼与鲢鱼PEP的同源性则高达98.65%。经预测,鲈鱼PEP的理论分子量84.1 k Da,等电点5.91,包含91个带负电氨基酸和76个带正电氨基酸。鲢鱼PEP的理论分子量84.2 k Da,等电点5.93,开放阅读框全长中包含99个带负电氨基酸,77个带正电氨基酸。皱纹盘鲍PEP的理论分子量80.3 k Da,等电点5.55,包含95个带负电氨基酸和75个带正电氨基酸。同源建模结果表明,鲈鱼和鲢鱼PEP在结构上与皱纹盘鲍PEP晶体结构(PDB:6JYM)相似,包括一个典型的催化三联体结构,具有丝氨酸蛋白酶家族的典型特征。PEP蛋白结构呈现典型的α/β蛋白酶特征,由催化结构域和β-螺旋桨两个结构组成。为研究PEP内源性抑制剂对PEP性质和结构的影响,采用热处理、硫酸铵盐析和连续柱层析方法,从皱纹盘鲍性腺中得到PEP的内源性抑制剂(Prolyl endopeptidase Inhibitor,PEPI)。SDS-PAGE和PAS染色结果表明,PEPI是分子量为12 k Da的糖蛋白。PEPI属于可逆的竞争性抑制剂,在40-90°C和p H 5-12的范围内能够保持80%的抑制活性,对热和p H稳定性强。在PEPI存在下,混合后蛋白的(α+β)结构总含量较PEP下降了2.7%,PEP的热变性温度由52°C提高至65°C,表明PEP与抑制剂混合之后,PEP-PEPI复合物在热变性过程中构象的稳定性得到了提高。本研究较为详细地比较了鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍PEP的酶学性质,克隆得到鲢鱼PEP的ORF序列,比较了三种PEP氨基酸序列、二级和三级结构的差异,进一步分析了PEP在鲈鱼和皱纹盘鲍不同组织中表达水平的差异,为深入探究PEP在水产动物中的功能性差异建立理论基础。PEP与PEPI作用机理的研究,为今后探究水产动物PEPI对PEP的调控机制提供了重要参考。
张明辉[3](2021)在《皱纹盘鲍基质金属蛋白酶1及组织抑制剂的研究》文中认为自溶(autolysis),是指当机体受到物理、化学和生物因素等刺激后,诱发自身酶系破坏自身组织结构,最终导致肌肉软化发生的过程,细胞外基质(Extracellular matrix,ECM)的降解是肌肉软化的重要因素。ECM的主要成分是胶原蛋白,其中I型胶原蛋白占总胶原蛋白的80-90%。由于基质金属蛋白酶(Matrix metalloproteinases,MMPs)能特异性降解胶原蛋白,且MMPs的活性受到金属蛋白酶组织抑制剂(Tissue inhibitors of metalloproteinases,TIMPs)的精准调控,表明它们在自溶过程中发挥重要作用。本研究以皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)为研究对象,利用基因工程手段获取MMP-1和TIMP重组蛋白,分析它们的理化性质以及二者之间的相互作用关系,探索它们在I型胶原蛋白降解过程中的功能,并揭示它们参与鲍鱼自溶的机理。首先,检测了皱纹盘鲍死后不同时间肌肉匀浆液对I型胶原蛋白的降解情况,结果表明MMPs家族中的胶原酶参与了皱纹盘鲍死后的肌肉自溶过程。利用大肠杆菌原核表达系统表达重组MMP1催化结构域(recombinant MMP1c,rMMP1c)蛋白,通过尿素梯度法成功从包涵体中复性得到高纯度和高酶活力的rMMP1c。rMMP1c的最适温度和p H分别为37℃和7.0,具有良好的热稳定性和p H稳定性,热变性温度(Tm)为67.0±0.9℃。低浓度下,金属蛋白酶抑制剂(EDTA,1,10-phenanthroline)能完全抑制rMMP1c的活性;金属离子Ba2+、Ca2+、Mg2+都对rMMP1c蛋白酶的活性有明显的激活作用,其中,Ca2+的激活作用最显着。利用人胚胎肾HEK 293F悬浮细胞表达重组TIMP(rTIMP)蛋白,其对rMMP1c有较好的抑制活性。rTIMP具有良好热稳定性和p H稳定性,其Tm值为73.1±0.6℃。通过PAS染色证明rTIMP是糖蛋白。其次,通过抑制动力学分析了rTIMP对rMMP1c的抑制类型,结果显示其为竞争型/非竞争型混合型抑制剂。生物膜干涉法(Biolayer Interferometry Technology,Blitz)分析蛋白-蛋白相互作用结果表明,rMMP1c与rTIMP存在明显的相互作用,二者的亲和力常数KD值为0.2628μM。将rMMP1c与I型胶原蛋白共孵育,随着时间的延长,rMMP1c能够依次完全降解I型胶原蛋白的γ链、β链和α链,表明rMMP1c具有显着的胶原蛋白降解能力和胶原酶特征。利用反相高效液相色谱(Reverse phase high performance liquid chromatography,RP-HPLC)分析I型胶原蛋白降解产物的分子量分布情况,结果显示rMMP1c能将大分子的I型胶原蛋白降解为小分子蛋白和多肽。此外,rTIMP能显着抑制rMMP1c降解I型胶原蛋白的生物活性。本研究内容不仅为理解鲍鱼自溶过程提供理论依据,对鲍鱼的贮藏加工也具有一定的指导意义。
罗晗娇[4](2021)在《皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的识别和性别分子标记的开发》文中研究表明性别决定机制一直是生命科学研究的热点。贝类是海洋生物第一大门类,物种丰富、生境多样,性别决定机制复杂但研究发展滞后。皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino)是我国重要的海水养殖贝类,西氏鲍(H.sieboldii Reeve)是其近缘种。本研究以其为研究对象,通过全基因组关联分析和性别二态SNPs分布识别它们的性染色体,并开发了性别分子标记。主要研究结果如下:(1)结合全基因组关联分析和性别二态SNPs的分布分析两种方法,通过定位皱纹盘鲍和西氏鲍的性别连锁区段(sex-linked genomic segment,SLS)识别了它们的性染色体。其中,皱纹盘鲍的SLS有2个区段,分别位于Chr.9(约2.59 Mb)和Chr.2(约50.02 Kb)。西氏鲍的SLS也有2个区段,分别位于Chr.4(约23.20 Mb)和Chr.5(约4.95 Mb)。染色体共线性分析结果显示,皱纹盘鲍的Chr.2和Chr.9与西氏鲍的Chr.4和Chr.5不是同源染色体。此外,在皱纹盘鲍中注释到含有性别二态SNP/In Del的基因28个,在西氏鲍中注释到189个基因,但交集仅有1个——xyn B基因(参与木聚糖降解)。(2)利用性别二态In Del和SNP开发了皱纹盘鲍与西氏鲍的性别分子标记。在皱纹盘鲍中,基于Chr.9上的2个性别二态In Del开发了两个共显性标记(MSP-2和MSP-7),同时基于Chr.2上连续的3个性别二态SNP开发了一个显性标记(2MSP-FX1)。验证结果显示,MSP-2和2MSP-FX1的雌雄性别检出率均为100%。在西氏鲍中,基于Chr.4上的In Del和SNP,共设计7对引物,其中3对引物在验证实验中雌雄的符合率均在95%以上,但未找到与性别完全连锁的分子标记。利用皱纹盘鲍MSP-2与西氏鲍X14-FR性别分子标记检查杂交种--西盘鲍的雌雄个体。结果显示,皱纹盘鲍的性别分子标记可以适用于西盘鲍,但西氏鲍的性别分子标记不适用。(3)利用BAC-FISH识别了皱纹盘鲍的性染色体。利用生物信息学的方法将皱纹盘鲍2411条BAC末端序列比对上皱纹盘鲍的参考基因组,其中定位于皱纹盘鲍Chr.2的BAC克隆共3个,定位于Chr.9的BAC克隆共6个。根据比对和BAC区间重复序列含量统计的结果,选择克隆31-K11和37-A13进行双色BAC-FISH识别了Chr.2和Chr.9。以上结果显示,皱纹盘鲍与西氏鲍都具有两对性染色体,但性染色体和性别决定系统可能发生了种间转换,而且两种鲍的重组抑制区范围和分化程度也存在差异。本论文的研究结果为进一步研究皱纹盘鲍和西氏鲍的性别决定分子机制奠定了基础。
陈怡静[5](2020)在《琼胶裂解酶菌株的筛选、培育及应用研究》文中进行了进一步梳理海藻包括紫菜、海带、裙带菜等,是在海洋中生长的藻类,以光合作用产生能量。海藻中的多糖类物质含量丰富,而琼胶作为一种天然生物多糖,受到其粘度高、凝胶性能好、不易分解的特性影响,导致在医疗卫生、食品添加、药品行业等方面的应用受到限制。琼胶裂解酶可以水解琼胶多糖,其降解产物琼胶寡糖具有许多生物学活性,例如抗衰老,抗病和抑菌,增强免疫力,抗淀粉老化等,在新药物、新功能性食品、高端化妆品的研发领域都展现出良好的应用前景。通过筛选高产琼胶裂解酶菌株,并对其发酵条件进行优化处理,进而研究龙须菜的酶促水解并对其产物琼胶寡糖的应用具有重要的现实意义。本文通过研磨鲍鱼肠道组织并经筛选培养基筛选,利用平板划线法将菌株接种到固体培养基上,培养后获得琼胶裂解酶菌株M1-M22。选取单菌株M19经过16S r DNA-PCR扩增,得到该菌株的16S r DNA序列。经琼胶糖凝胶电泳验证,取扩增样品送基因测序公司进行序列测定。利用Gen Bank对测序结果进行BLAST比对,并进行核苷酸序列分析,进而确认细菌M19的种类为Vibro sp.CF4-11。采用响应面设计方法,优化了产琼胶裂解酶菌株的培养基组成,建立起Ca Cl2浓度、琼脂浓度、蛋白胨浓度对琼胶裂解酶活力的二次回归模型,最佳培养基组为Na Cl40 g/L,Ca Cl2 1.1 g/L,琼脂4.4 g/L,蛋白2.3 g/L,Mg SO4 6 g/L,酵母膏8g/L。在此条件下,酶活性为55.60 U/ml,比以前提高了89%。该菌株可作为具有潜在应用价值的新菌株进行培养,可高效生产琼胶裂解酶,为琼胶寡糖的工业化生产提供新的微生物资源,并在促进海洋资源的深加工和利用中发挥重要作用。以龙须菜为原料,采用琼胶裂解酶酶解法制备琼胶寡糖,通过单因素试验确定了酶解时间为4h,底物浓度为0.5%,p H值为6.5-7.5,酶解温度为40-50℃,加酶量为25-35 U/m L,并在单因素试验基础上采用正交试验对制备工艺进行优化,确定琼胶裂解酶酶解龙须菜制备琼胶寡糖的最佳工艺条件为:温度45℃,p H值7.0,加酶量35U/m L,时间4h,底物浓度0.5%,在此条件下龙须菜水解度为33.3%。对酶解所得产物进行质荷比检测,测定酶解产物的分子量分布为500-1000,聚合度为3-5,以三糖为主。通过单因素实验的方法证实了龙须菜寡糖对皱纹盘鲍的生长具有明显的促进效果,喂养皱纹盘鲍添加有不同比例龙须菜寡糖的复合饲料和全复合饲料的生长效果做对比,添加有龙须菜寡糖的的皱纹盘鲍生长速度加快,存活率上升,并且品质得到了提高主要表现在蛋白质和脂肪含量的增加。另外用不同的浸泡溶液研究了琼胶寡糖对鲍鱼和扇贝冷冻过程中保水和保鲜的影响,研究了三个指标,即解冻损失率、蒸煮损失率、质地和海藻酸钠浸泡组相比,龙须菜寡糖浸泡组在保水保鲜方面具有明显优势。
