一、SSR标记及在水稻遗传育种中的应用（论文文献综述）
崔傲[1]（2021）在《江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用》文中认为水稻是江苏最重要的粮食作物,其中粳稻约占总面积的90%。选育和推广优良的粳稻品种对江苏水稻生产具有重要意义。据不完全统计,目前在江苏可推广种植的粳稻品种至少有200个,品种间的同质化问题严重。另外,众多的品种也给市场监管带来了巨大挑战,导致种子市场上经常出现套牌侵权、假冒伪劣等违规违法事件,影响优良品种的推广应用和种业的健康发展。近年来,SSR指纹检测技术在品种鉴定中的有效应用,极大约束了种子市场上的各种违规违法事件。然而,由于SSR标记本身的局限性,使得这一技术已不能满足当前的种业发展需求。竞争性等位基因特异性PCR（kompetitive allele specific PCR,KASP）技术具有检测结果准确、二等位、检测位点数灵活,且可在不同通量化程度的检测平台上使用,使得其已成为未来作物品种鉴定和分子标记辅助育种的最重要标记之一。为加速该标记技术在江苏水稻尤其是粳稻品种鉴定和分子育种中的应用,本研究开发了一批在江苏粳稻品种间多态性丰富的KASP标记并进行了初步应用分析。主要结果如下:1、对武陵粳1号、淮稻5号、武运粳7号等11个江苏代表性粳稻品种进行了 10X测序,筛选到品种间的SNP位点681个;利用水稻3000份品种重测序信息,筛选江苏粳稻品种间的SNP位点7179个。最终获得在江苏粳稻品种间具备潜在多态性的SNP位点7860个,其在水稻基因组中的平均分布密度为17.5个/Mb。2、从LGC公司开发的2053个水稻商业化KASP标记库中,选择了 583个对24个江苏代表性粳稻品种进行多态性分析,获得了 156个多态性标记,多态率为26.7%。从上述构建的7860个SNP位点库中,随机选择300个位点开发了300个KASP标记,在24个代表性粳稻品种群体中有190个具有多态性,多态率为63.3%,表明本研究筛选的多态性SNP位点库具有较高可靠性。最终获得在江苏代表性粳稻品种间的多态性KASP标记346个,相对均匀分布在水稻不同染色体上。3、选择93个多态性KASP标记,对7个不同省区的252个粳稻品种和16个籼稻品种进行基因分型,发现有5个标记在群体中检测到超过20%的杂合基因型,有76个检测到杂合基因型比例低于5%,其余均介于5-20%之间。进一步比较了 76个标记在不同区域品种及籼稻品种中的分型效果,发现绝大大多数标记在不同区域的粳稻品种群体内均具有较好多态性,标记PIC（多态性信息含量）值在0.24-0.59之间;但是在籼稻品种群体中只有9个标记具备多态性,其余67个均无多态性,表明这些SNP位点存在明显的籼、粳特异性差异。4、构建了 141个江苏粳稻品种在76个KASP标记位点上的DNA指纹,发现有7对品种的彼此间差异位点数在1-4个,其余均大于5个;进一步利用之前建立的60个SSR标记对这7对品种进行SSR指纹比较,发现仅有1对品种间的差异位点数超过2个,其余均小于或等于1个差异位点。随后对本实验室在60个SSR指纹比对中发现的小于等于4个差异位点的7对品种,采用76个KASP标记进行指纹分析,发现各对品种间的差异位点数最少为15个,最高达56个。综合比较显示,76个KASP标记对江苏粳稻品种的鉴别力更强,可以初步用于江苏粳稻品种DNA指纹库的构建。5、收集并初步测定了来自国内外不同区域以粳稻为主的530份种质资源在穗长、一次枝梗数等10个性状上的变异特征,发现品种间在多数性状上的变异还是比较丰富的,籼、粳群体间明显差异。随机选择了 100个KASP标记对所有530个品种进行了基因分型分析,发现有7个没有多态性,另外分别有38个和39个在该品种群体中检测到杂合位点率的比例超过20%和低于10%。利用杂合位点率较低的39个标记基因型数据对所有品种进行遗传相似性聚类分析,发现不同区域或类型品种间存在明显的遗传差异。6、开发了抗稻瘟病基因Pid3和金粳818中抗除草剂基因ALS627N的功能性KASP标记“KASP-Pid3”和“K-ALS-627”。验证结果显示,各标记不仅可广泛用于相应基因的选择、提高育种效率,而且可用于相应的实质性派生品种鉴定。
