一、艾滋病感染人群中HIV抗性基因的分析及其意义（论文文献综述）
孙涛[1]（2020）在《HIV感染者免疫调节基因差异分析及长期HAART治疗者肝功能随访研究》文中研究表明随着高效抗逆转录病毒治疗（HAART）的应用,人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者的预期寿命得到了提升,同时发病率与死亡率明显下降。而长期HIV感染引起的慢性炎症与异常免疫激活及其造成的非艾滋病相关并发症以及长期HAART累积的毒副作用更加引起了人们的注意。因此,本文为此开展了以下3部分研究。第一部分,为了探索与HIV感染引起的慢性免疫异常相关的基因,我们选取了65个免疫调节基因,在36例HIV感染者与健康对照的外周血单个核细胞（PBMC）样本中进行检测,筛选出了13例差异表达的基因。选取差异最明显的3个基因:A20,S1PR1,USP18,继续在48例具有不同HIV病毒载量的HAART治疗者的PBMC中进行检查,并将结果与病毒载量以及CD4+T细胞计数做相关分析,发现存在相关性。第二部分,为了研究A20在HIV感染中起到的作用,我们筛选出高表达A20的HIV靶细胞系:H9细胞,利用CRISPR/Cas9技术敲除H9细胞的A20基因。发现基因敲除后,细胞内p-p65蛋白表达升高,核转录因子NF-κB（nuclear factor-kappa B）活化水平升高,同时细胞感染HIV后病毒复制增加。第三部分,我们统计分析了765例HAART治疗者15年的肝功能相关随访数据,发现治疗前84.9%的患者谷丙转氨酶（ALT）处于正常水平,平均CD4+T细胞为182/μl,病毒载量均>10,000copies/ml;治疗后90.1%的患者ALT处于正常水平,CD4+T细胞为382/μl,平均病毒载量为75.8 copies/ml。长期HAART治疗后,患者的肝功能相较于治疗前未出现明显变化,同时CD4+T淋巴细胞为与HAART治疗后严重肝功能异常相关的危险因素（HR:2.457;P=0.042）,女性为保护因素（HR:0.081;P=0.014）。综上,本研究得到以下结论:（1）与健康人群相比,HIV感染者PBMC中的13个免疫调节基因（A20,CYLD,DDX24,MARCH5,MKRN2,PTP1B,RNF125,S1PR1,SOCS1,IFI35,RBCK1,TTLL12,USP18）表达水平发生了明显变化（P<0.05）。（2）在HAART治疗者中,CD4+T细胞计数与A20及S1PR1的表达水平呈正相关;病毒载量与USP18的表达水平呈正相关。（3）H9细胞敲除A20基因后NF-κB活化水平升高,感染HIV后上清液P24蛋白产生速度升高,病毒复制增强。（4）在我们的研究队列中,在有效随访管理,规律用药以达到病毒学治疗成功的前提下,长期HAART患者的肝功能较治疗前无明显变化。
叶家萍[2]（2019）在《HIV感染者鼻腔携带MRCoNS的现状及其表型遗传特征研究》文中进行了进一步梳理目的探究HIV感染者鼻腔耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌（methicillin-resistant Coagulase-negative staphylococci,MRCoNS）的携带情况,分析其影响因素,了解其耐药表型及分子特征。方法本研究设计为横断面研究,采用方便抽样的方法调查广州市第八人民医院门诊的HIV感染者鼻腔MRCoNS的携带情况,调查前,所有研究对象签署知情同意书。采用传统实验室方法分离鉴定凝固酶阴性葡萄球菌;应用Kirby-Bauer纸片扩散法对菌株进行药敏试验;采用聚合酶链式反应技术检测16SrRNA基因、nuc基因、mecA基因、mecC基因、耐药基因、毒素基因和耐消毒基因。HIV感染者鼻腔MRCoNS携带情况用率表示,菌株的耐药情况和基因携带情况用构成比表示。采用χ2检验或Fisher确切概率法对HIV感染者鼻腔MRCoNS的携带情况进行单因素分析。将单因素分析中P<0.05的变量纳入Logistic模型进行多因素分析。采用Logistic回归分析结合χ2检验或Fisher确切概率法比较HIV感染者鼻腔MRCoNS和甲氧西林敏感凝固酶阴性葡萄球菌（methicillin-susceptible coagulase-negative staphylococci,MSCoNS）的耐药情况和基因携带情况。所有数据分析均由Stata13.0完成。结果HIV感染者鼻腔MRCoNS的携带情况:本研究共纳入1001名HIV感染者,凝固酶阴性葡萄球菌携带率为57.44%（575/1001）,MRCoNS携带率为42.26%（423/1001）,耐甲氧西林表皮葡萄球菌（methicillin-resistant S.epidermidis,MRSE）携带率为30.87%（309/1001）,耐甲氧西林溶血葡萄球菌（methicillin-resistant S.haemolyticus,MRSH）携带率为9.99%（100/1001）,多重耐药耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌（multi-drug resistant methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci,MDRMRCoNS）携带率为34.27%（343/1001）。HIV感染者鼻腔MRCoNS携带的影响因素:大专及以上学历的HIV感染者鼻腔MRCoNS的携带风险低;近6个月服用磺胺或其他预防性抗生素可增加HIV感染者鼻腔MRCoNS携带的风险。大专及以上学历的HIV感染者鼻腔MDRMRCoNS的携带风险低;近一年使用抗生素类药物、近一年有手术、近6个月服用磺胺或其他预防性抗生素和最近一次CD4/CD8比值<0.2可增加HIV感染者鼻腔MDRMRCoNS携带的风险。同居人数>3人、接触鼠类或其分泌物和服用磺胺或其他预防性抗生素可增加HIV感染者鼻腔MRSE携带的风险。与他人共用生活用品可增加HIV感染者鼻腔MRSH携带的风险;户籍为广州的HIV感染者鼻腔MRSH的携带风险低。耐药情况:本研究HIV感染人群MRCoNS菌株对青霉素（93.71%）、红霉素（72.89%）、复方新诺（54.23%）的耐药率较高;与甲氧西林敏感凝固酶阴性葡萄球菌比较,MRCoNS菌株可增加对青霉素、红霉素、复方新诺、莫西沙星、四环素、克林霉素、利福平7类抗生素的耐药风险。与非MDRMRCoNS比较,MDRMRCoNS菌可增加对11类抗生素的耐药风险,提示MDRMRCoNS耐药性严重。本研究HIV感染人群MRSE菌株对青霉素（94.17%）、红霉素（68.61%）、复方新诺（60.19%）的耐药率较高;与甲氧西林敏感表皮葡萄球菌比较,MRSE可增加对青霉素、红霉素、复方新诺、四环素、莫西沙星5类抗生素的耐药风险。HIV感染人群MRSH对青霉素（94.00%）、红霉素（87.00%）、庆大霉素（77.00%）、莫西沙星（67.00%）、克林霉素（50.00%）的耐药率较高;与甲氧西林敏感溶血葡萄球菌比较,MRSH可增加对青霉素、红霉素和莫西沙星3类抗生素的耐药风险。MRCoNS和MRSE的多重耐药率超过79%,MRSH的多重耐药率为超过95%。基因检测情况:本研究HIV感染人群MRCoNS菌株主要检测出aac（6’）-aph（2’）（66.16%）、tet（K）（48.16%）和erm（C）（55.97%）耐药基因,检出率均高于甲氧新林敏感凝固酶阴性葡萄球菌（P<0.05）。本研究HIV感染人群MDRMRCoNS菌株主要检测出aac（6’）-aph（2’）（69.35%）、tet（K）（52.15%）、erm（C）（58.87%）和lin（A）（51.61%）耐药基因,检出率均高于非MDRMRCoNS菌株（P<0.05）。本研究HIV感染人群MRSE菌株主要检测出aac（6’）-aph（2’）（63.75%）、tet（K）（46.60%）和erm（C）（54.69%）耐药基因,检出率均高于甲氧西林敏感表皮葡萄球菌（P<0.05）。本研究HIV感染人群MRSH菌株主要检测出aac（6’）-aph（2’）（74.00%）、tet（K）（52.00%）、erm（C）（60.00%）和lin（A）（35.00%）耐药基因。HIV感染者MRCoNS、MDRMRCoNS、MRSE和MRSH菌株pvl基因检出率分别为3.45%、6.72%、9.06%和2.00%。HIV感染者MRCoNS、MDRMRCoNS、MRSE和MRSH主要检测出qacA/B耐消毒基因,检出率分别为52.71%、56.99%、53.72%和58.00%。结论HIV感染人群鼻腔MRCoNS的携带率高,主要携带MRSE和MRSH。近6个月服用磺胺或其他预防性抗生素是HIV感染者鼻腔MRCoNS携带的危险因素;近一年使用抗生素类药物、近一年有手术、近6个月服用磺胺或其他预防性抗生素和最近一次CD4/CD8比值<0.2是HIV感染者鼻腔MDRMRCoNS携带危险因素;同居人数>3人、接触鼠类或其分泌物和服用磺胺或其他预防性抗生素是HIV感染者鼻腔MRSE携带的危险因素;与他人共用生活用品是HIV感染者鼻腔MRSH携带的危险因素。HIV感染人群鼻腔MRCoNS多重耐药严重,尤其是MRSH。MRCoNS、MRSE和MRSH耐药基因主要检测出aac（6’）-aph（2’）、tet（K）、erm（C）和lin（A）,耐消毒基因主要检测出qacA/B基因。