袁波[6](2020)在《两种卵色皱纹盘鲍性腺组织转录组分析及GLT1基因的克隆与表达》文中进行了进一步梳理皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)是我国重要的海水养殖经济贝类,主要分布于山东、辽宁、福建等地,因其肉质鲜美,营养丰富,深受消费者喜爱。然而,近年来由于人工苗种的累代养殖、近亲繁殖和养殖海区环境的恶化等问题,皱纹盘鲍种质退化严重,有害基因彰显,养殖群体遗传多样性不断下降,子代出现了生长慢、抗逆性差、死亡率高等问题,迫切需要开发养殖新品种。皱纹盘鲍雌性个体的卵色十分丰富,研究发现其卵色可能与生长、抗逆等经济性状相关,这为皱纹盘鲍的选育提供了新的思路。本文的研究内容主要包括以下两个部分:利用RNA-seq技术对皱纹盘鲍绿卵和灰卵个体的性腺组织进行转录组测序,通过GO和KEGG富集分析后,筛选与卵色形成相关的差异基因和代谢通路;对卵色相关基因GLT1进行c DNA末端的快速扩增实验,得到基因全长序列后进行相关分析,然后采用荧光定量PCR方法对GLT1基因在皱纹盘鲍不同月份不同组织中的表达模式进行分析。研究结果一方面为深入了解皱纹盘鲍卵色的遗传机制提供理论基础,另一方面能够挖掘卵色相关基因,为探究卵色相关基因的功能及调控机理提供基础数据。主要研究结果如下:1两种卵色皱纹盘鲍性腺组织转录组分析本研究共构建了六个转录本文库,包括绿卵组个体三个(L1、L2、L3)和灰卵组个体三个(H1、H2、H3),获得了44.56 Gb的clean reads,拼接得到了461,162个转录本序列,经层次聚类后得到272,310个基因序列,这些基因序列的平均长度为985 bp,N50值为1,524 bp;与灰卵组个体相比,总共有185个显着差异基因(P<0.05)在绿卵组个体中被鉴定出,其中包括54个显着上调差异基因和131个显着下调差异基因;通过在GO和KEGG数据库进行功能注释,筛选出与卵色形成有关的多个terms和pathways,如“含黄素化合物的代谢过程(flavin-containing compound metabolic process)”、“酪氨酸代谢过程(tyrosine metabolic process)”、“黑色素浓缩激素活性(melanin-concentrating hormone activity)”、“黑素小体(melanosome)”、“色素颗粒(pigment granule)”、“细胞色素b6f复合物(cytochromeb6f complex)”、“色素代谢过程(pigment metabolic process)”、“谷胱甘肽代谢(Glutathione metabolism)”等。随机选取了9个感兴趣的基因进行q RT-PCR分析,结果显示9个差异基因在q RT-PCR和RNA-seq数据中的表达趋势一致,说明了转录组数据的可靠性。2谷氨酸合酶基因(GLT1)的克隆及表达分析本研究克隆得到了一个皱纹盘鲍GLT1基因,其c DNA全长为7,640 bp,包括5’非编码区(UTR)381 bp,3’UTR 1,025 bp,开放阅读框(ORF)6,234 bp,含1个ATG启动子和1个TGA终止子,编码2,077个氨基酸,理论等电点为6.32,预测分子量为230.02 k Da,经SMART预测分析,编码氨基酸序列包括的结构域有:GATase_2、Glu_syn_central、Glu_synthase、GXGXG、Fer4_20、NAD_binding_8。BLAST分析结果表明,皱纹盘鲍GLT1基因的氨基酸序列与虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)GLT1基因的同源相似性最高,为73%,与福寿螺(Pomacea canaliculata)的同源相似性为72%,与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)和美洲牡蛎(Crassostrea virginica)的同源相似性均为71%。多序列比对发现,皱纹盘鲍GLT1基因与其他8个物种共10种GLT1基因的氨基酸序列在结构域位置的高度保守区域较多,其中结构域Glu_synthase的高度保守区域最完整。系统进化分析显示皱纹盘鲍GLT1基因首先与福寿螺、光滑双脐螺(Biomphalaria glabrata)、加州海兔(Aplysia californica)等腹足纲聚类,再与虾夷扇贝、美洲牡蛎、太平洋牡蛎等瓣鳃纲聚类。通过荧光定量PCR方法检测了GLT1基因在雌雄皱纹盘鲍不同月份不同组织中的表达分布情况,结果显示,无论雌雄个体,GLT1基因在肌肉、外套膜、性腺和鳃中均有表达,其中以肌肉组织中的表达量最高,但在肝胰腺组织中均未见表达;对于性腺组织来说,GLT1基因在这5个月里的表达情况都呈现出先上升后下降,然后逐渐稳定的趋势,其中6月的表达量显着高于其它月份(P<0.05)。
李婉玉[7](2020)在《皱纹盘鲍脯氨酸内肽酶性质及晶体结构的研究》文中指出脯氨酸内肽酶(Prolyl endopeptidase,PEP,[EC 3.4.21.26]),也称脯氨酰寡肽酶(Prolyl oligopeptidase,POP),是丝氨酸蛋白酶家族中的一类水解酶。该酶在脯氨酸残基羧基端水解小肽(<33个氨基酸)。本研究以来源于皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)肌肉的重组PEP(Hdh-PEP)为研究对象,对Hdh-PEP的酶学性质、结构特征以及功能进行了相关研究。荧光定量PCR分析表明Hdh-PEP在鲍鱼各组织中均有分布,且在性腺、肌肉及血液中表达量较高。以Suc-Gly-Pro-MCA为底物,检测鲍鱼不同组织中Hdh-PEP的酶活,发现在性腺中酶活力最高。通过培养表达菌株获取较高浓度的重组Hdh-PEP,并检测其比活力为6.52 U/mg。圆二色光谱分析显示,Hdh-PEP二级结构无规卷曲(47.3%)占比最多,β-折叠和α-螺旋分别占比31.6%和21.1%。蛋白晶体结构显示,Hdh-PEP由催化结构域和β-螺旋桨结构域两部分组成,两个区域一侧通过铰链连接,二者因氢键、盐桥以及疏水作用力而靠近,呈闭合式构象。Hdh-PEP与特异性抑制剂SUAM-14746的共结晶结构显示,SUAM-14746通过与Hdh-PEP的639Arg和594Trp形成两个氢键实现与酶的活性中心的结合。在Hdh-PEP晶体结构的基础上结合分子动力学对酶和底物的动态结合路径进行分析以探究酶的底物通道。通过Caver Analyst软件对底物通道进行分析。结果显示,Hdh-PEP结构中存在两个最有可能的底物通道,一个位于β-螺旋桨中心(Channel-1),其通道长度为39.43?,入口半径为1.09?。另一个位于两个区域之间的Loop A(193-209)(Channel-2),它的通道长度为28.35?,入口半径为1.74?。MD模拟结果表明,当SUAM-14746靠近Hdh-PEP时,引起了Loop A(193-209)的构象由紧密到松散的构象转变。因此,推测Loop A(193-209)是底物通道门控机制的重要组成部分。利用胰蛋白酶水解实验进一步验证了Loop A(193-209)驱动门控机制的假设。为了研究Hdh-PEP对胶原蛋白的作用,采用高效液相色谱和电喷雾电离质谱联用的方法(HPLC-ESI-MS)分析了Hdh-PEP对三种不同长度的胶原蛋白小肽的降解情况。结果显示Hdh-PEP对这三个胶原蛋白小肽均能进行高效的降解,说明该酶参与鲍鱼胶原蛋白的新陈代谢。综上,本研究分析了Hdh-PEP在鲍鱼各组织中的分布和分子水平表达情况,发现Hdh-PEP分布广泛,且在性腺中有最高表达和酶活;完成了Hdh-PEP的晶体培养和结构解析,获得了Hdh-PEP的结构特征;通过对Hdh-PEP-抑制剂复合物晶体结构的分析,阐明了特异性抑制剂SUAM-14746对Hdh-PEP的抑制机理;对Hdh-PEP的底物通道进行研究,并结合分子动力学分析了小分子物质进入Hdh-PEP催化活性区域的入口和路径;Hdh-PEP对胶原蛋白小肽的降解作用,表明Hdh-PEP参与鲍鱼胶原蛋白的新陈代谢。这些结果为研究Hdh-PEP的催化机理和功能特性提供实验依据和理论参考。
高婷婷[8](2019)在《高温与低温驯化下皱纹盘鲍幼鲍耐热性的代谢组学与转录组学比较分析》文中指出皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino)属于原始腹足目、鲍科、鲍属,是我国具有高经济价值的养殖贝类之一。近年来,夏季大规模死亡事件频繁发生,已成为制约产业发展的瓶颈问题,其原因及解决办法尚无深入认识。该物种自然分布于我国北部沿海、朝鲜沿岸及日本东北部,为低温种,适宜温度范围为15-22°C。21世纪以来,随着人工育苗与养殖技术的飞速发展,我国福建、广东沿海已与辽东、山东半岛一样形成商品化规模,成为皱纹盘鲍的主要产区。国内鲍养殖企业大多采用“南北调养”的养殖模式,即每年的11月初,将壳长2-3cm鲍苗运往南方越冬,次年5月运回北方。在这个过程中部分鲍留在南方继续进行全年养殖,相当于经历了暖驯化的过程,该过程是否对鲍的适温性提高产生作用,是否对鲍遗传育种具有利用价值,还有待研究。同时,鲍应对热胁迫的响应机制方面,尤其是在生理生化响应及分子生物学机制方面的认知仍远远不足。这些问题的解决对选育优良品种、优化养殖策略具有重要意义。本研究以实验室驯化的皱纹盘鲍幼鲍为研究对象,从表型、生理特征、代谢产物和转录水平四个层面就皱纹盘鲍一龄幼鲍对温度胁迫的响应及耐热性机制进行研究,旨在为鲍产业可持续发展提供数据支撑。主要研究结果如下:1.皱纹盘鲍幼鲍对高温应激的表型可塑性分析经过62天的低温(10°C)和高温(30°C)驯化养殖,低温驯化群体(L组)没有发生一例死亡现象,保持了100%的存活率,高温驯化群体(H组)也有接近80%的存活率;经过24小时连续监测,后者平均耗氧率是前者的1.98倍,差异显着(t=-5.912、P=0.000),表明H群体具有更高的有氧代谢率;L群体幼鲍的平均壳长增长率、壳宽增长率和增重率分别是H群体相应指标的5.10、25.17和168倍。表明环境温度对幼鲍生长、增重具有极大影响,与低温相比,过高的培养温度会增加幼鲍代谢率并抑制其生长和增重。然而高温驯化后的幼鲍表现出对高温胁迫的耐受性。将L组和H组各45只幼鲍缓慢升/降至20°C,稳定1周后置于31°C海水中进行热激,L组24小时后全部死亡,而H组在48小时的观测期内仅1例死亡。2.皱纹盘鲍幼鲍在高温应激下代谢特征分析H群体幼鲍血糖含量显着高于L群体(t=-2.615、P=0.031),表明高温环境下幼鲍对能量的需求更高;H群体的丙氨酸氨基转移酶(ALT)和天门冬氨酸氨基转移酶(AST)活力较高,血蓝蛋白含量较L群体略低,但这三项指标两群体间差异不显着(P>0.05);通过对腹足肌肉、鳃、外套膜和肝胰腺相关生理生化指标的分析发现,H群体较L群体幼鲍组织内含有更多的游离葡萄糖(GLU),两个主要无氧代谢酶——乳酸脱氢酶(LDH)和亚牛磺酸脱氢酶(TDH)活力也有不同程度的提高,表明高温下无氧代谢也参与了细胞能量供应;另外,H组幼鲍各组织SOD活力普遍高于L组,但CAT活力在除腹足肌肉外的其他3个组织(鳃、外套膜和肝胰腺)却明显低于L组,且鳃和外套膜组织中脂质过氧化标志物MDA含量有显着增加(P<0.05),而维持高酶活和修复过氧化损伤会增加H组鲍细胞对能量的需求。3.基于代谢组技术的皱纹盘鲍热胁迫响应及耐热性分析将L和H两个群体于20°C水温下稳定一周后,于31°C下进行3小时的急性热激,分别标记为LH和HH组。L和H两个群体幼鲍热胁迫前后分别共筛选到了1815和1314个显着差异代谢物,L组差异代谢物排在前三位的是羧酸及其衍生物类(17.65%)、二元胺类(8.82%)和酰基脂肪酸类(8.82%),而H组则为有机氧合化合物类(18.92%)、羧酸及其衍生物类(16.22%)和二元胺类(5.41%)。两组鲍在热激前后的差异代谢物种类上表现出明显差异。以Fold Change>1.5或<0.6且VIP>1.5为标准从两组分别筛选出42和100个与热胁迫响应相关的代谢标志物,其中有28个代谢物重叠。在两组共同的代谢标志物中,2-甲基丁酰肉碱(2-Methylbutyroyl-carnitine)含量显着增加(P<0.05),该物质在正常细胞中检测不到,它的增加与一种缬氨酸分解酶异丁基辅酶a脱氢酶功能障碍或缺失有关。犬尿素(L-Kynurenine)和吲哚-3-乳酸(DL-Indole-3-lactic acid)在热胁迫后的细胞内也有显着积累(P<0.05),这两种物质是色氨酸分解代谢过程的中间产物,在正常细胞中的含量处于动态平衡状态,过量将引发一系列恶性反应,如神经功能紊乱和细胞凋亡。犬尿素的大量积累与犬尿素-3-单加氧酶功能障碍有关。热胁迫还导致酪氨酸代谢中产物N-乙酰-L-酪氨酸(N-Acetyl-L-tyrosine)含量的显着增加,而一种细胞质酶芳香族-L-氨基酸脱羧酶的功能失常可以引起该物质在细胞中大量积累。戊二酸(Glutaric acid)只在于L组高温胁迫后的组织中有大量的积累,该物质及其衍生物具代谢毒性,会导致神经功能紊乱和肌肉痉挛。戊二酸含量的大幅增加至少与三种蛋白功能障碍有关,分别是戊二酰辅酶a脱氢酶、电子转移黄素蛋白和电子转移黄素蛋白-泛素氧化还原酶,前者参与赖氨酸、色氨酸和羟赖氨酸的线粒体氧化代谢,后两在蛋白质和脂质分解中起重要作用,并协助产生能量。此外,与脂肪酸氧化障碍(FAOD)相关的代谢标志物如硬脂酰肉碱(Stearoylcarnitine)含量在热激后的细胞内也显着增加(P<0.05),这一现象被证明与脂酰肉碱移位酶Ⅱ功能缺失有关,它是一种线粒体内膜酶,它的功能障碍导致长链脂酰基肉碱无法释放肉碱分子变回脂酰辅酶a进行b-氧化,而是在细胞内蓄积,因此,我们同时在LH与HH组也检测到了L-棕榈酰肉碱(LPalmitoylcarnitine)水平的显着提高(P<0.05),在LH组检测到了肉碱(LCarnitine)含量的显着降低(P<0.05),而长链脂酰肉碱分子具有细胞毒性,可以影响细胞膜的分子动力学特性及引发细胞凋亡。辛二酸(Suberic acid)含量的显着增加也在两个热激组(LH与HH)中被检测到(P<0.05),该物质的累积至少与三种脂肪酸氧化代谢相关酶的功能障碍有关,它们分别是:中链酰基辅酶a脱氢酶、肉碱/脂酰肉碱转位蛋白和丙二酰辅酶a脱羧酶。而与中链酰基辅酶a脱氢酶功能异常有关的另一种代谢标志物——C10脂酰肉碱(Decanoy-L-carnitine)在LH组被检测到含量显着上调(P<0.05)。总之,高温可导致皱纹盘鲍幼鲍肝胰腺细胞内氨基酸和脂肪酸不完全分解,从而造成这两类能源物质的氧化供能障碍,参与这些物质代谢相关的酶大都定位于线粒体内,说明鲍线粒体是对热胁迫非常敏感的细胞器,高温会造成线粒体上相关酶活力降低,有毒有害的中间代谢产物产生积累,这一现象首次在海洋软体动物热胁迫响应中被发现。而线粒体是细胞的能量工厂,当机体处于压力状态下时,对能量的需求大大提高,因此,线粒体结构和功能的稳定对皱纹盘鲍耐受热胁迫起到至关重要的作用。另外,一些有毒代谢物质如戊二酸(Glutaric acid)、癸酰肉碱(Decanoy-Lcarnitine)、古洛糖内酯(L-Gulonic gamma-lactone)和b-丙氨酸(betaAlanine)只在LH组内检测到显着的增加(P<0.05);而一些稳定细胞内环境的有益物质如葡萄糖-6-磷酸(D-Glucose-6-phosphate)、4-羟基肉桂酸(4-Hydroxycinnamic acid)、反式-2-羟基肉桂酸(trans-2-Hydroxycinnamic acid)和N-乙酰-葡萄糖胺(N-Acetyl-D-glucosamine)和巯丙甘氨酸(Tiopronin)只在HH组内含量显着增加(P<0.05)。与促进、稳定代谢相关的代谢物如核黄素(Riboflavin)、泛酸(Pantothenate)和胆碱(Choline)以及与稳定和修复生物膜、神经保护有关的CDP-胆碱(CDP-choline),HH组的含量显着高于LH组(P<0.05)。两个驯化及热激组的代谢物差异表明,经历高温驯化的幼鲍在促进稳定代谢、修复细胞损伤和保护神经组织方面拥有明显的优势,这可以从代谢层面帮助解释其耐热性高的原因。4.基于转录组技术的皱纹盘鲍热胁迫响应及耐热性分析将L、H、LH和HH组的样品同时进行转录组测序,在皱纹盘鲍基因组数据的基础上重新预测基因,并对这些基因进行注释和差异分析。共有24464个新转录本获得了注释。以Fold Change≥2且FDR<0.01为标准对各比较组差异表达基因进行筛选,L和H群体热激前后分别有478和709个基因出现差异表达,前者包含315个上调基因,163个下调基因,后者包含562个上调基因和147个下调基因。L vs LH与H vs HH两个组存在246个共同差异基因,各自分别有232和463个特有的差异基因。通过KEGG富集分析发现,两组的共同差异基因在内质网蛋白加工途径具有最显着的富集,相关基因多数为分子伴侣蛋白。对皱纹盘鲍5个热激蛋白家族基因与其他物种进行比较分析,结果表明,在基因数量方面,皱纹盘鲍除HSP 90家族基因数量较多外,但其他家族基因数量较长牡蛎少。对参与内质网蛋白加工途径的分子伴侣蛋白、泛素化过程相关蛋白以及涉及自噬、凋亡相关的17个基因进行q PCR验证,基因表达趋势均与转录组差异分析结果一致。蛋白质识别加工途径上的基因包括Dna JC 3(属于Hsp 40家族)、CCT7(也被称为TRi C,参与蛋白质折叠)以及2个NEF基因(HYOU1和SIL1)的m RNA含量在两个群体热激后显着积累(P<0.05),HSPA5(也被称为Bip或者GRP 78,属于HSP 70家族)基因在热胁迫后虽然表达量有所上升,但没有显着变化(P>0.05);内质网相关的蛋白质降解途径上有5个伴侣蛋白基因(HSPA1S、HSP110、Htp G、CRYAB和BAG3)和1个泛素蛋白Ubiqutin基因表达水平也在两组热激后均有显着上调(P<0.05)。尤其是基因CRYAB(属于HSP 20家族)在热激后的转录水平升高万倍以上,表明Alphacrystallin蛋白在皱纹盘鲍幼鲍热胁迫响应调控方面起着重要的作用。与泛素化相关的其他基因中,E1蛋白基因在高温组(H和HH)中的表达水平显着高于低温组(L和LH),但是热激前后的表达量没有显着变化(P>0.05);E2蛋白基因热激前后表达无显着差异,但是H和HH组总体比L和LH组高,且HH显着高于L和LH组;E3蛋白基因在HH组的表达量显着高于其他3组(P<0.05)。此外,与蛋白重新折叠和降解有关的CRYAA蛋白、与有毒聚集物清除有关的p62蛋白以及凋亡抑制蛋白c IAP1的基因也是HH组的表达量显着高于其他3组(P<0.05)。表明高温驯化群体经热激后在错误折叠蛋白的降解方面存在一定的优势,这可以从分子层面帮助解释其具有更高耐热性能的原因。