张芳[3]（2019）在《NDRG1在卡波氏肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）潜伏感染中的功能机制研究》文中研究指明卡波氏肉瘤相关疱疹病毒（Kaposi’s sarcoma associated herpesvirus,KSHV）是一种致瘤的人类DNA疱疹病毒,能导致多种肿瘤的发生,包括卡波氏肉瘤、原发性浸出淋巴瘤和多中心性卡斯特曼病等恶性肿瘤。KSHV作为一种疱疹病毒,能在宿主体内建立终身潜伏感染。处于潜伏期的KSHV病毒基因组,以染色体外附加体（episome）的形式系挂在宿主染色体上,并会随着宿主细胞每个细胞周期的染色体复制而复制,并随着细胞的分裂而平均分配到子代细胞中,从而保证较为稳定的病毒拷贝数长期存在于宿主细胞内。KSHV病毒潜伏感染的建立和维持对病毒持续感染和致瘤均十分关键,因此进一步阐明KSHV潜伏感染的分子机制十分必要。本研究中,我们通过RNA深度测序、基因芯片、和iTRAQ多种组学技术筛选,鉴定了一个新的宿主蛋白N-Myc下游调节基因1（N-Myc downstream regulated gene 1,NDRG1）在KSHV感染的各类细胞系和卡波氏肉瘤组织中高表达。通过KSHV病毒从头感染实验,我们确定了KSHV病毒可以显着上调细胞内NDRG1的表达水平,并进一步发现KSHV编码的潜伏态相关核抗原（Latency associated nuclear antigen,LANA）对上调NDRG1表达起关键作用。为了探索NDRG1在KSHV感染过程中发挥的功能,我们敲低了KSHV潜伏感染的原发渗出性淋巴瘤细胞中的NDRG1,发现KSHV基因组拷贝数发生明显下降,病毒基因组发生丢失。为了寻找其内在机制,我们通过串联亲和层析联合质谱的技术,发现NDRG1能与增殖细胞核抗原（Proliferating cell nuclear antigen,PCNA）相互作用,而后者是一种在DNA复制过程中起着DNA聚合酶夹作用的蛋白。有趣的是,我们发现NDRG1不仅与PCNA发生直接相互作用,它还发挥桥梁作用介导LANA招募PCNA至KSHV基因组复制起始位点区域--末端重复序列（Terminal repeat,TR）,从而有利于病毒基因组的复制和病毒附加体在细胞中的长期稳定维持。综上所述,本研究首次发现NDRG1在KSHV病毒基因组复制中发挥重要作用并阐明其功能机制,为进一步探索KSHV潜伏感染机制提供了新的线索。
周霞[4]（2018）在《HLA遗传多态性与MDR/RR-TB和HIV易感性的关联研究及其在新型结核诊断肽筛选中的应用》文中研究说明研究背景:人免疫缺陷病毒感染（HIV）及其引起的获得性免疫缺陷综合征（AIDS）的流行、耐多药/利福平耐药结核（MDR/RR-TB）的传播已成为导致世界范围内结核疫情复燃及蔓延的重要原因。而个体是否容易罹患AIDS或MDR/RR-TB,除与病原体传播有关,还与宿主是否携带易感基因有关。来自世界各地的研究表明,HIV或TB感染及其疾病进展的宿主遗传易感性部分取决于人类白细胞抗原（HLA）系统。TB/HIV双重感染对结核诊断构成了巨大的挑战,由于艾滋病继发的严重免疫缺陷,易使现有结核诊断方法,甚至以ESAT-6和CFP-10作为反应刺激物的结核感染IFN-γ释放实验呈假阴性。研究目的:研究一调查湖北汉族人群中耐多药/利福平耐药结核病（MDR/RR-TB）患者的人类白细胞抗原（HLA）A、B、DRB1位点的高分辨率等位基因和单体型频率的分布特征,并与同一地区药物敏感结核病（DS-TB）患者相比较,拟发现HLA-A、B、DRB1等位基因及其单体型与耐多药/利福平耐药结核（MDR/RR-TB）易感性的关系。研究二调查华中地区HIV/AIDS人群HLA-A、B、C位点的高分辨率等位基因的分布特征,以筛选HIV/AIDS人群经典MHC-Ⅰ高频分子（MHC-Ⅰa）,利用高频率MHC-Ⅰa限制性表位筛选针对该群体的结核分枝杆菌特异性刺激抗原肽,刺激结核特异性CD8+细胞分泌IFN-γ,以提高HIV/AIDS人群结核感染的早期诊断率。研究方法:在第一项研究中,我们抽取来自湖北汉族人群的174例耐多药/利福平耐药结核病患者（观察组）和838例药物敏感结核病患者（对照组）的血样,使用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针（PCR-SSOP）技术进行4位数HLA-A、B、DRB1等位基因分型,比较两组间HLA-A、B、DRB1等位基因和单体型频率。使用Arlequin ver 3.5软件分析两组HLA-A、B、DRB 1等位基因和单体型的频率,使用Epi Info 7软件和SPSS22.0软件分析两组间HLA等位基因的差异。第二项研究分以下2步进行:1.HIV/AIDS人群MHC-Ⅰa高频分子的筛选:将424名HIV-1感染者作为研究对象,以836名同一地区HIV阴性健康人群为对照,采用PCR-SSOP及PCR-SBT技术进行HLA-A、B、C等位基因的基因分型。使用Arlequin ver3.0软件分析两组HLA-A、B、C等位基因和单体型的频率,使用Epi Info 7软件和SPSS18.0软件分析华中地区HIV/AIDS人群的经典Ⅰ类人类白细胞抗原（HLA-A、B、C）等位基因分布特点,确定该人群经典MHC-Ⅰ高频分子。2.以结核分枝杆菌差异区（region of differences,RD）编码蛋白为候选抗原,通过计算机软件预测候选抗原上与HIV/AIDS人群MHC-Ⅰa高频分子高度亲和的表位。人工合成含HIV/AIDS人群经典MHC-Ⅰ高频分子高亲和力表位的多肽作为刺激原,以培养证实的结核病患者去除CD4+、CD56+细胞的外周血单个核细胞（PBMC）为阳性样本,以有BCG接种史的健康对照的外周血单个核细胞（PBMC）为阴性样本,进行IFN-γELISpot,选择对TB样本有刺激效应且对健康对照无刺激效应的多肽。用筛选所得混合多肽池为IGRA试剂,与重组结核分枝杆菌早期分泌抗原靶6-培养滤液蛋白10融合抗原（recombinant fusion protein of early secretory antigenic target 6 k Da and culture filtrate protein10 k Da,r ESAT6/CFP10）比较在HIV感染人群中的灵敏度和特异度,以验证CD8抗原肽是否能提高r EAST6/CFP10刺激TB/HIV患者外周血IFN-γ释放反应率及强度。研究结果:研究一,对所测数据进行统计分析显示,对照组的所有位点均不偏离哈迪-温伯格平衡（HWE）。多因素Logistic回归分析显示,除年龄较大（p<0.0001;OR=10.9,95%CI 7.6–15.8）、既往治疗史（p<0.0001;OR=11.0,95%CI 7.2–16.7）和治疗依从性差（p<0.0001;OR=12.9,95%CI 8.4-20.0）外,等位基因DRB1*08:01（p<0.0001;OR=174.5,95%CI 15.3–1987.2）是MDR/RR-TB的独立预测因子。而在初治结核病例亚组中,DRB1*08:01（p<0.0001;OR=80.3,95%CI 7.0-917.1）和年龄较大（p<0.0001;OR=3.9,95%CI 2.4-6.4）是原发MDR/RR-TB的独立易感因素。研究二,首先测得华中地区HIV/AIDS人群MHC-Ⅰa高频分子为HLA-A*11:01（27.7%）、HLA-B*46:01（16.7%）、HLA-A*24:02（15.6%）、HLA-A*02:07（14.2%）、HLA-B*40:01（12.7%）、HLA-C*12:02（10.7%）、HLA-C*03:04（9.4%）、HLA-A*02:01（9.0%）、HLA-C*07:02（8.0%）、HLA-B*13:01（7.5%）、HLA-A*33:03（6.6%）、HLA-C*07:01（5.8%）、HLA-C*03:01（5.5%）、HLA-C*04:05（5.3%）、HLA-B*58:01（5.3%）,通过调整年龄和性别混杂因素后的多因素Logistic回归分析显示,HIV-1阳性组的HLA-A*02:06、HLA-B*15:01等位基因亚型频率高于HIV-1阴性组。然后,利用网络表位预测工具Net MHCpan3.0服务器预测并筛选与HIV感染人群MHC-Ⅰa高频分子高度亲和的免疫优势表位,并通过体外筛选试验,最终获得8个重叠多肽池,Rv0222176-191、Rv1980c122-138、Rv1985c105-120、Rv3425141-165、Rv3873133-151、Rv3873158-166、Rv387878-86、Rv3879c673-690,可刺激结核患者外周血CD8+T淋巴细胞产生γ干扰素,但对健康对照外周血单个核细胞无刺激效应。在检测25例TB/HIV双重感染血样时,由这8个重叠多肽池混合而成的IGRA刺激剂（CP）的灵敏度与r ESAT6/CFP10（EC）的灵敏度均较低（68%vs 48%,p>0.05）,但二者共同作为IGRA刺激剂（CP+EC）时灵敏度达92%,显着高于r ESAT6/CFP10（χ2=11.5238,p=0.00068）,且不影响特异性。结论:研究一,推证了人类自身遗传因素中HLA基因多态性影响个体对MDR/RR-TB的易感性。我们的研究结果表明,综合结核病患者的临床和宿主遗传信息可能有助于MDR/RR-TB的预测和早期发现。研究二,根据HIV/AIDS人群HLA-A、B、C等位基因分布特点筛选出来的经典MHC-Ⅰ限制性结核抗原肽,有提高IGRAs在HIV/AIDS人群中的结核感染检测灵敏度的潜力。
刘洁[5]（2016）在《运用转录组测序技术从HEPS者中筛查艾滋病不易感的关键基因》文中研究表明目的:筛查人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus -1,HIV-1）高暴露持续血清阴性（highly exposed and persistently seronegative,HEPS）者不易感的关键基因,揭示HEPS者HIV-1不易感的遗传背景。方法:通过疾病预防控制中心（Center for Disease Prevention and Control,CDC）艾滋病信息上报系统,在广西南宁、柳州、钦州所辖市区县的美沙酮门诊、艾滋病自愿咨询检测门诊,严格按照标准筛选HIV-1感染者的配偶及固定性伴作为研究对象,同时以年龄、性别、民族与HEPS组匹配筛选正常人群为对照组。通过问卷调查收集研究对象的人口学特征、性行为特征等,并采集研究对象的外周静脉血。分离外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells, PBMCs）,提取样品RNA后,委托华大基因公司（Beijing Genomics Institute, BGI）进行 Hi-Seq 2000 高通量测序,筛选出关键差异表达基因,进而筛查HIV-1 HEPS者不易感的关键基因。结果:1.测序质检结果:（1）碱基组成分析:碱基组成图显示两样品A、T曲线重合,且G、C曲线也重合;（2）碱基质量分析:碱基质量图显示两样品低质量（<20）的碱基比例均较低;（3）片段打断随机性分析:reads在基因上的分布图显示两样品的reads在基因各部位分布都较均匀;（4）基因覆盖度分析:C01 （对照样品）总基因数为16963,覆盖度为90%～100%的基因有8313个（约占49%）,覆盖度为0%～10%的基因有1451个（约占9%）;GH01（HEPS样品）总基因数为17125,覆盖度为90%～100%的基因有8775个（约占51%）,覆盖度为0%～10%的基因有1427个（约占8%）。质检结果显示:样品碱基组成均衡质量高、片段打断随机性好、基因覆盖度高,测序结果质检合格。2.比对结果:与人类参考基因序列比对,样品C0I共有reads数47191584,其中比对上的reads数为33577371 （71.15%）;样品GH01共有reads数47062392,其中比对上的reads数为31811486 （67.59%）。两样品clean reads 中 unique match reads 达到 65%以上,perfect match reads 达到50%左右。3.差异表达基因统计:样品GH01与样品C0I比较,差异基因共1906个,其中1139个基因表达上调,767个基因表达下调（FDR≤0.001且｜log2 Ratio｜>1）。差异表达的基因中包含了 15个与之前报道和HIV-1不易感相关的基因:CCL2、KIR2DL1、KIR2DS2、KIR3DL1、KIR3DL2、KIR2DL2、CCL4、CCL3L1、CCL20、KIR2DL3、CCL3、KIR2DS1、KIR3DS1、KIR2DS4和CCR9。此外,筛选了一批与HIV-1感染复制有关,但未见报道和HIV-1不易感相关的基因。综合差异表达倍数结果与相关文献报道,重点关注的基因主要包括 30 个:CCL2、CCL3、CCL3L1、CCL3L3、CCL4、CCL20、CXCL9、CXCL10、CCR4、CCR9、SIGLECI、SIGLEC14、CH25H、KIR2DL1、KIR2DL2、KIR2DL3、KIR3DL1、KIR3DL2、KIR2DS1、KIR2DS2、KIR2DS4、KIR3DS1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQA2、HLA-DQB2、HLA-G、APOBEC3A、APOBEC3B。4.差异表达基因的GO功能富集分析:以correctedp-value≤0.05为阈值,GH01、C01差异表达基因富集到47个功能组上,其中细胞成分5类,分子功能5种和生物过程37种。本研究细胞成分显示主要定位在膜上和细胞表面;分子功能包括细胞因子活化、受体结合、分子转导活性;参与的生物过程中可能与艾滋病不易感相关且差异表达基因富集比例>10%的主要有:刺激应答及其调节、生物过程及细胞过程的调节、信号转导、细胞表面受体信号通路、免疫系统过程及其调节等。5.差异表达基因的KEGGpathway分析:两样品间可能与HIV-1不易感相关的显着差异表达的通路主要有7条（按Qvalue<0.05）,包括:细胞因子及其受体信号通路、抗原加工提呈通路、粘附分子信号通路、NK细胞调节的细胞毒性通路、吞噬体信号通路、补体系统信号通路和B细胞受体信号通路。结论:1.运用转录组测序技术筛选了一批可能与HIV-1不易感性相关的基因,主要包括趋化因子及其受体家族（Chemokines）、杀伤细胞免疫球蛋白样受体成员（KIRs）、人类白细胞抗原分子（HLA）、载脂蛋白BmRNA编辑酶催化多肽样蛋白3家族（APOBEC3）、唾液酸结合性免疫球蛋白样凝集素（SIGLECs）及干扰素刺激基因（ISGs）等,为下一步研究HIV-1不易感的具体机制奠定了基础。2. GO功能富集及KEGG pathway富集分析结果均有力地支持了本研究中所筛选的差异表达基因在HIV-1不易感中的重要性,同时表明了免疫相关生物过程及信号通路在王HIV-1不易感中的重要作用。3.本研究通过运用转录组测序技术成功从HEPS者中筛选了一批可能影响HIV-1不易感的关键基因。由此可见转录组测序技术已然发展成为了筛选差异表达基因的有力工具,可用于更多生物学机制方面的研究。
杨霄旭[6]（2016）在《跨界基因沉默技术的改良及其在抑制HIV复制关键基因的应用初探》文中指出“跨界基因沉默”是一种利用大肠杆菌E.coliBL21（DE3）在哺乳动物细胞中传递siRNA并引起相应基因沉默的技术方法。在这种基因沉默系统中,人工设计的shRNA被克隆到跨界基因沉默质粒载体中,由载体上的T7启动子控制shRNA转录,经E.coliBL21（DE3）传递至靶标细胞中;细菌首先被哺乳动物细胞所吞噬,并逃逸到细胞质中,随后在细胞质中被裂解,释放出有沉默效应的shRNA;通过经典的Dicer/RISC途径,由siRNA介导的RNA干扰随即被触发。跨界基因沉默技术通过细菌载体传递特定的siRNA具有如下优势:首先,跨界基因沉默技术提供了一种非常实用的生物治疗方式;其次,与传统的siRNA传递技术相比,转染跨界基因沉默载体的细菌能持续产生shRNA,并保持shRNA的稳定;第三,耗费低廉,可节约操作成本。本课题对跨界基因沉默技术做了如下改良:1、利用跨界基因沉默质粒携带长双链RNA干扰序列干扰靶细胞中的目的基因。我们针对内源基因CTNNB1（cateninbeta1）和TUBA1B（tubulin alpha 1b）设计了干扰这两个基因的长双链序列,并将它们克隆到 dstrip 质粒（dsRNA trans-kingdom RNAi plasmid）上,使之表达相应的长双链RNA,用这两个质粒通过跨界基因沉默技术对SW480细胞进行处理,经qPCR和western blot检测,我们发现,靶基因的转录水平和蛋白的表达水平都受到了抑制,这表明长双链RNA可通过跨界基因沉默技术的传递对靶标细胞的目的基因进行RNA干扰。我们利用拼接PCR将这两个干扰片段连接成嵌合型双链,并将其克隆到dstrip上构建成dstrip C-T质粒（C代表CTNNB1,T代表TUBA1B）,用该质粒通过跨界基因沉默技术对SW480细胞进行处理,经qPCR和western blot检测,我们发现,这两个靶基因的转录和表达都受到了一定程度的抑制,这表明嵌合型长双链RNA也可以通过跨界基因沉默技术的传递对靶标细胞的多个目的基因进行RNA干扰。2、利用分子生物学方法构建了跨界基因沉默整合型质粒,它能快速的将跨界基因沉默质粒的工作元件整合到BL21（DE3）的染色体上,形成跨界基因沉默菌株。在本研究中,我们通过实验摸索出跨界基因沉默菌株的侵染条件,并证明跨界基因沉默菌株可以对靶标基因产生干扰作用。3、建立了能稳定表达nef蛋白的SW480-nef稳定细胞系和能稳定表达gag蛋白的SW480-gag稳定细胞系,针对HIV复制关键基因nef和gag设计了干扰这两个基因的长双链干扰序列,构建了dstrip-gag,dstrip-nef和dstrip-nef-gag质粒,用这三个质粒通过跨界基因沉默技术对含有各自靶标的稳定细胞系进行处理,我们发现,靶基因蛋白的表达水平得到了一定程度的抑制。同时我们利用跨界基因沉默整合技术构建了 BL21（DE3）-dstrip-nef,BL21（DE3）-dstrip-gag 和BL21（DE3）-dstrip-nef-gag干扰菌株,并通过实验证明这三株跨界基因沉默菌株能有效的抑制各自靶基因的蛋白表达。在细胞模型中,我们利用跨界基因沉默技术成功干扰了 HIV复制的关键基因,这初步证明利用跨界基因沉默技术来治疗艾滋病的策略是可行的。本文首次提出嵌合型双链RNA跨界基因干扰,验证了其可行性,并初步探讨了将这种技术用于艾滋病毒感染治疗。
苏威武,袁泉,贺小峰,刘杨[7]（2016）在《亚洲人群中SDF1-3’A和CCR2-64I基因的多态性与HIV-1感染相关性的Meta分析》文中研究表明目的探讨SDF1-3’A和CCR2-64I基因的多态性与HIV-1感染之间的关联性。方法检索国内外有关SDF1-3’A和CCR2-64I基因的多态性与HIV感染相关性的病例对照研究文献进行Meta分析。结果符合CCR2-64I入选条件的文献有13篇,20个研究,总共有5 578例样本,其中病例有2 898例,健康对照有2 680例,当CCR2-64I基因所入选的研究全部合并在一起时,在所有模型中没有发现其显着相关性（CY vs.CC:OR=0.97,95%CI=0.851.09;CY+YY vs.YY:OR=1.00,95%CI=0.891.13;YY vs.CC:OR=1.28,95%CI=0.971.69）。符合SDF1-3’A入选条件的文献13篇,19个研究,总共有4 854例,其中病例有2 281例,健康对照有2 573例,在整个和亚组分析中没有发现其显着相关性。而在印度人群发现高度的异质性。结论亚洲人群CCR2-64I两种抗性基因与HIV-1感染之间无相关性;中国人群SDF1-3’A与HIV-1感染之间无相关性;印度人群SDF1-3’A与HIV-1感染之间是否有相关性仍需作进一步的研究。