贾阳磊[9](2019)在《皱纹盘鲍水通道蛋白家族和Na+/K+-ATPase基因的鉴定分析以及对盐度胁迫的响应研究》文中进行了进一步梳理皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)是鲍科动物中最具经济价值的物种,同时也是我国北方最重要的传统养殖贝类之一。皱纹盘鲍属典型的狭盐性贝类,对低盐尤为敏感,但迄今有关皱纹盘鲍对盐度胁迫的响应尚缺乏系统深入的研究。本研究从水和离子的跨膜运输两个方面对皱纹盘鲍渗透压调控相关基因进行了基础性的研究。水通道蛋白是水分子跨膜运输进出细胞的重要通道,在渗透压调控过程中发挥了至关重要的作用。本论文中,根据生物信息学方法,同时结合分子生物学技术,在皱纹盘鲍基因组中分析鉴定出18种水通道蛋白基因,并通过Sanger测序验证获得其完整序列信息。对已鉴定出的皱纹盘鲍水通道蛋白进行聚类分析表明这18种水通道蛋白可分为C-AQP、AQP-8、AQGP和S-AQP共4大亚家族,根据每个成员所属的亚家族名称,分别将其命名HdAQPc1-HdAQPc9、HdAQP8.1-HdAQP8.4、HdAQPg1-HdAQPg3、HdAQPs1-HdAQPs2。对这18种水通道蛋白氨基酸序列的结构分析表明所有水通道蛋白均含有高度保守的NPA结构域。对其Ar/R结构域氨基酸残基构成进行分析可以看出在C-AQP亚家族的Ar/R结构域的前两个氨基酸大都为苯丙氨酸(Phe)和组氨酸(His),这两种氨基酸残基的侧链基团为大的环状结构,这使得其所形成的孔径相对较小,对其通道孔径进行分析表明C-AQP亚家族的通道孔径大约1.6?左右;但是在C-AQP亚家族中HdAQPc3的Ar/R结构域中,前两个氨基酸位点被两个丙氨酸(Ala)所取代,HdAQPc8和HdAQPc9的Ar/R结构域中第二个氨基酸残基被异亮氨酸(Ile)所取代;对该亚家族水通道蛋白的功能验证结果表明,在C-AQP亚家族中虽然HdAQPc3和HdAQPc8的孔径相对较大,但并不具备甘油运输能力,但HdAQPc9表现出很强的甘油运输能力;另外由于Ar/R结构域中第四个氨基酸位点精氨酸(Arg)被色氨酸(Trp)取代,可能使得HdAQPc4能够运输其他渗透压效应物,并起到渗透压调控的作用。在AQP-8亚家族中,其Ar/R结构域中第一个位点通常为His,这与C-AQP亚家族明显不同;功能分析表明表达HdAQP8.2的菌株在高渗条件下仍能正常存活,说明其对甘油并不具有渗透性,而在低渗条件下同样能正常存活,说明除甘油外,酵母仍存在其他渗透压效应物,HdAQP8.2介导了该物质的跨膜运输;而该亚家族中的其他三种水通道蛋白均未表现出该特性,说明其他三种水通道蛋白均不具有甘油运输能力。在AQGP亚家族中,Ar/R结构域的前两个氨基酸残基大都以侧链基团最小的甘氨酸(Gly)为主,这使得AQGP成员的孔径相对较大,功能验证分析表明只有HdAQPg1表现出很强的甘油运输能力,其余两种水通道蛋白虽然孔径相对更大,但均未表现出该特性。对经不同盐度处理后皱纹盘鲍不同组织中各水通道蛋白的表达进行检测,结果表明在不同组织中,对同样的盐度胁迫处理各水通道蛋白的响应模式不尽相同,另外在同一种组织中,各水通道蛋白对不同的盐度胁迫处理的响应模式也不尽相同。这说明渗透压平衡的维持是多种水通道蛋白参与,彼此相互协调共同维持的结果,同时也体现出皱纹盘鲍机体内渗透压效应物的多样性。Na+/K+-ATPase(NKA)属于离子载体蛋白,通过消耗1分子ATP将胞内3个Na+逆浓度梯度转运至胞外,同时将2个K+逆浓度梯度转运至胞内,体内产生的ATP约1/4至3/4被NKA所消耗来维持细胞内外Na+和K+的浓度差以及渗透压平衡。在本研究中,通过分子生物学技术,结合生物信息学方法,在皱纹盘鲍基因组中克隆得到1种NKA的α亚基和1种β亚基cDNA序列。通过氨基酸序列多重比对,可以看出NKA的α亚基氨基酸序列高度保守(73.55%-89.24%),并且氨基酸序列中的保守区域与其跨膜结构域高度吻合,相反β亚基的氨基酸序列相似度较低(23.96%-47.46%)。分别用高盐度海水或低盐度海水对皱纹盘鲍处理不同时间后,发现高盐度处理导致血淋巴中各种离子浓度均升高,与之相反,低盐度处理导致血淋巴中的各种离子浓度均降低,但是在组织中,离子浓度在盐度骤然变化处理后,均维持在一个相对稳定的水平,并没有出现大幅度的波动。对经盐度骤然变化处理不同时间后组织中NKA的α亚基和β亚基mRNA表达量进行检测,结果显示在盐度变化初期,高盐度处理导致两种亚基均出现小幅度的降低,之后均出现大幅度的升高;相反,低盐度处理后初期,两种亚基均出现小幅度的上升,但是随后出现大幅度的下跌。通过Western blotting对NKA的α亚基的蛋白表达量进行检测,结果显示高盐度处理导致其表达量升高,而低盐度处理导致其表达量降低;同时对NKA的酶活性进行检测,结果与Western blotting结果相一致。最后检测了盐度骤然变化处理后各组织中cAMP的浓度变化趋势,结果显示高盐度处理导致cAMP浓度升高,而低盐度处理导致cAMP浓度降低。通过分析组织中cAMP浓度与NKA两种亚基mRNA的表达量以及NKA的活性之间的相关性,结果显示cAMP浓度与NKA两种亚基mRNA的表达量以及NKA的酶活性均呈正相关。该研究表明NKA在皱纹盘鲍渗透压调节中起重要作用,并且NKA的表达受cAMP调控。
唐斌[10](2019)在《温度与饵料对绿盘鲍生长的影响研究》文中研究指明鲍是我国重要的海洋经济贝类,2018年全国鲍鱼养殖产量14.85万吨,而福建产量就占全国养殖总产量的80%。但是夏季高温死亡常给福建地区的鲍养殖产业带来巨大损失,因此耐高温新品种的培育是提高鲍成活率的有效手段。绿鲍(Haliotis fulgens)和皱纹盘鲍(Hrdiscus hannao)的杂交子代绿盘鲍(H ddiscus hannai♀×H.fulgens♂).相比其亲本具有明显的生长与耐高温优势,但目前关于其生长适宜水温、饵料及产生生长优势的机制还未见相关报导。本研究拟通过探讨温度、饵料种类对绿盘鲍生长、摄食、能量收支及肠道微生物多样性的影响,以期初步解析绿盘鲍生长优势的生理机制,从而为丰富绿盘鲍基础生物学知识和养殖应用推广提供参考依据。主要研究结果如下:1.温度和饵料对皱纹盘鲍和绿盘鲍生长、消化酶活性影响对比两种规格(1龄、2龄)皱纹盘鲍和绿盘鲍在三种饵料(龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)、海带(Laminariajaponica)和人工配合饲料和三个温度(12℃、20℃、28℃)下的摄食、生长及消化酶活性,实验结果表明,绿盘鲍的成活率显着(P<0.05)高于皱纹盘鲍;皱纹盘鲍在28℃和摄食海带条件下的成活率显着(P<0.05)低于12℃和20℃,而绿盘鲍在不同条件下的成活率无显着性差异(P>0.05)。除12℃外,绿盘鲍的生长速率均显着(P<0.05)高于皱纹盘鲍,这可能与其摄食率高、饵料系数低有关。2龄皱纹盘鲍在12℃下的生长速率显着(P<0.05)大于20℃和28℃下的生长速率,1龄皱纹盘鲍在12℃下的生长速率与其在20℃和28℃下的生长速率并无显着性差异(P>0.05),并且在12℃时皱纹盘鲍的饵料系数显着(P<0.05)低于20℃和28℃,所以在三个实验温度中皱纹盘鲍在12℃低温时生长速度优于绿盘鲍,而绿盘鲍在20℃和28℃时生长性能显着优于皱纹盘鲍。皱纹盘鲍和绿盘鲍均在摄食人工饲料时的生长速率最大且饵料系数最低,龙须菜其次,海带生长速率最低且饵料系数最大,表明养成阶段人工饲料的研发是未来的一个重要研究方向。消化酶活性测量结果显示饵料对鲍的褐藻酸裂解酶活性和胰蛋白酶活性有显着影响。饲料和海带中因为褐藻酸含量高,鲍摄食后褐藻酸裂解酶活性显着(P<0.05)高于龙须菜组;饲料中蛋白含量高,因此鲍摄食后胰蛋白酶活性升高。不同实验组的纤维素酶活性则表现出了与鲍生长一致的趋势,绿盘鲍在除12℃条件外生长速率均显着大于皱纹盘鲍,这表明纤维素酶可能与绿盘鲍的生长优势相关。绿盘鲍在28℃时的胰蛋白酶活性、纤维素酶活性、α-淀粉酶活性均显着(P<0.05)高于皱纹盘鲍,表明绿盘鲍耐高温性状可能与此温度下消化酶活力升高有关。2.温度对皱纹盘鲍和绿盘鲍能量收支的影响对比两种规格(1龄和2龄)皱纹盘鲍和绿盘鲍分别在12、16、20、24、28℃下的耗氧率、饵料吸收率和能量收支,以期从能量代谢角度解析绿盘鲍的生长优势。实验结果表明:当温度超过20℃后,绿盘鲍和皱纹盘鲍的饵料吸收率均显着下降。在28℃时皱纹盘鲍和绿盘的吸收率均最低,而耗氧率随温度的上升而上升,1龄绿盘鲍夜晚耗氧率显着高于皱纹盘鲍,这说明绿盘鲍可能耗费了更多能量在摄食行为过程中,摄食率的结果也印证了这一点。而2龄绿盘鲍夜晚耗氧率与皱纹盘鲍无显着性差异,可能由于其个体规格上的差异,使得摄食率高于皱纹盘鲍。在高温情况下鲍的消化吸收率下降和耗氧率上升是导致其生长速率和能量效率下降的重要原因。通过生长能模拟曲线分析发现1龄皱纹盘鲍、2龄皱纹盘鲍、1龄绿盘鲍、2龄绿盘鲍的最佳生长温度为20.18℃、19.33℃、19.89℃、20.09℃;通过生长效率模拟曲线分析发现1龄皱纹盘鲍、2龄皱纹盘鲍、1龄绿盘鲍、2龄绿盘鲍的最佳生长温度为18.16℃、16.40℃、17.57℃、18.46℃;通过净生长效率模拟曲线分析发现1龄皱纹盘鲍、2龄皱纹盘鲍、1龄绿盘鲍、2龄绿盘鲍的最佳生长温度为18.45℃、16.56℃、18.10℃、19.36℃。3.不同因子对皱纹盘鲍和绿盘鲍肠道微生物多样性的影响测量两种规格(1龄、2龄)皱纹盘鲍和绿盘鲍在三种饵料(龙须菜、海带和人工配合饲料)和三个温度(12℃、20℃、28℃)下的肠道微生物,探讨温度和饵料对鲍肠道微生物多样性的影响。结果显示变形菌(Proteobacteria)、柔膜菌(Tenericutes)、梭杆菌(Fusobacteria)及拟杆菌(Bacteroidetes)为鲍的主要肠道菌群。温度、饵料及品种对鲍肠道菌群均具有显着性(P<0.05)影响,其中皱纹盘鲍肠道菌群受温度影响更大,绿盘鲍受饵料影响更加显着。差异菌群分析显示嗜冷杆菌属(Psychrilyobacter)为皱纹盘鲍和绿盘鲍在20℃和28℃下的关键差异菌群;功能分析发现鲍肠道菌群功能主要为糖代谢、氨基酸代谢、膜运输等。皱纹盘鲍在面对温度变化时肠道菌群功能相对绿盘鲍失衡,这可能是绿盘鲍耐高温、产生生长优势的原因。