陈静宜[8]（2015）在《云南玉溪汉、彝和哈尼族HIV感染相关基因多态性及流行情况研究》文中进行了进一步梳理研究背景及目的通过分析云南省玉溪市汉族、彝族、哈尼族人群HIV感染相关基因的突变频率和多态性特点,并与已有的国内外研究结果比较,探讨玉溪市汉族、彝族、哈尼族CCR2b-64I、SDF1-3’A、CX3CR1-V249I和CX3CR1-T280M四个基因位点分布情况与其他种族人群是否具有差异性,为评估玉溪市汉族、彝族、哈尼族人群对HIV的遗传易感性及艾滋病的防治提供理论依据。方法1、 对云南省玉溪市1995年以来所有在册HIV感染者的构成情况进行分析。分析内容包括性别构成、职业构成、婚姻状况、感染途径、民族构成五个方面,并通过表与图的形式分析以上五个要素的变化趋势,了解玉溪市HIV感染流行情况。2、对汉族、彝族、哈尼族CCR2b-64I、SDF1-3、CX3CR1-V249I和CX3CR1-T280M四个基因位点SNP进行检测分析。根据玉溪市人口民族构成情况及HIV感染者中的民族构成情况,选取排名均靠前的汉族、彝族、哈尼族各100-200例,民族对象应保证三代的纯正民族血统,之间无亲缘关系。提取基因组DNA,利用飞行时间质谱生物芯片系统（MassArray）对 CCR2b-64I、SDF1-3’A、CX3CR1-V249I和CX3CR1-T280M四个基因位点SNP进行检测分析,以Hardy-Weinberg平衡检测所选样本的群体代表性。3、对云南省玉溪市汉族、彝族、哈尼族人群HIV感染相关基因的突变频率和多态性特点与已有的国内外研究结果比较分析。通过以上研究了解玉溪市汉族、彝族、哈尼族人群HIV感染相关基因的突变频率和多态性特点,并与已有的国内外研究结果比较,分析玉溪市汉族、彝族、哈尼族以上四个基因位点分布情况与其他种族人群是否具有差异性。结果1玉溪市1995-2011年HIV感染情况分析1.1感染人员性别构成及变化趋势：以男性居多,但女性人群也不容忽视,头几年出现女性比例逐渐增加的趋势,2007年后趋于平稳,其所占比例基本稳定在40%左右。1.2感染人员职业构成及变化趋势：职业构成从初期的以工人、农民、长途车驾驶员、商业服务人员为主,慢慢扩展到普通人群,从2005年后人群职业范围已非常广泛,甚至包括了儿童、学生、教师、退休人员等低危人群,呈现出低龄化的特征,同时也提示出现家庭内部感染迹象。1.3感染人员婚姻状况构成及变化趋势：感染人群中已婚人员所占比例总体上存在逐年上升的趋势,2007年后逐渐趋于稳定,2005年后已婚感染者均超过半数。1.4感染人员感染途径构成及变化趋势：从图表中可见,感染途径从早年的毒品注射逐渐向性接触方式转变,2006年以后性接触成为最主要的感染途径,以异性间性接触为主,而同性间性接触从2006年开始呈现明显的增加趋势。1.5感染人员民族构成及变化趋势：2004年后汉族人群所占比例直线下降,而少数民族所占比例逐年增加,到2011年少数民族所占比例已接近一半,感染者的民族数已从最初的单一汉族扩展到16个民族,其中以彝族、哈尼族、傣族、回族为主,2008年开始少数民族感染比例（33.9%）已超过其人口构成比（31.69%）,在四个主要少数民族中除彝族外,哈尼族、傣族、回族的感染比例均明显高于其人口构成比。2四个基因位点SNP结果2.1群体代表性检验所有研究对象四个位点基因型分布经X2检验,符合Hardy-Weinbery平衡（p>0.05）,表明研究对象来自同一群体,具有较好的代表性。2.2不同人群中四个基因位点基因型频率及等位基因频率汉族人群共收集样本205例,SDF1-3’A、CCR2-64I、CX3CR1-V249I、 CX3CR1-T280M四个位点成功分型样本数分别为168例、169例、169例及169例；彝族人群共收集样本100例,以上四个位点成功分型样本数分别为96例、97例、96例及96例；哈尼族人群共收集样本105例,四个位点成功分型样本数分别为75例、78例、77例及77例。在SDF1-3’A基因位点,汉族和彝族基因型频率存在显着性差异（p=0.024<0.05）,等位基因频率间也存在显着性差异（p=0.008<0.01）：在CCR2-64I基因位点上,汉族和哈尼族基因频率间存在显着性差异（p=0.008< 0.01）; CX3CR1-V249I和CX3CR1-T280M两个基因位点上三个民族人群基因型频率和等位基因频率均无显着性差异。2.3 CX3CR1基因249I和280M之间的连锁关系对三个民族共342例测定了CX3CR1基因SNP, CX3CR1基因249I和280M等位基因之间的连锁不平衡系数为0.962,两者间存在明显的连锁关系。2.4各基因位点与国内已有研究结果间的比较2.4.1 SDF1-3’A基因位点分型结果与国内外已有研究间比较以A等位基因频率来表示突变频率,与国内外各研究结果进行比较。本次研究的汉族人群突变率与国内其他研究的汉族人群结果间不存在显着性差异；与其他少数民族相比,明显高于鄂伦春族（p=0.024）、鄂温克族（p=0.024）、独龙族（p=0.018）,差异存在显着性：明显低于广西的仫佬族（p=0.025）,差异存在显着性；与国外研究结果相比,明显高于美国黑人（p=0.000）,差异存在显着性,而与亚洲黄种人、高加索人、西班牙人比较接近。国内目前没有该基因位点彝族的相关研究,本次研究的彝族人群突变频率与汉族人群比较,除了高于华北汉族（p=0.028）外,其余均无显着性差异；与少数民族比较,明显高于鄂伦春族（p=0.001）、鄂温克族（p=0.001）、独龙族（p=0.001）、佤族（沧源县）（p=0.004）、傈僳族（福贡县）（p=0.004）、怒族（福贡县）（p=0.008）、怒族（贡山县）（p=0.002）、景颇族（德宏）（p=0.007）、畲族（pF=0.008）,差异存在显着性；与国外研究结果相比,明显高于美国黑人（p=0.000）、高加索人（p=0.003）和西班牙人（p=0.002）,差异存在显着性,与亚洲黄种人比较接近。本次研究的哈尼族人群突变频率与汉族人群比较均不存在显着性差异；与少数民族比较,明显高于鄂伦春族（p=0.018）、鄂温克族（p=0.018）、独龙族（p=0.013）、怒族（贡山县）（p=0.037）,差异存在显着性；与国内其他相同民族研究结果存在一定差异,但差异无显着性：与国外研究结果相比,明显高于美国黑人（p=0.000）,差异存在显着性,而与亚洲黄种人、高加索人、西班牙人比较接近。本次研究的三个民族间,以彝族的突变频率最高,明显高于其他两个民族,尤其与汉族间的差异最大,但差异未达到显着性（p=0.057）。2.4.2 CCR2-64I基因位点分型结果与国内外已有研究间比较以A等位基因频率来表示突变频率,与国内外各研究结果进行比较。本次研究的汉族人群突变率与国内其他研究的汉族人群结果间不存在显着性差异；与其他少数民族相比,明显高于塔吉克族（p=0.042）、怒族（贡山县）（p=0.020）、普米族（p=0.015）、彝族（四川凉山）（p=0.014）、布依族（p=0.044）、黎族（p=0.000）、仫佬族（广西）（p=0.001）,差异存在显着性；与国外研究结果相比,明显高于美国黑人（p=0.003）和高加索人（p=0.000）,差异存在显着性。本次研究的彝族人群突变频率明显高于国内四川凉山的彝族人群（p=0.001）,差异存在显着性；与其他民族相比,明显高于土族（p=0.014）、塔吉克族（p=0.008）、汉族1（甘肃）（p=0.046）、汉族2（北京）（p=0.006）、维吾尔族（喀什）（p=0.019）、独龙族（p=0.042）、佤族（沧源县）（p=0.044）、怒族（贡山县）（p=0.003）、白族（p=0.010）、傣族1（p=0.011）、普米族（p=0.002）、景颇族（德宏）（p=0.014）、布依族（p=0.006）、黎族（p=0.000）、仫佬族（广西）（p=0.000）、壮族1（广西）（p=0.000）差异存在显着性；与国外研究结果相比,明显高于美国黑人（p=0.000）和高加索人（p=0.000）,差异存在显着性。本次研究的哈尼族人群突变频率与国内其他研究的爱伲支系哈尼族人群结果无显着性差异；与其他民族相比,明显高于土族（p=0.007）、塔吉克族（p=0.004）、汉族1（甘肃）（p=0.023）、汉族2（北京）（p=0.001）、维吾尔族（喀什）（p=0.005）、独龙族（p=0.019）、佤族（沧源县）（p=0.020）、佤族（西盟县）（p=0.028）、怒族（福贡县）（p=0.046）、怒族（贡山县）（p=0.001）、白族（p=0.004）、傣族1（p=0.004）、普米族（p=0.001）、景颇族（德宏）（p=0.005）、彝族（四川凉山）（p=0.000）、布依族（p=0.002）、黎族（p=0.000）、仫佬族（广西）（p=0.000）、壮族1（广西）（p=0.000）差异存在显着性；与国外研究结果相比,明显高于美国黑人（p=0.000）和高加索人（p=0.000）,差异存在显着性,也明显高于西班牙人,但因缺乏样本例数,未进行统计学处理,故无具体数据。本次研究的三个民族间,以哈尼族的突变频率最高,明显高于其他两个民族,尤其与汉族间的差异最大,但差异未达到显着性（p=0.103）。2.4.3 CX3CR1等位基因位点分型结果与国内外已有研究间比较以A和T等位基因频率来表示CX3CR1 V249I和T280M的突变频率,与国内外各研究结果进行比较。CX3CR1等位基因频率在中国人群中普遍较低,黎族和壮族甚至为零,其余多在0.1以下。本次研究的汉族人群与国内其他研究的汉族人群结果间均无显着性差异;而与国内外其他种族人群相比,除在V249I位点上明显低于傈僳族（六库县）（p=0.001）、塔吉克族（p=0.009）、维吾尔族（新疆）（p=0.009）、法国人（p=0.000）、意大利人（p=0.000）、高加索人（p=0.000）,差异存在显着性外,与其他种族人群间不存在显着性差异：在T280M位点上同样明显低于傈僳族（六库县）（p=0.001）、塔吉克族（p=0.005）、维吾尔族（新疆）（p=0.005）、法国人（p=0.000）、意大利人（p=0.000）、高加索人（p=0.000）,差异存在显着性,而与其他种族人群间也不存在显着性差异。本次研究的彝族人群与国内其他研究的彝族人群结果间均无显着性差异；而与国内外其他种族人群相比,在V249I位点上除明显低于傈僳族（六库县）（p=0.005）、塔吉克族（p=0.021）、维吾尔族（新疆）（p=0.026）、法国人（p=0.000）、意大利人（p=0.000）、高加索人（p=0.000）,差异存在显着性外,与其他种族人群间不存在显着性差异；在T280M位点上明显低于傈僳族（六库县）（p=0.024）、法国人（p=0.049）、意大利人（p=0.034）、高加索人（p=0.038）,差异存在显着性,而与其他种族人群间不存在显着性差异。本次研究的哈尼族人群与国内其他研究的哈尼族人群结果间均无显着性差异；而与国内外其他种族人群相比,在V2491位点上除明显低于傈僳族（六库县）（p=0.004）、塔吉克族（p=0.013）、维吾尔族（新疆）（p=0.016）、法国人（p=0.000）、意大利人（p=0.000）、高加索人（p=0.000）,差异存在显着性外,与其他种族人群间不存在显着性差异；在T280M位点上同样明显低于傈僳族（六库县）（p=0.001）、塔吉克族（p=0.004）、维吾尔族（新疆）（p=0.011）、法国人（p=0.003）、意大利人（p=0.002）、高加索人（p=0.003）,差异存在显着性,而与其他种族人群间也不存在显着性差异。本次研究的三个民族间,突变频率差异不大,均处于较低水平。结论本次研究对云南省玉溪市汉族、彝族、哈尼族人群CCR2b-64I、SDF1-3/A、 CX3CR1-V249I和CX3CR1-T280M四个基因位点SNP进行了较为详细的研究,结合云南省玉溪市HIV感染流行情况分析及已有国内外不同种族人群关于CCR2b-64I、SDF1-3’A、CX3CR1-V249I和CX3CR1-T280M四个基因位点SNP的汇总分析,可得出以下结论：1.玉溪市HIV感染流行呈现出如下特点：（1）总体上感染者以男性为主,但主要的感染途径是异性间性接触,故对女性感染者的管理是关键,特别是针对从事性服务的女性人群,应加大HIV的宣传及干预；（2）感染者中已婚人群所占比例日趋增加,家庭内部感染问题日益突出;（3）HIV已开始向学生、教师、退休人员等低危人群扩散；（4）目前的感染人群主要还是以受教育程度低的农村人口为主,少数民族已成为一个重要的感染人群,增长势头迅猛。2.本次研究的三个民族在结果上与国内其他民族存在共性的方面,但也有各自显着的特点,即CX3CR1等位基因频率均很低,2491和280M之间存在明显的连锁关系,是主要的致病因子；CCR2b-64I和SDF1-3’A等位基因频率均较高,特别是彝族,两个位点的等位基因频率均较高,是主要的保护因子；三个民族间各具特点,存在明显差异；本次研究的彝族人群CCR2-64I突变频率明显高于国内四川凉山的彝族人群,体现出环境因素的巨大影响。3. CCR2b-64I、SDF1-3’A和CX3CR1是目前研究的热门和成熟的等位基因位点,目前国内缺乏该三个民族针对以上三个基因位点的完整研究结果,本次研究结果填补了国内空白,丰富和完善我国少数民族艾滋病易感性及抗性的遗传背景资料。
郝彦哲[9]（2013）在《慢病毒介导siRNA和细胞内抗病毒因子对HIV抑制作用研究》文中指出随着人类免疫缺陷病毒（HIV）在全球蔓延，HIV感染已成为严重危害人类健康的疾病。高效抗逆转录病毒疗法能够显着地改善AIDS患者的症状，但需要终身用药，药物带来累积性毒性，一旦药物治疗失败就会产生耐药性病毒株。另一方面，现今还未找到一个完全有效的疫苗。随着对控制HIV机制的了解，很多研究者开始将注意力集中在基因治疗，将它作为单独的或者是辅助的治疗方式。RNA干扰技术通过靶向于结构蛋白或者是调节蛋白，已经有效地应用于HIV的基因治疗。由于siRNA在体内不稳定，很快就被降解，体外合成和质粒介导的RNA干扰持续时间较短，不适用于长期抑制基因表达。通过慢病毒载体表达编码siRNA的shRNA在转录水平下调HIV病毒基因从而抑制病毒复制成为基因治疗HIV一种重要的方式。将抗病毒基因导入到干细胞的方式对基因治疗达到长期治疗效果提供了希望。在筛选出针对HIV-1的tat、vpr和rev特异性siRNA的基础上，本研究分别构建了含有相应shRNA序列的重组慢病毒表达质粒，并对靶向基因的干扰效果进行了检测。在此基础上，在293T细胞中包装出含有相应shRNA序列的重组慢病毒并测定病毒滴度。将得到的重组慢病毒感染MT-4细胞，通过嘌呤霉素抗性筛选得到稳定表达siRNA的MT-4细胞系，进行HIV-1NL4-3毒株体外攻击试验，通过检测培养上清中的P24蛋白含量来比较siRNA体外抑制病毒效果。结果表明，靶向于vpr的shRNA可以在转录水平上有效地抑制vpr的表达，抑制率达到88.8%；靶向于tat的shRNA抑制率达到60.2%；稳定表达vprshRNA或tatshRNA的MT-4细胞系能够有效地抑制HIV的复制，短期内培养基中没有HIV的大量复制。基于HARRT治疗的经验，将多个抗HIV基因联合应用同样可能起到更好的抗病毒效果，因此本研究还构建了同时含有靶向于vpr和tat基因的双shRNA的重组慢病毒表达质粒，分别由人U6启动子和H1启动子控制表达；体外与含有vpr及tat基因的质粒共转染表明该重组表达质粒对vpr和tat基因在转录水平上的干扰效果分别达到89.2%和62.0%；将重组慢病毒质粒与病毒包装质粒pNL4-3共转染后，P24定量检测结果显示对HIV病毒包装的抑制率可以达到99.05%，比单独表达靶向于vpr的shRNA或靶向tat的shRNA的抑制率都要高；包装出重组慢病毒后感染MT-4细胞，同样筛选稳定表达siRNA的MT-4细胞系，HIVNL4-3病毒攻击实验表明该细胞系可以有效地抑制病毒的复制。此外，本研究还构建了同时含有基因改造的人源的Trim5a（R332P）和靶向于vpr基因的shRNA的重组慢病毒双表达质粒，分别由巨细胞病毒CMV启动子和U6启动子控制表达，两种抗HIV基因在HIV生命周期的不同阶段通过不同的机制去抑制病毒复制；共转染实验表明重组慢病毒表达质粒表达的vprshRNA可以在转录水平有效地抑制vpr基因的表达，可以达到84.05%，对HIV病毒包装的抑制率可以达到98.45%；Western blot结果表明改造的人源Trim5a（R332P）可以在细胞内表达，在TZM-BL细胞水平通过检测Luciferase表达水平表明人源的Trim5a（R332P）对HIV假病毒的抑制率可以达到63.30%；HIV NL4-3病毒攻击导入该重组慢病毒的阳性MT4细胞实验表明该阳性细胞系可以有效地抑制病毒的复制，证明含有Trim5a（R332P）和vprshRNA表达元件的联合应用具有明显地抗HIV病毒效果。含有siRNA的微粒子是通过细胞胞吐的方式将细胞内表达的siRNA包裹着细胞膜分泌到细胞外。细胞膜成分不仅可以提高siRNA的体外稳定性，而且由于生物膜成分的相似性可提高siRNA导入靶细胞的效率。为降低其免疫原性和提高亲和性，本研究选用低免疫原性的脐带间充质干细胞作为微粒子的制备宿主细胞。首先，通过重组慢病毒感染的方式将人端粒酶催化亚基（hTERT）导入细胞，提高间充质干细胞的分化增殖能力，并对传代后细胞的干细胞性进行检测。其次，导入含有靶向HIV-1的shRNA的重组慢病毒建立了能够持续产生细胞微粒子的间充质干细胞系。结果表明，筛选到的阳性hucMSCs克隆在基因组DNA和mRNA水平检测了hTERT基因的表达水平；该细胞系在体外已经持续培养105代，远远超过人脐带间充质干细胞的分裂增值界限；TRAP-PCR证实该细胞系恢复了端粒酶活性；流式细胞仪结果显示建立的hucMSCs-htert细胞表面有人间充质干细胞特异性表面标记，如CD29，CD44和CD105，不表达CD106、CD45、CD19和HLA-DR；hucMSCs-htert细胞在刺激成骨培养基中培养后，碱性磷酸酶染色表明细胞能够向成骨细胞进行分化，证明该细胞系仍然保持体外分化的潜能；核型分析表明该细胞具有46XY二倍体核型，在SCID小鼠体内不能形成肿瘤，表明该细胞还没有致瘤倾向，是安全的。并对细胞微粒子的制备、对靶向基因的抑制效果进行了初步研究，该细胞微粒可以用于HIV的基因治疗。综上所述，本研究采用慢病毒介导靶向于HIV-1调控基因的单个shRNA、双shRNA、经基因改造过的Trim5a（R332P）和vprshRNA组合的重组慢病毒载体，并且检测了它们对HIV的抑制效果。抗HIV重组慢病毒载体可以有效地感染人脐带造血干细胞，两种shRNA共同应用及不同抗HIV基因的联合应用为HIV的基因治疗提供了新的策略。另外成功地建立了永生化的人脐带间充质干细胞系，证明了外源表达人端粒酶催化亚基可以重构端粒酶的活性并能够增强细胞的增值活性；该细胞系维持了细胞的形态、细胞表面抗原和正常的二倍体细胞核型，在继代培养中仍保持了分化潜能，在SCID小鼠体内没有形成肿瘤，该细胞系为基因治疗、细胞治疗和组织工程提供了充足的细胞来源。该细胞系免疫原性非常低，被应用于制备含有靶向于HIV-1基因的成熟的siRNA的生物纳米微粒子，作为新型的HIV的基因治疗的一种方式。