在海带组和高温组下,绿盘鲍主要是糖代谢、氨基酸代谢功能上调表达,而皱纹盘鲍在DNA复制、错配修复、嘌呤吡啶合成的遗传信息传递功能等上调表达,表明在这两种情况下皱纹盘鲍肠道菌群功能异常,这与两种鲍的成活率数据相符合,表明肠道微生物组成可能对鲍的成活率产生重要影响。将皱纹盘鲍和绿盘鲍分别进行海上筏架养殖和工厂化养殖,随后筛选极大个体和极小个体检测其肠道微生物,探寻不同养殖模式、规格差异个体的鲍肠道微生物多样性差异。结果显示,工厂化养殖下皱纹盘鲍在度夏期间生长速度显着高于海区养殖,而绿盘鲍两种养殖模式下并无显着性差异,表明绿盘鲍对环境的适应性更佳。肠道微生物分析发现变形菌、柔膜菌、拟杆菌、梭杆菌为主要肠道微生物,但是海区养殖鲍变形菌含量最高,而工厂化养殖鲍梭杆菌含量最高,表明养殖模式对鲍的肠道菌群组成具有显着影响。通过对鲍肠道微生物进行Adonis分析发现养殖模式、品种、规格对肠道微生物均具有显着影响,其中规格对鲍肠道微生物多样性影响最小,只有3%左右。菌群差异分析发现工厂化养殖鲍Psychrilyobacter属丰度显着高于海区养殖鲍,海区大规格皱纹盘鲍与绿盘鲍肠道之间的显着差异菌群也为嗜冷杆菌属(Psychrilyobacter),且丰度较高,表明这个菌属可能与其生长相关。但是不同规格鲍之间的肠道差异菌群丰度较低,且对这些菌群的功能研究较少,因此本研究暂未得出不同规格鲍之间的关键差异菌群。对鲍肠道微生物进行功能分析发现海区养殖鲍相对工厂化养殖鲍而言,在DNA复制、错配修复等遗传信息功能上调表达,而工厂化养殖鲍的营养物质代谢通路上调表达,表明工厂化养殖中肠道微生物可能对鲍的生长具有更积极的作用。
二、皱纹盘鲍组织培养研究(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、皱纹盘鲍组织培养研究(论文提纲范文)
(1)海水碳酸盐体系变化对两种经济贝类关键生理活动的影响(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 引言 |
1.1 海洋酸化与海水碳酸盐体系 |
1.2 贝类对碳酸盐体系变化的生理响应 |
1.2.1 近岸酸化下的贝类生理 |
1.2.2 海洋酸化与温度复合胁迫对贝类的生理影响 |
1.2.3 海洋酸化与重金属复合胁迫对贝类的生理影响 |
1.3 大型藻类对海水碳酸盐体系的调节作用 |
1.4 本研究的意义及主要内容 |
1.4.1 意义及主要内容 |
1.4.2 技术路线 |
第二章 皱纹盘鲍幼虫与菲律宾蛤仔对海水酸化与环境因子复合胁迫的生理响应 |
2.1 海水酸化和温度对皱纹盘鲍幼虫呼吸代谢的影响 |
2.1.1 材料和方法 |
2.1.2 实验结果 |
2.1.3 讨论 |
2.2 海水酸化和重金属(Cu、Cd)胁迫对菲律宾蛤仔的生理影响 |
2.2.1 材料和方法 |
2.2.2 实验结果 |
2.2.3 讨论 |
第三章 皱纹盘鲍幼虫发育对海水碳酸盐化学参数变动的响应 |
3.1 材料和方法 |
3.1.1 实验材料 |
3.1.2 幼虫发育实验 |
3.1.3 数据处理 |
3.2 实验结果 |
3.2.1 Exp.1:幼虫软体部发育的影响因素 |
3.2.2 Exp.2:幼虫钙化的影响因素 |
3.3 分析和讨论 |
3.3.1 幼虫软体部发育 |
3.3.2 幼虫钙化 |
第四章 皱纹盘鲍成鲍钙化对低碳酸盐海水环境的响应 |
4.1 材料和方法 |
4.1.1 实验设计 |
4.1.2 实验材料 |
4.2 实验结果 |
4.2.1 电镜观察与元素分析 |
4.2.2 拉曼光谱 |
4.3 讨论 |
第五章 规模化贝藻养殖对海域碳酸盐体系的调控机制 |
5.1 材料和方法 |
5.1.1 研究区域和采样站点 |
5.1.2 采样计划 |
5.1.3 分析方法 |
5.2 实验结果 |
5.2.1 pH_T和TA的时空变化 |
5.2.2 pCO_2和DIC的时空变化 |
5.2.3 贝藻养殖影响桑沟湾海水碳酸盐体系 |
5.3 讨论 |
5.3.1 海带养殖对海水碳酸盐体系的影响 |
5.3.2 贝类养殖对海水DIC变化的影响 |
5.3.3 碳酸盐体系改变对桑沟湾海域生态系统的影响 |
第六章 总结与展望 |
6.1 论文的主要结论 |
6.2 创新点 |
6.3 展望 |
参考文献 |
致谢 |
硕士期间的文章发表情况 |
(2)鱼类和贝类脯氨酰内肽酶的比较分析(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
中英文缩略语 |
第1章 引言 |
1.1 蛋白酶简介 |
1.2 脯氨酰内肽酶(PEP)及其研究进展 |
1.2.1 PEP的特性 |
1.2.2 哺乳动物中PEP的研究 |
1.2.3 水产动物中PEP的研究 |
1.2.4 植物中PEP的研究 |
1.2.5 真菌中PEP的研究 |
1.2.6 PEP晶体结构的研究 |
1.3 PEP抑制剂的研究现状 |
1.4 鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍简介 |
1.4.1 鲈鱼 |
1.4.2 鲢鱼 |
1.4.3 皱纹盘鲍 |
1.5 研究目的、意义与研究内容 |
1.5.1 研究目的 |
1.5.2 研究意义 |
1.5.3 主要研究内容 |
第2章 实验材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 实验动物 |
2.1.2 实验试剂 |
2.2 实验仪器 |
2.3 实验所用溶液及其配制 |
2.3.1 常用缓冲液母液 |
2.3.2 分离纯化缓冲液 |
2.3.3 酶活力测定缓冲液 |
2.3.4 SDS-PAGE,Western blot缓冲液 |
2.3.5 不同p H值缓冲液 |
2.3.6 分子克隆相关溶液 |
2.4 实验方法 |
2.4.1 蛋白浓度的测定 |
2.4.2 PEP活性测定方法 |
2.4.3 鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍PEP的分离纯化 |
2.4.4 鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍PEP的性质分析 |
2.4.5 鲢鱼PEP开放阅读框的基因克隆 |
2.4.6 鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍PEP的生物信息学分析 |
2.4.7 鲈鱼和皱纹盘鲍PEP在不同组织中的分布 |
2.4.8 PEP在皱纹盘鲍性腺不同发育时期的表达水平 |
2.4.9 PEP内源性抑制剂(PEPI)的分离纯化 |
2.4.10 PEPI活性的测定 |
2.4.11 PEPI的性质分析 |
2.4.12 数据分析及图像处理 |
第3章 结果与分析 |
3.1 皱纹盘鲍PEP的分离纯化 |
3.2 鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍PEP的酶学性质比较 |
3.2.1 PEP的分子量分析 |
3.2.2 PEP的最适温度分析 |
3.2.3 PEP的热稳定性分析 |
3.2.4 PEP的最适p H分析 |
3.2.5 PEP的p H稳定性分析 |
3.2.6 PEP的底物特异性分析 |
3.2.7 蛋白酶抑制剂对PEP酶活力的影响 |
3.2.8 PEP的圆二色谱分析 |
3.3 鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍PEP的生物信息学分析 |
3.3.1 鲢鱼PEP的基因克隆 |
3.3.2 鲢鱼PEP开放阅读框序列分析 |
3.3.3 PEP的理化性质分析 |
3.3.4 PEP的二级结构含量分析 |
3.3.5 PEP的二级结构差异性分析 |
3.3.6 PEP的三级结构分析 |
3.4 PEP在鲈鱼和皱纹盘鲍的组织分布 |
3.5 PEP在皱纹盘鲍性腺发育表达水平的分析 |
3.6 PEP内源性抑制剂(PEPI)的分离纯化 |
3.6.1 皱纹盘鲍PEPI的初步分离 |
3.6.2 皱纹盘鲍PEPI的高度纯化 |
3.6.3 皱纹盘鲍PEPI的分子量鉴定 |
3.7 皱纹盘鲍PEPI的性质分析 |
3.7.1 PAS染色 |
3.7.2 热稳定性分析 |
3.7.3 pH稳定性分析 |
3.8 皱纹盘鲍PEPI对 PEP的抑制作用 |
3.8.1 PEPI浓度对PEP活力的影响 |
3.8.2 PEPI对 PEP的抑制机理 |
3.8.3 PEPI对 PEP二级结构影响分析 |
3.8.4 PEPI对 PEP热变性的影响 |
第4章 讨论 |
4.1 鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍PEP的酶学性质分析 |
4.2 鲈鱼、鲢鱼和皱纹盘鲍PEP的生物信息学分析 |
4.3 PEP在鲈鱼和皱纹盘鲍组织中的分布研究 |
4.4 皱纹盘鲍PEPI的分离纯化及性质 |
第5章 结论与展望 |
5.1 结论 |
5.2 展望 |
致谢 |
参考文献 |
在学期间发表的学术论文 |
附录 |
(3)皱纹盘鲍基质金属蛋白酶1及组织抑制剂的研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
中英文缩略表 |
第1章 引言 |
1.1 我国鲍鱼养殖现状 |
1.2 水产动物自溶 |
1.3 基质金属蛋白酶研究进展 |
1.3.1 MMPs分类 |
1.3.2 MMPs的结构特征 |
1.3.3 MMPs的激活 |
1.3.4 MMPs的功能 |
1.4 金属蛋白酶组织抑制剂(TIMPs) |
1.4.1 TIMPs分类 |
1.4.2 TIMPs的结构与性质 |
1.4.3 TIMPs的作用 |
1.5 MMPs与 TIMPs相互作用的研究进展 |
1.6 研究目的与内容 |
1.6.1 研究目的 |
1.6.2 研究内容 |
1.6.3 技术路线 |