王晓辉[10]（2011）在《HIV-1高暴露未感染人群淋巴细胞活化状态与HLA分型的关系》文中指出研究目的1.以中国汉族HIV-1暴露而血清阴性者（HIV-1-exposed seronegative subjects, ESNs人群）为研究对象,以健康对照人群和人类免疫缺陷病毒I型（Human Immunodeficiency Virus Type 1, HIV-1）携带者为对照,探讨三组人群DC-SIGN和DC-SIGNR基因多态性与HIV-1不易感性的关系。2.分析三组人群HIV-1感染相关受体的表达差异,从蛋白质表达水平上寻找与HIV-1不易感性相关的受体。3.从基因多态性的角度解释与HIV-1不易感性密切相关的受体差异表达原因。研究方法应用扩增片段长度多态性（PCR-ALFP）的方法进行DC-SIGN和DC-SIGNR基因多态性分析；应用流式细胞术分析HIV-1感染相关受体的表达差异；应用序列特异引物PCR （sequence-specific primers, PCR-SSP）分析HLA基因多态性；应用SPSS13.0统计软件分析三组人群之间受体表达和基因型分布的差异。主要研究结果1. DC-SIGN在三组人群中以7/7型为主,三组人群共检出9个非7/7基因型,但DC-SIGN各基因型分布差异无统计学意义（P=0.648）; DC-SIGNR具有高度多态性,7/5、5/5和6/7基因型的频率从ESN人群、健康对照人群和HIV-1携带者逐渐降低,同时5和6等位基因的频率也呈现均匀下降,但各基因型分布差异无统计学意义（P=0.782）；2. ESNs人群T淋巴细胞HLA-DR+CD4和HLA-DR+CD8均显着性低于健康对照人群（P=0.024,0.009）,这两项指标同时呈现显着性正相关（P<0.001,r=0.960）；利用HLA-DR+CD8的双峰分布特征可以将健康对照人群分为高低表达两群；3.确切概率法卡方检验结果显示,三个基因座的多态性位点中只有A*03和B*55在三组人群中的分布差异有显着性。健康对照人群HLA基因型的分析发现,A*02和A*24基因型在HLA-DR+CD8表达高低两组的分布有显着性差异（P=0.020,0.038）；等位基因分析也验证了这个多态性变异分布的差异（P=0.007,0.009）,DRB1*09等位基因分布也有显着性差异（P=0.028）；A*02多态性变异与HLA-DR在CD8阳性细胞表面的表达有显着性负相关（P=0.008）；A*24多态性变异与HLA-DR在CD8阳性细胞表而的表达有显着性正相关（P=0.045）。研究结论1.我国汉族人群DC-SIGN基因多态性变异很低,没有继续研究的意义；DC-SIGNR基因多态性对于HIV-1不易感性的意义需要大样本的验证或细胞生物学实验数据的支持；2.对于中国汉族人群,T淋巴细胞低活化状态与中国汉族人群HIV-1不易感性密切相关,从统计学分析和生物学意义上可以将中国汉族人群按照HLA-DR+CD8活化高低分为HIV-1易感人群和不易感人群；3. HLAA*02多态性变异可能是中国汉族人群HIV-1感染的保护性因素,而HLAA*24多态性变异可能是感染的危险因素。创新性1.首次在国内ESNs人群的研究中设定了定量的的入选标准；2.在国内首次报道HLA-DR的高低表达与中国汉族人群HIV-1不易感性密切相关；3.首次报道HLA-A*02多态性变异可能是中国汉族人群HIV-1感染的保护性因素,而HLA-A*24多态性变异可能是感染的危险因素。
二、艾滋病感染人群中HIV抗性基因的分析及其意义（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、艾滋病感染人群中HIV抗性基因的分析及其意义（论文提纲范文）
（1）HIV感染者免疫调节基因差异分析及长期HAART治疗者肝功能随访研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 第一部分 HIV感染者固有免疫调节基因的差异表达分析 |
| 1 背景 |
| 2 资料与方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第二部分 CRISPR/Cas9靶向敲除A20基因对HIV复制产生的影响 |
| 1 背景 |
| 2 材料与方法 |
| 3 实验结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三部分 765例长期HAART治疗者肝功能随访研究 |
| 1 背景 |
| 2 资料与方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 参考文献 |
| 综述 HIV感染引起的异常免疫激活,炎症及非艾滋病相关并发症 |
| 参考文献 |
| 作者简历及在读期间的所取得的科研成果 |
（2）HIV感染者鼻腔携带MRCoNS的现状及其表型遗传特征研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 研究方法 |
| 2.1.1 研究设计 |
| 2.1.2 研究对象 |
| 2.1.3 抽样方法 |
| 2.1.4 样本量估计 |
| 2.1.5 鼻拭子采样 |
| 2.1.6 问卷调查 |
| 2.2 菌株的分离 |
| 2.3 菌株的分子生物学实验 |
| 2.3.1 菌株DNA的提取 |
| 2.3.2 引物序列、反应体系及条件 |
| 2.4 药物敏感试验 |
| 2.4.1 实验材料 |
| 2.4.2 实验室检测方法 |
| 2.5 菌株的鉴定 |
| 2.6 质量控制 |
| 2.6.1 设计阶段 |
| 2.6.2 现场采样和问卷调查阶段 |
| 2.6.3 实验阶段 |
| 2.6.4 数据录入阶段 |
| 2.7 统计分析 |
| 2.7.1 数据录入 |
| 2.7.2 数据分析 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 HIV感染者鼻腔MRCoNS、MRSE和MRSH携带情况 |
| 3.1.1 HIV感染者鼻腔MRCoNS的携带率 |
| 3.1.2 HIV感染者鼻腔MRCoNS携带的影响因素分析 |
| 3.2 HIV感染者鼻腔MRCoNS的耐药情况 |
| 3.3 HIV感染者鼻腔MRCoNS的分子特征 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 HIV感染者鼻腔MRCoNS的携带情况 |
| 4.2 HIV感染者鼻腔MRCoNS携带影响因素 |
| 4.3 HIV感染者MRCoNS的耐药特点 |
| 4.4 HIV感染者MRCoNS的分子特点 |
| 4.5 小结 |
| 4.6 本研究的创新与不足 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 HIV感染人群凝固酶阴性葡萄球菌的研究现状 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
（3）NDRG1在卡波氏肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）潜伏感染中的功能机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 卡波氏肉瘤相关疱疹病毒 |
| 1.1.1 KSHV的发现 |
| 1.1.2 KSHV相关疾病及分布 |
| 1.1.3 KSHV病毒基因组 |
| 1.1.4 KSHV的生命周期 |
| 1.1.5 研究KSHV潜伏感染期的主要细胞模型 |
| 1.2 潜伏态KSHV病毒基因组的稳定性 |
| 1.2.1 LANA是影响基因组复制和稳定性的关键病毒分子 |
| 1.2.2 潜伏期KSHV基因组复制机制 |
| 1.3 N-myc下游调节基因1(NDRG1) |
| 1.4 研究内容 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 细胞系 |
| 2.1.2 质粒 |
| 2.1.3 抗体及试剂 |
| 2.1.4 仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 质粒的小量制备 |
| 2.2.2 细胞转染用超纯质粒的制备 |
| 2.2.3 质粒DNA的酶切、片断回收与连接 |
| 2.2.4 细胞总RNA和基因组DNA的提取 |
| 2.2.5 转录组和蛋白质组分析 |
| 2.2.6 逆转录PCR(RT-PCR) |
| 2.2.7 荧光实时定量PCR(Real-time PCR) |
| 2.2.8 Western Blot检测蛋白在细胞中的表达 |
| 2.2.9 免疫组织化学染色(IHC) |
| 2.2.10 免疫荧光分析(immunofluoresence analysis,IFA) |
| 2.2.11 KSHV病毒的制备和感染 |
| 2.2.12 慢病毒包装和细胞稳转株构建 |
| 2.2.13 细胞的转染和转导 |
| 2.2.14 DNA荧光原位杂交 |
| 2.2.15 免疫共沉淀(Co-IP) |
| 2.2.16 串连亲和层析(TAP-MS) |
| 2.2.17 蛋白纯化和体外结合实验 |
| 2.2.18 染色质免疫沉淀(ChIP) |
| 2.2.19 体外DNA下拉蛋白实验(DNA Pull down assay) |
| 2.2.20 LANA介导的DNA复制功能的检测 |
| 2.2.21 检测TR质粒在细胞中长期维持的能力 |
| 第3章 实验结果 |
| 3.1 KSHV感染的KMM细胞和对照MM细胞中表达差异基因的鉴定 |
| 3.1.1 RNA-seq深度测序差异表达基因的筛选 |
| 3.1.2 mRNA芯片差异表达基因的筛选 |
| 3.1.3 iTRAQ蛋白组数据差异表达基因的筛选 |
| 3.1.4 转录水平和蛋白水平关联分析 |
| 3.1.5 候选差异基因的鉴定 |
| 3.2 NDRG1在KSHV感染的各类细胞和卡波氏肉瘤组织中高表达 |
| 3.3 KSHV从头感染(de novo infection)上调NDRG1 基因的表达水平 |
| 3.4 LANA促进NDRG1 基因上调 |
| 3.4.1 LANA维持NDRG1在KSHV潜伏期细胞中的高表达 |
| 3.4.2 LANA参与诱导NDRG1 的上调表达 |
| 3.5 KSHV基因组拷贝数在敲低NDRG1 的细胞中明显下降 |
| 3.6 NDRG1 和宿主DNA复制相关蛋白PCNA相互作用 |
| 3.7 LANA、NDRG1和PCNA三者形成复合物 |
| 3.8 NDRG1 发挥桥梁作用介导LANA招募PCNA至 KSHV基因组 |
| 3.9 NDRG1 促进LANA介导的病毒基因组复制和附加体的维持 |
| 第4章 结论 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 宿主分子NDRG1 在病毒感染中的生物学功能 |
| 5.2 KSHV对 NDRG1 基因的表达调控 |
| 5.3 潜伏态KSHV病毒基因组的复制 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 构建表达载体所用引物列表 |
| 附录2 Realtime-PCR所用引物列表 |
| 附录3 ChIP所用引物列表 |
| 附录4 通过比较Microarray微阵列和iTRAQ数据库得到的差异表达基因 |
| 附录5 通过比较RNA-seq和 iTRAQ数据库得到的差异表达基因 |
| 附录6 通过比较RNA-seq、Microarray和 iTRAQ数据库得到的差异表达基因 |
| 附录7 TAP-MS技术鉴定的与NDRG1 相互作用的核蛋白 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
| 专业综述 |
| 参考文献 |
（4）HLA遗传多态性与MDR/RR-TB和HIV易感性的关联研究及其在新型结核诊断肽筛选中的应用（论文提纲范文）
| 中英文对照缩略语 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 实验研究部分 |
| 研究一 湖北汉族群体HLA遗传多态性与MDR/RR-TB易感性的关联研究 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 研究二 新型结核抗原肽的鉴定及在人免疫缺陷病毒感染人群结核诊断中的应用价值研究 |
| 第一部分 华中地区HIV/AIDS群体经典MHC-Ⅰa类抗原基因型分布特点分析 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 针对HIV感染人群的结核感染γ干扰素释放测定试剂的筛选研究 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 全文结论 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附录 攻读学位期间发表论文目录 |
| 致谢 |
（5）运用转录组测序技术从HEPS者中筛查艾滋病不易感的关键基因（论文提纲范文）
| 个人简历 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 全文总结 |
| 一、研究结论 |
| 二、研究的创新点 |
| 三、研究的局限性 |
| 四、下一步研究计划 |
| 参考文献 |
| 附件 |
| 中英文缩略对照表 |
| 健康调查问卷 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的论文及参与的课题 |
（6）跨界基因沉默技术的改良及其在抑制HIV复制关键基因的应用初探（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 RNAi的机制及运用 |
| 1.1.1 RNAi的机制 |
| 1.1.2 RNAi的传递策略 |
| 1.2 跨界基因沉默技术 |
| 1.2.1 “跨界基因沉默”技术概述 |
| 1.2.2 “跨界基因沉默”技术优势 |
| 1.3 艾滋病及其治疗药物的开发 |
| 1.4 利用长dsRNA制备siRNA及其在RNAi中的运用 |
| 1.4.1 利用dsDicer制备siRNA |
| 1.4.2 利用大肠杆菌RNaseⅢ产生siRNA |
| 1.4.3 利用E.coliHT115 (DE3)表达长双链RNA |
| 1.5 选题意义及研究方案 |
| 第二章 嵌合双链RNA跨界基因干扰同时沉默多个基因 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料与方法 |
| 2.2.1 实验仪器 |
| 2.2.2 实验材料与试剂 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 由跨界基因沉默技术介导的长双链干扰 |
| 2.3.2 由跨界基因沉默技术介导的嵌合型长双链干扰 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 跨界基因沉默菌株的构建及其对靶标基因干扰能力的检测 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料及方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 同源臂扩增及环形跨界整合质粒的构建 |
| 3.3.2 C-dstrip构建跨界基因沉默菌株 |
| 3.3.3 同源臂扩增及线型跨界基因沉默整合质粒的构建 |
| 3.3.4 L-dstrip构建跨界基因沉默菌株 |
| 3.3.5 跨界基因沉默菌株的功能检测 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 利用跨界沉默菌株抑制HIV复制关键基因的表达 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料和方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 携带长dsRNA的跨界基因沉默质粒对nef和gag进行抑制 |
| 4.2.3 嵌合型dsRNA对nef和gag的抑制作用 |
| 4.2.4 靶标nef,gag的跨界基因沉默菌株对nef,gag表达的抑制作用 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 pEGFP-c1-nef, pEGFP-c1-gag的构建 |
| 4.3.2 稳定细胞系的检测与鉴定 |
| 4.3.3 针对nef和gag跨界基因沉默质粒的构建 |
| 4.3.4 跨界基因沉默整合菌株的干扰能力检测 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 总结与进一步研究设想 |
| 5.1 主要研究结果 |
| 5.2 进一步研究设想 |
| 参考文献 |
| 中英文缩写表 |
| 论文发表情况 |
| 致谢 |
（7）亚洲人群中SDF1-3’A和CCR2-64I基因的多态性与HIV-1感染相关性的Meta分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1文献检索 |
| 1.2文献入选和排除标准 |
| 1.3统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1文献筛选与特征 |
| 2.2 Meta分析的结果 |
| 2.3 Meta回归分析和敏感性分析 |
| 3 讨论 |
（8）云南玉溪汉、彝和哈尼族HIV感染相关基因多态性及流行情况研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 研究内容、方法 |
| 1 研究对象 |
| 2 材料与方法 |
| 统计学处理 |
| 结果 |
| 1 玉溪市1995-2011年HIV感染情况分析 |
| 2 四个基因位点SNP结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 英文缩写词 |
| 硕士期间科研成果 |
| 致谢 |
（9）慢病毒介导siRNA和细胞内抗病毒因子对HIV抑制作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩写表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 课题背景 |
| 1.1.1 HIV 基因治疗 |
| 1.1.2 慢病毒载体 |
| 1.1.3 细胞微粒子（生物纳米颗粒） |
| 1.1.4 人脐带间充质干细胞 |
| 1.1.5 端粒酶催化亚基与细胞永生化 |
| 1.2 课题项目来源 |
| 1.3 本文主要研究内容及意义 |
| 第2章 慢病毒介导 siRNA 对 HIV 抑制作用研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 菌株、质粒、细胞株和病毒株 |
| 2.1.2 试剂和酶 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基础实验方法 |
| 2.2.2 表达单个 shRNA 重组慢病毒质粒的构建 |
| 2.2.3 对靶向基因的干扰效果测定 |
| 2.2.4 重组慢病毒表达质粒对病毒包装的抑制效果 |
| 2.2.5 重组慢病毒包装、滴度测定和感染能力检测 |
| 2.2.6 重组慢病毒感染 MT4 细胞及细胞系筛选 |
| 2.2.7 在 MT4 细胞水平 HIV-1 攻毒实验 |
| 2.2.8 CD34+人造血干细胞分离与培养 |
| 2.2.9 重组慢病毒感染 CD34+ HSCs |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 重组慢病毒表达质粒构建 |
| 2.3.2 重组慢病毒表达质粒对靶向基因的抑制效果 |
| 2.3.3 重组慢病毒表达质粒对病毒包装的抑制效果 |
| 2.3.4 重组慢病毒包装、滴度测定和感染能力检测结果 |
| 2.3.5 重组慢病毒感染 MT-4 细胞及细胞系筛选 |
| 2.3.6 HIV-1 攻毒实验结果 |
| 2.3.7 CD34+ hHSC 细胞的分离与培养 |
| 2.3.8 重组慢病毒感染 CD34+ HSCs |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第3章 慢病毒介导双 siRNA 对 HIV 抑制作用的研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 菌株、质粒、细胞株和病毒株 |