第2章 皱纹盘鲍基质金属蛋白酶1 的研究 |
2.1 引言 |
2.2 实验材料与试剂 |
2.2.1 实验原料 |
2.2.2 实验用仪器和试剂以及菌株和载体 |
2.3 实验所用溶液及其配制方法 |
2.3.1 rMMP1c克隆表达所用溶液 |
2.3.2 rMMP1c酶活力测定所用缓冲液 |
2.4 实验方法 |
2.4.1 皱纹盘鲍死后肌肉TPA参数测定和MMPs活性验证 |
2.4.2 基质金属蛋白酶1 催化结构域(MMP1c)重组表达载体构建 |
2.4.3 rMMP1c蛋白的表达与纯化 |
2.4.4 rMMP1c蛋白鉴定 |
2.4.5 rMMP1c酶学性质分析 |
2.4.6 rMMP1c圆二色谱分析 |
2.4.7 数据处理 |
2.5 实验结果与分析 |
2.5.1 皱纹盘鲍肌肉软化研究 |
2.5.2 基质金属蛋白酶1 催化结构域(MMP1c)的体外表达与纯化 |
2.5.3 rMMP1c蛋白鉴定 |
2.5.4 质谱鉴定 |
2.5.5 rMMP1c酶学性质分析 |
2.5.6 圆二色谱分析rMMP1c二级结构 |
第3章 皱纹盘鲍金属蛋白酶组织抑制剂的研究 |
3.1 引言 |
3.2 材料与方法 |
3.2.1 实验原料 |
3.2.2 菌株及载体 |
3.2.3 TIMP克隆表达所用溶液 |
3.2.4 金属蛋白酶组织抑制剂(TIMP)重组表达载体构建 |
3.2.5 质谱鉴定 |
3.2.6 rTIMP性质分析 |
3.2.7 rTIMP圆二色谱分析 |
3.2.8 数据处理 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 TIMP重组表达载体的构建 |
3.3.2 rTIMP的体外诱导表达与纯化 |
3.3.3 质谱鉴定 |
3.3.4 rTIMP性质分析 |
3.3.5 圆二色谱分析rTIMP二级结构 |
第4章 皱纹盘鲍MMP-1和TIMP在 I型胶原蛋白降解中的作用 |
4.1 引言 |
4.2 实验方法 |
4.2.1 蛋白质浓度的测定 |
4.2.2 抑制动力学研究 |
4.2.3 Blitz蛋白-蛋白相互作用 |
4.2.4 鲍鱼I型胶原蛋白的降解实验 |
4.2.5 RP-HPLC测定rMMP1c降解I型胶原蛋白的分子量分布 |
4.2.6 抑制I型胶原蛋白降解试验 |
4.2.7 数据处理 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 rTIMP抑制动力学 |
4.3.2 rTIMP与 rMMP1c亲和力测定 |
4.3.3 rMMP1c对鲍鱼I型胶原蛋白的降解作用 |
4.3.4 rTIMP对 rMMP1c降解I型胶原蛋白的抑制作用 |
第5章 讨论 |
第6章 结论与展望 |
6.1 结论 |
6.2 创新点 |
6.3 展望 |
附表 |
致谢 |
参考文献 |
在学期间科研成果情况 |
(4)皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的识别和性别分子标记的开发(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
第1章 引言 |
1.1 性染色体的识别与进化研究概况 |
1.1.1 性染色体的识别 |
1.1.2 性染色体起源与进化理论发展 |
1.1.3 性染色体转换的现象与理论 |
1.2 性别分子标记 |
1.3 贝类性别决定研究概况 |
1.3.1 贝类性别决定的特征 |
1.3.2 贝类性别决定的遗传基础研究概况 |
1.4 皱纹盘鲍与西氏鲍研究概况 |
1.5 本文的研究目的与技术路线 |
第2章 皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的识别 |
2.1 实验材料与方法 |
2.1.1 实验材料 |
2.1.2 基因组DNA的提取 |
2.1.3 文库构建与重测序 |
2.1.4 数据质控与序列比对 |
2.1.5 变异检测与过滤 |
2.1.6 性别连锁区段的定位 |
2.1.7 性染色体的重测序深度统计 |
2.1.8 共线性分析 |
2.1.9 含有性别二态SNP/In Del的基因注释 |
2.2 实验结果 |
2.2.1 皱纹盘鲍性染色体的识别 |
2.2.2 西氏鲍性染色体的识别 |
2.2.3 皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的重测序深度统计 |
2.2.4 皱纹盘鲍与西氏鲍基因组的共线性分析 |
2.2.5 性别二态SNP/In Del的基因注释 |
2.3 讨论 |
第3章 皱纹盘鲍与西氏鲍性别分子标记的开发 |
3.1 实验材料与方法 |
3.1.1 实验材料 |
3.1.2 基因组DNA的提取 |
3.1.3 皱纹盘鲍Chr.9 上性别分子标记的开发与验证 |
3.1.4 皱纹盘鲍Chr.2 上性别分子标记的开发与验证 |
3.1.5 西氏鲍Chr.4 上性别分子标记的开发与验证 |
3.1.6 皱纹盘鲍与西氏鲍性别分子标记在西盘鲍上的应用 |
3.2 实验结果 |
3.2.1 皱纹盘鲍Chr.9 上性别分子标记的开发与验证 |
3.2.2 皱纹盘鲍Chr.2 上性别分子标记的开发与验证 |
3.2.3 西氏鲍Chr.4 上性别分子标记的开发与验证 |
3.2.4 皱纹盘鲍与西氏鲍性别分子标记在西盘鲍上的初步应用 |
3.3 讨论 |
第4章 BAC-FISH识别皱纹盘鲍的性染色体 |
4.1 实验材料与方法 |
4.1.1 实验材料 |
4.1.2 皱纹盘鲍染色体的制备 |
4.1.3 皱纹盘鲍性染色体特异BAC克隆的筛选 |
4.1.4 候选BAC克隆的PCR检验和质粒DNA提取 |
4.1.5 性染色体特异BAC克隆的FISH定位 |
4.2 实验结果 |
4.2.1 BAC克隆的基因组比对与重复序列含量计算 |
4.2.2 性染色体特异BAC克隆的FISH定位 |
4.3 讨论 |
第5章 结论 |
5.1 结论 |
5.2 创新点 |
5.3 展望 |
致谢 |
参考文献 |
附录 |
在校期间发表的学术论文 |
(5)琼胶裂解酶菌株的筛选、培育及应用研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 绪论 |
1.1 琼胶 |
1.1.1 琼胶简介 |
1.1.2 琼胶的理化性质 |
1.1.3 琼胶的应用 |
1.2 琼胶寡糖及其应用 |
1.2.1 抑菌作用 |
1.2.2 增殖肠道益生菌作用 |
1.2.3 抗病毒作用 |
1.2.4 抗肿瘤和免疫增强作用 |
1.2.5 抗炎作用 |
1.2.6 抗氧化作用 |
1.2.7 在植物生长中的作用 |
1.2.8 水产品中的保鲜作用 |
1.3 琼胶裂解酶 |
1.3.1 琼胶裂解酶及其来源 |
1.3.2 琼胶裂解酶的种类 |
1.3.3 琼胶裂解酶的研究进展 |
1.3.4 琼胶裂解酶的应用 |
1.3.4.1 分子生物学的应用 |
1.3.4.2 用作抗淀粉老化抑制剂 |
1.3.4.3 用作海藻遗传工程的工具酶 |
1.4 琼胶寡糖主要提取方法 |
1.4.1 化学降解法 |
1.4.2 酶解法 |
1.5 琼胶寡糖主要鉴定方法 |
1.6 琼胶裂解酶菌株 |
1.6.1 琼胶裂解酶菌株的分类 |
1.6.2 国内外琼胶裂解酶菌株研究现状 |
1.7 研究目的和意义 |
第2章 琼胶裂解酶菌株的筛选、鉴定 |
2.1 实验材料、试剂与仪器 |
2.1.1 实验材料 |
2.1.2 实验试剂 |
2.1.3 仪器设备 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 培养基组成 |
2.2.2 琼胶裂解酶活力测定 |
2.2.2.1 DNS试剂的配制 |
2.2.2.2 制作葡萄糖标准曲线 |
2.2.2.3 酶活力的测定方法 |
2.2.3 琼胶裂解酶菌株的分离筛选 |
2.2.4 菌落PCR扩增16S r DNA序列 |
2.2.5 序列测定及分析 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 葡萄糖标准曲线 |
2.3.2 菌株的分离筛选结果 |
2.3.3 菌落16S rDNA序列PCR扩增 |
2.3.4 菌株的序列测定 |
2.4 本章小结 |
第3章 琼胶裂解酶菌株产酶条件的优化 |
3.1 实验材料、试剂与仪器 |
3.1.1 实验材料 |
3.1.2 实验试剂 |
3.1.3 仪器设备 |
3.2 实验方法 |
3.2.1 培养基组成 |
3.2.2 发酵培养条件 |
3.2.3 琼胶裂解酶活力测定 |
3.2.4 单因素实验优化培养基 |
3.2.4.1 不同NaCl浓度对菌株产酶的影响 |
3.2.4.2 不同MgSO4浓度对菌株产酶的影响 |
3.2.4.3 不同酵母膏浓度对菌株产酶的影响 |
3.2.4.4 不同琼脂浓度对菌株产酶的影响 |
3.2.4.5 不同蛋白胨浓度对菌株产酶的影响 |
3.2.4.6 不同CaCl2浓度对菌株产酶的影响 |
3.2.5 通过响应面法优化培养基组成 |
3.2.5.1 Plackett-Burman(PB)试验设计 |
3.2.5.2 最陡爬坡试验 |
3.2.5.3 Box-Behnken试验设计和响应面分析 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 培养基的单因素实验 |
3.3.1.1 不同NaCl浓度对菌株产酶的影响 |
3.3.1.2 不同MgSO4浓度对菌株产酶的影响 |
3.3.1.3 不同酵母膏浓度对菌株产酶的影响 |
3.3.1.4 不同琼脂浓度对菌株产酶的影响 |
3.3.1.5 不同蛋白胨浓度对菌株产酶的影响 |
3.3.1.6 不同CaCl2浓度对菌株产酶的影响 |
3.3.2 响应面法优化培养基组成 |
3.3.2.1 Plackett-Burman试验结果 |
3.3.2.2 最陡爬坡实验结果 |