| 3.1.2 试剂和酶 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 双 shRNA 重组慢病毒穿梭质粒的构建 |
| 3.2.2 双 shRNA 重组慢病毒表达质粒对靶向基因的抑制效果 |
| 3.2.3 双 shRNA 重组表达质粒对病毒包装产量的抑制效果 |
| 3.2.4 重组慢病毒包装、滴度测定和感染能力检测 |
| 3.2.5 重组慢病毒感染 MT4 细胞及细胞系筛选 |
| 3.2.6 在 MT4 细胞水平 HIV-1 攻毒实验 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 双 shRNA 重组慢病毒穿梭质粒的构建 |
| 3.3.2 双 shRNA 重组慢病毒表达质粒对靶向基因的抑制效果 |
| 3.3.3 双 shRNA 慢病毒表达质粒对病毒包装产量的抑制效果 |
| 3.3.4 双 shRNA 重组慢病毒包装、滴度测定和感染能力检测 |
| 3.3.5 重组慢病毒感染 MT4 细胞及细胞系筛选 |
| 3.3.6 HIV-1 NL4-3 攻毒实验 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第4章 慢病毒介导 Trim5a 突变体和 siRNA 对 HIV 的联合抑制作用 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 菌株、质粒、细胞株和病毒株 |
| 4.1.2 试剂和酶 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 plvx-puro 表达质粒的改造 |
| 4.2.2 重组慢病毒表达质粒构建 |
| 4.2.3 Trim5a(R332P)在 293T 细胞中表达检测 |
| 4.2.4 重组慢病毒表达质粒对靶向基因的抑制效果 |
| 4.2.5 重组慢病毒表达质粒对病毒包装产量的抑制效果 |
| 4.2.6 重组慢病毒包装、滴度测定和感染能力检测 |
| 4.2.7 Trim5a(R332P)抗 HIV-1 功能研究 |
| 4.2.8 重组慢病毒感染 MT4 细胞及细胞系筛选 |
| 4.2.9 在 MT4 细胞水平 HIV-1 攻毒实验 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 plvx-puro 穿梭质粒的改造 |
| 4.3.2 重组慢病毒表达质粒构建结果 |
| 4.3.3 Western blot 检测 TRIM5a(R332P)蛋白表达 |
| 4.3.4 重组慢病毒穿梭质粒对靶向基因的抑制效果 |
| 4.3.5 重组慢病毒表达质粒对病毒包装的抑制效果 |
| 4.3.6 重组慢病毒包装、滴度测定和感染能力检测 |
| 4.3.7 Trim5a(R332P)抗 HIV 功能检测结果 |
| 4.3.8 重组慢病毒感染 MT4 细胞及细胞系筛选 |
| 4.3.9 HIV-1 NL4-3 攻毒实验 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第5章 永生化人脐带间充质干细胞的建立、鉴定及应用 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.1.1 菌株、质粒、细胞株 |
| 5.1.2 试剂和酶 |
| 5.1.3 主要仪器 |
| 5.1.4 实验动物 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 脐带间充质干细胞的原代培养、传代及冻存和复苏 |
| 5.2.2 重组慢病毒载体的构建 |
| 5.2.3 hTERT 在真核细胞水平上的表达 |
| 5.2.4 重组慢病毒包装和病毒滴度测定 |
| 5.2.5 重组慢病毒感染人脐带间充质干细胞及稳定细胞系筛选 |
| 5.2.6 基因组 DNA 水平上检测 htert |
| 5.2.7 mRNA 水平上检测 htert 表达 |
| 5.2.8 端粒酶活性检测 |
| 5.2.9 细胞表面抗原检测 |
| 5.2.10 诱导成骨细胞实验 |
| 5.2.11 核型分型 |
| 5.2.12 SCID 小鼠体内实验 |
| 5.2.13 HIV 广谱中和抗体 2G12 在 huMSCs-htert 的表达 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 人脐带间充质干细胞培养 |
| 5.3.2 重组慢病毒表达质粒构建结果 |
| 5.3.3 重组慢病毒表达质粒在真核细胞内的表达 |
| 5.3.4 重组慢病毒包装和滴度测定 |
| 5.3.5 重组慢病毒感染人脐带间充质干细胞及稳定细胞系的筛选 |
| 5.3.6 基因组 DNA 水平检测 htert |
| 5.3.7 mRNA 水平检测 htert 表达情况 |
| 5.3.8 端粒酶活性检测结果 |
| 5.3.9 细胞表面抗原检测 |
| 5.3.10 核型分析 |
| 5.3.11 诱导成骨检测结果 |
| 5.3.12 SCID 小鼠致瘤实验结果 |
| 5.3.13 2G12 在 hucMSCs-htert 中表达结果 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第6章 生物纳米微粒介导 siRNA 靶向于 HIV 的抑制作用研究 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.1.1 菌株、质粒、细胞株 |
| 6.1.2 试剂和酶 |
| 6.1.3 主要仪器 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 细胞培养 |
| 6.2.2 表达 shRNA 的重组慢病毒载体的构建和包装 |
| 6.2.3 重组慢病毒感染 hucMSCs-htert 细胞系及阳性细胞筛选 |
| 6.2.4 含有靶向于 HIV 特异的 siRNA 生物纳米微粒的制备 |
| 6.2.5 含有靶向于 HIV siRNA 生物纳米微粒靶向基因的干扰效果 |
| 6.3 实验结果 |
| 6.3.1 表达 shRNA 的 hucMSCs-htert 稳定细胞系的建立 |
| 6.3.2 纳米微粒子的制备和检测 |
| 6.3.3 包裹 siRNA 的生物纳米微粒对靶向基因的抑制作用 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间的主要成果 |
| 致谢 |
（10）HIV-1高暴露未感染人群淋巴细胞活化状态与HLA分型的关系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 绪论 |
| 1.1 研究背景与意义 |
| 1.2 研究目标 |
| 1.3 研究设计 |
| 1.4 拟解决的关键问题分析 |
| 1.5 本研究的创新点 |
| 1.6 本研究的局限性和后续研究展望 |
| 1.7 核心概念 |
| 1.8 参考文献 |
| 第二部分 三组人群DC-SIGN和DC-SIGNR基因多态性分布差异分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 研究对象与方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 参考文献 |
| 第三部分 三组人群T淋巴细胞表而受体表达差异分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 参考文献 |
| 第四部分 HLA-A、B、DR基因多态性分布在三组人群 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 HLA基因分型的主要方法和原理 |
| 4.3 研究对象与方法 |
| 4.4 研究结果 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 附录2 |
| 附录3 |
| 致谢 |
四、艾滋病感染人群中HIV抗性基因的分析及其意义（论文参考文献）
- [1]HIV感染者免疫调节基因差异分析及长期HAART治疗者肝功能随访研究[D]. 孙涛. 浙江大学, 2020(02)
- [2]HIV感染者鼻腔携带MRCoNS的现状及其表型遗传特征研究[D]. 叶家萍. 广东药科大学, 2019(02)
- [3]NDRG1在卡波氏肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）潜伏感染中的功能机制研究[D]. 张芳. 中国科学院大学(中国科学院上海巴斯德研究所), 2019(07)
- [4]HLA遗传多态性与MDR/RR-TB和HIV易感性的关联研究及其在新型结核诊断肽筛选中的应用[D]. 周霞. 华中科技大学, 2018(05)
- [5]运用转录组测序技术从HEPS者中筛查艾滋病不易感的关键基因[D]. 刘洁. 广西医科大学, 2016(03)
- [6]跨界基因沉默技术的改良及其在抑制HIV复制关键基因的应用初探[D]. 杨霄旭. 湖南师范大学, 2016(01)
- [7]亚洲人群中SDF1-3’A和CCR2-64I基因的多态性与HIV-1感染相关性的Meta分析[J]. 苏威武,袁泉,贺小峰,刘杨. 实用预防医学, 2016(01)
- [8]云南玉溪汉、彝和哈尼族HIV感染相关基因多态性及流行情况研究[D]. 陈静宜. 南方医科大学, 2015(03)
- [9]慢病毒介导siRNA和细胞内抗病毒因子对HIV抑制作用研究[D]. 郝彦哲. 北京工业大学, 2013(03)
- [10]HIV-1高暴露未感染人群淋巴细胞活化状态与HLA分型的关系[D]. 王晓辉. 华中科技大学, 2011(09)