3.3.2.3 Box-Behnken试验设计和响应面分析试验结果 |
3.3.3 菌株最优培养基发酵验证实验 |
3.4 本章小结 |
第4章 酶解制备龙须菜寡糖的工艺优化 |
4.1 实验材料与仪器 |
4.1.1 实验材料 |
4.1.2 实验试剂 |
4.1.3 仪器设备 |
4.2 实验方法 |
4.2.1 D-半乳糖标准曲线的绘制 |
4.2.2 水解度的测定 |
4.2.3 酶解制备龙须菜寡糖 |
4.2.4 酶解制备龙须菜寡糖单因素试验 |
4.2.4.1 pH值对水解度的影响 |
4.2.4.2 时间对水解度的影响 |
4.2.4.3 温度对水解度的影响 |
4.2.4.4 加酶量对水解度的影响 |
4.2.4.5 底物浓度对水解度的影响 |
4.2.5 正交试验 |
4.2.6 酶解产物的质荷比分布测定 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 D-半乳糖标准曲线 |
4.3.2 酶解制备龙须菜寡糖单因素试验 |
4.3.2.1 pH值的确定 |
4.3.2.2 时间的确定 |
4.3.2.3 温度的确定 |
4.3.2.4 加酶量的确定 |
4.3.2.5 底物浓度的确定 |
4.3.3 正交试验设计与结果 |
4.3.4 酶解产物质荷比检测 |
4.4 本章小结 |
第5章 龙须菜寡糖的应用研究 |
5.1 实验材料与仪器 |
5.1.1 实验材料 |
5.1.2 实验试剂 |
5.1.3 仪器设备 |
5.2 实验方法 |
5.2.1 鲍鱼的喂养 |
5.2.1.1 活鲍鱼指标测定 |
5.2.1.2 营养成分测定分析 |
5.2.2 寡糖对冷冻水产品贮藏品质的影响 |
5.2.2.1 解冻损失率测定 |
5.2.2.2 蒸煮损失率测定 |
5.2.2.3 质构测定 |
5.2.3 数据处理 |
5.3 结果与分析 |
5.3.1 鲍鱼生长情况监测 |
5.3.2 皱纹盘鲍营养成分对比 |
5.3.3 不同浸渍液处理对鲍鱼、扇贝解冻损失率的影响 |
5.3.4 不同浸渍液处理对鲍鱼、扇贝蒸煮损失率的影响 |
5.3.5 不同浸渍液处理对鲍鱼、扇贝质构的影响 |
5.4 小结 |
第6章 结论与展望 |
6.1 结论 |
6.2 展望 |
参考文献 |
致谢 |
(6)两种卵色皱纹盘鲍性腺组织转录组分析及GLT1基因的克隆与表达(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
引言 |
1 皱纹盘鲍生物学概述 |
2 国内外卵色研究进展 |
2.1 家蚕卵色的研究 |
2.2 水产动物卵色的研究 |
2.3 其他物种卵色的研究 |
3 转录组学技术研究进展 |
3.1 转录组学技术简介 |
3.2 转录组学技术在水产动物研究中的应用 |
3.3 转录组学技术在皱纹盘鲍研究中的应用 |
4 谷氨酸合酶概述 |
5 本研究的主要目的及意义 |
第一章 两种卵色皱纹盘鲍性腺组织转录组分析 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 皱纹盘鲍性腺组织RNA的提取 |
1.2.2 转录组文库构建及测序 |
1.2.3 RNA-seq数据分析 |
1.2.3.1 测序数据质量评估 |
1.2.3.2 转录本拼接 |
1.2.3.3 基因功能注释 |
1.2.3.4 基因表达水平分析 |
1.2.3.5 差异基因分析 |
1.2.3.6 筛选目的基因 |
1.2.4 qRT-PCR验证分析 |
1.2.4.1 cDNA的合成 |
1.2.4.2 引物的设计和检测 |
1.2.4.3 qRT-PCR反应 |
2 实验结果 |
2.1 测序数据质控结果 |
2.1.1 碱基错误率检查 |
2.1.2 AT/GC含量分布 |
2.1.3 测序数据过滤结果 |
2.1.4 RNA-seq数据总结 |
2.2 转录本拼接 |
2.3 基因功能注释 |
2.3.1 NR注释结果 |
2.3.2 GO注释结果 |
2.3.3 KOG注释结果 |
2.3.4 KEGG注释结果 |
2.4 基因表达水平分析 |
2.5 差异基因分析 |
2.5.1 差异基因火山图分析 |
2.5.2 差异基因表达水平聚类分析 |
2.5.3 差异基因GO富集分析 |
2.5.4 差异基因KEGG富集分析 |
2.6 筛选目的基因 |
2.7 qRT-PCR验证 |
2.7.1 总RNA检测结果 |
2.7.2 引物验证结果 |
2.7.3 qRT-PCR结果 |
3 讨论 |
第二章 谷氨酸合酶基因(GLT1)的克隆及表达分析 |
1 材料与方法 |
1.1 实验材料 |
1.1.1 实验样品 |
1.1.2 实验主要引物 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 GLT1基因全长cDNA的克隆 |
1.2.1.1 总RNA提取 |
1.2.1.2 核心片段验证 |
1.2.1.3 生成RACE-Ready cDNA |
1.2.1.4 cDNA末端快速扩增实验(RACE) |
1.2.1.5 RACE产物的回收 |
1.2.1.6 RACE产物的克隆及测序 |
1.2.2 GLT1全长序列分析 |
1.2.3 皱纹盘鲍不同月份不同组织GLT1基因mRNA的表达分析 |
1.2.3.1 总RNA的提取 |
1.2.3.2 cDNA的合成 |
1.2.3.3 引物的设计和检测 |
1.2.3.4 qRT-PCR反应 |
2 实验结果 |
2.1 GLT1基因全长cDNA的特征 |
2.2 GLT1基因的同源性分析 |
2.3 GLT1基因的系统进化分析 |
2.4 GLT1基因的mRNA在皱纹盘鲍不同月份性腺组织中的表达规律 |
2.5 GLT1基因的mRNA在皱纹盘鲍不同组织中的表达分布情况 |
3 讨论 |
小结 |
参考文献 |
已完成文章 |
致谢 |
(7)皱纹盘鲍脯氨酸内肽酶性质及晶体结构的研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
中英文缩略表 |
第1章 引言 |
1.1 鲍鱼 |
1.2 脯氨酸内肽酶(PEP)的研究现状 |
1.2.1 PEP的分布情况 |
1.2.2 PEP的基本性质 |
1.2.3 PEP在医学领域中的研究 |
1.2.4 PEP在食品领域中的研究 |
1.3 研究意义及研究内容 |
1.3.1 研究意义 |
1.3.2 研究内容 |
第2章 材料与方法 |
2.1 实验材料与试剂 |
2.1.1 实验原料 |
2.1.2 实验试剂 |
2.2 实验所用溶液及其配制方法 |
2.2.1 Hdh-PEP原核表达所用溶液 |
2.2.2 Hdh-PEP纯化所用缓冲液 |
2.2.3 SDS-PAGE所用溶液 |
2.2.4 Western blotting所用溶液 |
2.2.5 Hdh-PEP晶体培养所用溶液 |
2.2.6 不同pH值缓冲液 |
2.3 实验仪器与设备 |
2.4 实验方法 |
2.4.1 Hdh-PEP的表达及纯化 |
2.4.2 Hdh-PEP的酶活力测定 |
2.4.3 兔抗Hdh-PEP多克隆抗体的制备 |
2.4.4 Hdh-PEP在鲍鱼各组织中基因水平的表达差异 |
2.4.5 Hdh-PEP在鲍鱼各组织中的酶活性差异 |
2.4.6 圆二色光谱分析 |
2.4.7 荧光光谱法分析 |
2.4.8 Hdh-PEP晶体培养及结构解析 |
2.4.9 不同物种PEP的结构差异分析 |
2.4.10 Hdh-PEP底物通道分析 |
2.4.11 分子动力学模拟 |
2.4.12 胰蛋白酶对Hdh-PEP-抑制剂复合物的水解作用 |
2.4.13 Hdh-PEP对胶原小肽的降解 |
2.4.14 数据分析 |
第3章 结果与分析 |
3.1 Hdh-PEP的重组表达及纯化 |
3.2 Hdh-PEP多克隆抗体的制备 |
3.3 Hdh-PEP在鲍鱼各组织中基因水平的表达差异 |
3.4 Hdh-PEP在鲍鱼各组织中的酶活性差异 |
3.5 Hdh-PEP的二级结构分析 |
3.6 pH对 Hdh-PEP表面疏水性的影响 |
3.7 温度对Hdh-PEP表面疏水性的影响 |
3.8 Hdh-PEP晶体培养及结构解析 |
3.9 不同物种PEP的结构差异分析 |
3.10 Hdh-PEP的底物通道分析 |
3.11 分子动力学模拟 |
3.12 胰蛋白酶对Hdh-PEP-抑制剂复合物的水解作用 |
3.13 Hdh-PEP对胶原小肽的降解 |
第4章 讨论 |
4.1 Hdh-PEP的晶体结构分析 |
4.2 Hdh-PEP对胶原蛋白的降解作用 |
4.3 Hdh-PEP的分子动态学模拟分析 |
4.4 Hdh-PEP与抑制剂相互作用机理 |
第5章 主要结论与展望 |
5.1 主要结论 |
5.2 创新点 |
5.3 展望 |
致谢 |
参考文献 |
在学期间科研成果情况 |
(8)高温与低温驯化下皱纹盘鲍幼鲍耐热性的代谢组学与转录组学比较分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 引言 |
1.1 鲍代谢特征概述 |
1.1.1 鲍组织结构 |
1.1.2 鲍代谢生理 |
1.1.2.1 物质代谢 |
1.1.2.2 能量代谢 |
1.2 动物对温度的适应性 |
1.2.1 鲍体型对环境温度的适应 |
1.2.2 鲍生理代谢对环境温度的适应 |
1.2.3 细胞大分子对环境温度的适应 |
1.2.3.1 蛋白质功能及稳定性对温度的适应 |
1.2.3.2 膜系统和脂质对温度的适应 |
1.3 鲍系统生物学研究 |
1.4 本研究的目的及意义 |
1.4.1 研究目的 |
1.4.2 研究意义 |
1.5 创新性及技术路线 |
1.5.1 创新性 |
1.5.2 技术路线 |
第2章 实验材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 实验动物及驯化 |
2.1.2 试剂耗材 |
2.1.3 仪器设备 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 溶解氧测定及代谢率评价 |
2.2.2 生长及存活评价 |
2.2.3 耐热性评价 |
2.2.4 生化指标测定 |
2.2.5 样本总RNA提取 |
2.2.6 总RNA提取质量检测 |
2.2.7 c DNA的合成 |
2.2.8 测序文库构建 |
2.2.9 测序文库的质控 |
2.2.10 引物扩增效率验证及靶基因的表达验证 |
2.2.11 不同物种间热应激相关基因对比 |
2.2.12 代谢物检测样本前处理 |
2.2.13 色谱条件 |
2.2.14 质谱条件 |
2.2.15 代谢物定量及鉴定 |
2.3 数据分析方法 |
2.3.1 RNAseq测序数据分析 |
2.3.2 代谢组数据分析 |
2.3.3 统计分析 |
第3章 实验结果 |
3.1 不同温度驯化的皱纹盘鲍群体表型比较 |
3.1.1 存活率 |
3.1.2 耗氧率 |
3.1.3 生长性能 |
3.1.4 耐热性 |
3.2 不同温度驯化的皱纹盘鲍群体代谢特征比较 |
3.2.1 血淋巴生化指标 |
3.2.2 组织生化指标 |
3.2.2.1 腹足肌肉组织 |
3.2.2.2 鳃组织 |
3.2.2.3 外套膜组织 |
3.2.2.4 肝胰腺组织 |
3.3 基于代谢组技术的皱纹盘鲍不同驯化群体代谢物比较 |
3.3.1 数据评估、建模及模型可靠性评估 |
3.3.2 差异代谢物筛选 |
3.3.3 差异代谢物分类 |
3.3.4 皱纹盘鲍热胁迫响应的代谢标志物筛选 |
3.3.5 两处理组特异代谢标志物 |
3.4 基于转录组技术的皱纹盘鲍不同驯化群体基因转录水平比较 |
3.4.1 RNA质量评估 |
3.4.2 测序数据质量及对比效率 |
3.4.3 新转录本发掘及注释 |
3.4.4 样本间相关性分析 |
3.4.5 差异表达基因筛选 |
3.4.6 差异表达基因分析 |
3.4.6.1 差异表达基因GO注释分类及富集分析 |
3.4.6.2 差异表达基因COG分类 |
3.4.6.3 差异表达基因KEGG注释及通路富集分析 |
3.4.7 热激蛋白基因家族及其在不同贝类中的热激响应分析 |
3.4.8 热胁迫响应关键基因表达验证 |
3.4.9 不同驯化组表现存在差异的基因 |
第4章 讨论 |
4.1 皱纹盘鲍幼鲍生长、代谢对温度的适应性 |
4.2 基于代谢组技术的皱纹盘鲍热胁迫响应及耐热性分析 |
4.2.1 氨基酸代谢分析 |
4.2.2 脂肪酸代谢分析 |
4.3 基于转录组技术的皱纹盘鲍热胁迫响应及耐热性分析 |
第5章 结论与展望 |
5.1 结论 |
5.2 展望 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
作者简介 |
(9)皱纹盘鲍水通道蛋白家族和Na+/K+-ATPase基因的鉴定分析以及对盐度胁迫的响应研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
第1章 绪论 |
1.1 引言 |
1.2 盐度对贝类的影响 |
1.3 水的跨膜运输 |
1.3.1 水通道蛋白的发现 |
1.3.2 水通道蛋白的结构 |
1.3.3 水通道蛋白的分类 |
1.3.4 水通道蛋白的选择性运输 |
1.3.5 水通道蛋白的功能 |
1.3.6 水通道蛋白对盐度胁迫的响应 |
1.4 离子的跨膜运输 |
1.4.1 离子跨膜运输的种类 |
1.4.2 Na~+/K~+-ATPase的发现 |
1.4.3 Na~+/K~+-ATPase的结构 |
1.4.4 Na~+/K~+-ATPase的功能 |
1.4.5 Na~+/K~+-ATPase在渗透压调控中作用的研究进展 |
1.5 本研究的意义 |
第2章 皱纹盘鲍水通道蛋白的鉴定及功能研究 |
2.1 研究背景 |
2.2 材料和方法 |
2.2.1 实验材料 |
2.2.2 实验方法 |
2.3 结果 |
2.3.1 皱纹盘鲍水通道蛋白生物信息学分析 |
2.3.2 皱纹盘鲍水通道蛋白表达分析 |
2.3.3 皱纹盘鲍水通道蛋白的功能分析 |
2.3.4 皱纹盘鲍水通道蛋白对盐度胁迫的响应 |
2.4 讨论 |
2.5 结论与展望 |
附图 |
第3章 皱纹盘鲍Na~+/K~+-ATPase对盐度胁迫的响应研究 |
3.1 研究背景 |
3.2 材料和方法 |
3.2.1 实验材料 |
3.2.2 实验方法 |
3.3 结果 |
3.3.1 皱纹盘鲍Na~+/K~+-ATPase基本信息 |
3.3.2 盐度胁迫对皱纹盘鲍Na~+/K~+-ATPase的影响 |
3.4 讨论 |
3.5 结论与展望 |
附图 |
结论 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
(10)温度与饵料对绿盘鲍生长的影响研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
第一节 温度和饵料对水产动物的影响 |
1.1.1 温度和饵料对水产动物摄食和生长的影响 |
1.1.2 温度和饵料对水产动物消化酶活性的影响 |
1.1.3 温度对水生动物能量收支的影响 |
第二节 不同因子对水产动物肠道微生物的影响 |
1.2.1 温度和饵料对水产动物肠道微生物的影响 |
1.2.2 养殖方式和规格对水产动物肠道微生物的影响 |
第三节 本研究的目的与内容 |
1.3.1 研究目的 |
1.3.2 研究内容 |
第二章 温度和饵料对皱纹盘鲍和绿盘鲍生长、消化酶活的影响 |
第一节 温度和饵料对皱纹盘鲍和绿盘鲍生长和摄食的影响 |
2.1.1 材料和方法 |
2.1.1.1 实验材料和养殖系统 |
2.1.1.2 实验方法 |
2.1.1.3 数据分析 |
2.1.2 实验结果 |
2.1.2.1 水质参数 |
2.1.2.2 成活率 |
2.1.2.3 生长速率 |
2.1.2.4 摄食率与饵料系数 |
第二节 温度和饵料对皱纹盘鲍和绿盘鲍消化酶活性的影响 |
2.2.1 材料与方法 |
2.2.1.1 实验材料 |
2.2.1.2 实验方法 |
2.2.1.3 数据分析 |
2.2.2 实验结果 |
2.2.2.1 褐藻酸裂解酶 |
2.2.2.2 胰蛋白酶 |
2.2.2.3 α-淀粉酶 |
2.2.2.4 纤维素酶 |
第三节 讨论 |
2.3.1 温度和饵料对皱纹盘鲍和绿盘鲍生长和摄食的影响 |
2.3.2 温度和饵料对皱纹盘鲍和绿盘鲍消化酶活性的影响 |
第三章 温度对皱纹盘鲍和绿盘鲍能量收支的影响 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 实验材料 |
3.1.2 实验方法 |
3.1.3 统计分析 |
3.2 实验结果 |
3.2.1 摄食率 |
3.2.2 吸收率 |
3.2.3 耗氧率 |
3.2.4 生长能 |
3.2.5 生长效率 |
3.2.6 净生长效率 |
3.3 讨论 |
第四章不同因子对皱纹盘鲍和绿盘鲍肠道微生物的影响 |
4.1 温度和饵料对鲍肠道微生物的影响 |
4.1.1 材料与方法 |
4.1.1.1 实验材料 |
4.1.1.2 DNA提取 |
4.1.1.3 DNA浓度及纯度检测 |
4.1.1.4 扩增子测序流程 |
4.1.1.5 生物信息学分析 |
4.1.1.7 统计分析及绘图 |
4.1.2 实验结果 |
4.1.2.1 α多样性稀释曲线 |
4.1.2.2 样品物种组成 |
4.1.2.3 α多样性 |
4.1.2.4 β多样性 |
4.1.2.5 异菌群分析 |
4.1.2.6 picrust功能预测 |
4.1.2.7 道微生物与环境微生物相关性 |
4.2 殖模式和规格对鲍肠道微生物的影响 |
4.2.1 实验材料 |
4.2.2 实验方法 |
4.2.3 计分析及绘图 |
4.2.4 实验结果 |
4.2.4.1 实验鲍生长性能比较 |
4.2.4.2 α多样性稀释曲线 |
4.2.4.3 样品物种组成 |
4.2.4.4 α多样性 |
4.2.4.5 β样性 |
4.2.4.6 差异菌群分析 |
4.2.4.7 picrust功能预测 |
4.3 讨论 |
4.3.1 温度和饵料对皱纹盘鲍和绿盘鲍肠道微生物的影响 |
4.3.2 养殖模式和生长速率对皱纹盘鲍和绿盘鲍肠道微生物的影响 |
第五章 论文主要结论,创新点及不足 |
5.1 论文主要结论 |
5.2 论文主要创新点 |
5.3 不足与展望 |
参考文献 |
致谢 |
四、皱纹盘鲍组织培养研究(论文参考文献)
- [1]海水碳酸盐体系变化对两种经济贝类关键生理活动的影响[D]. 张雯雯. 上海海洋大学, 2021
- [2]鱼类和贝类脯氨酰内肽酶的比较分析[D]. 陈守峰. 集美大学, 2021
- [3]皱纹盘鲍基质金属蛋白酶1及组织抑制剂的研究[D]. 张明辉. 集美大学, 2021
- [4]皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的识别和性别分子标记的开发[D]. 罗晗娇. 集美大学, 2021
- [5]琼胶裂解酶菌株的筛选、培育及应用研究[D]. 陈怡静. 齐鲁工业大学, 2020(04)
- [6]两种卵色皱纹盘鲍性腺组织转录组分析及GLT1基因的克隆与表达[D]. 袁波. 上海海洋大学, 2020(03)
- [7]皱纹盘鲍脯氨酸内肽酶性质及晶体结构的研究[D]. 李婉玉. 集美大学, 2020(08)
- [8]高温与低温驯化下皱纹盘鲍幼鲍耐热性的代谢组学与转录组学比较分析[D]. 高婷婷. 中国科学院大学(中国科学院海洋研究所), 2019(01)
- [9]皱纹盘鲍水通道蛋白家族和Na+/K+-ATPase基因的鉴定分析以及对盐度胁迫的响应研究[D]. 贾阳磊. 中国科学院大学(中国科学院海洋研究所), 2019(01)
- [10]温度与饵料对绿盘鲍生长的影响研究[D]. 唐斌. 厦门大学, 2019(09)