唐如玉[2]（2020）在《中国不同稻作区和不同年代水稻种质资源遗传多样性分析》文中认为水稻种质资源遗传背景和遗传多样性的鉴定是开展水稻遗传育种研究的前提,开展我国不同稻作区、不同省份、不同年代水稻种质资源的遗传多样性、遗传分化及亲缘关系的研究,将对水稻育种亲本材料的选择和新品种培育具有重要指导意义。为探究中国水稻种质资源遗传多样性的地理分布特点及其近几十年的变化趋势,本研究利用分布于水稻12条染色体上的36个SSR标记,对4860份来自中国6个稻作区和国外引进的水稻资源（其中育成品种1610个）进行了遗传多样性、群体结构、群体遗传分化与亲缘关系等方面的分析,其主要研究结果如下:1、在4860份水稻资源中共检测到2011个等位变异,每个位点19～141个,平均55.861个,平均每位点的主要等位基因频率、基因多样性指数、观测杂合率和多态信息含量分别为0.266、0.855、0.111和0.840。2、水稻资源遗传多样性的地理分布特征表现为西南稻作区的籼稻和粳稻、华南稻作区籼稻选育品种（品系）及华北稻作区粳稻地方品种的遗传多样性较高,而西北稻作区粳稻选育品种（品系）的遗传多样性较低,其余稻作区水稻的遗传多样性处于中等水平。云南省的水稻资源较其他省份具有最丰富的遗传多样性。3、水稻品种遗传多样性近几十年的变化趋势为20世纪80年代前育成的水稻品种遗传多样性较低,而20世纪80年代至21世纪00年代育成水稻品种的遗传多样性显着提高,到21世纪10年代水稻遗传多样性有所下降。随着年代的发展,各年代育成品种特有等位总体趋于增加。4、群体结构及主成分分析显示,水稻资源有明显的籼粳分化,籼稻遗传背景多样化,而粳稻族系组成较纯合、遗传背景较单一。南、北方粳稻遗传背景相差较大、分化明显,南方粳稻的遗传背景更丰富,而北方粳稻遗传组成较单一。以上结果表明不同稻作区籼稻基因交流较频繁、遗传组成较复杂,而粳稻的遗传结构、遗传背景则相对单一。5、分子方差分析表明,遗传差异主要来源于稻作区内和年代内,群体内变异百分高低比与群体大小呈正相关（P<0.05）。6、遗传分化分析显示,不同稻作区籼稻群体间的遗传距离较小、遗传分化较低,地方品种与选育品种（品系）的分化不明显;而不同稻作区粳稻群体间的遗传距离较大、遗传分化较高,同一省份粳稻地方品种与选育品种（品系）差异较明显,不同省份粳稻地方品种间的遗传差异也较大。籼稻群中,南方（华南、西南、长江中下游）各稻作区及引进籼稻的遗传分化值较小、亲缘关系较近,而华北稻作区籼稻与南方各稻作区及国外引进籼稻的亲缘关系则较远。粳稻群中,北方（华北、西北、东北）各稻作区粳稻的亲缘关系较近,从日本引进的粳稻与东北稻作区粳稻的亲缘关系较近,而南方各稻作区间、南方各稻作区与北方各稻作区和引进粳稻间的亲缘关系均较远。聚类分析显示,广西的籼稻地方品种、贵州的籼稻地方品种、河南的籼稻选育品种（品系）以及上海、新疆的粳稻地方品种遗传背景较独特,单独聚为一类。以上结果表明水稻的亲缘关系与资源类型和地理位置均相关。7、新育成品种与古老育成品种的亲缘关系较远,不同年代育成的籼稻群和粳稻群均表现为20世纪80年代前育成的品种与20世纪80年代后育成品种的亲缘关系较远,其中20世纪80年代前育成的品种和21世纪10年代育成的品种的遗传分化最大。籼稻群中,2000年前育成的品种不同年代间差异不显着,2000年后育成的品种不同年代间差异显着;粳稻群中,除20世纪80年代与90年代育成品种的遗传分化不显着外,其余每两个年代间的差异均显着。
张治海[3]（2020）在《水稻染色体片段代换系Z745的鉴定及产量相关性状QTL定位》文中进行了进一步梳理对控制水稻产量相关性状基因的研究进而了解水稻的增产机理并培育出高产优质的新品种,不失为一个提升水稻产量的好方法。水稻产量相关性状大多是遗传复杂的数量性状,受多基因控制。染色体片段代换系群体（CSSL）具有遗传背景简单、稳定性好、定位精度高、定位结果可靠等优点,是水稻产量相关性状的基因位点、数目、及遗传效应研究的良好群体。本论文以日本晴为受体亲本,西恢18号为供体亲本,经连续回交自交结合分子标记辅助选择得到一个水稻染色体片段代换系Z745。对Z745进行了分子鉴定和产量相关性状测定。并以日本晴为母本,Z745为父本构建次级F2群体,对水稻的产量相关性状进行QTL定位。主要研究结果如下:1、Z745代换片段的鉴定在前期研究的基础上,利用代换片段外的56个SSR标记对10株Z745进行进一步代换片段鉴定及遗传背景检测,发现10株代换片段一致,没有检测出除代换片段外的西恢18号其他残留片段,说明Z745已经纯合。检测出Z745含有来自西恢18号的17个代换片段,总代换长度为26.1 Mb,最长代换长度为5.95Mb,最短代换长度为0.15 Mb,平均代换长度为1.54 Mb。2、群体亲本的产量相关性状差异分析对亲本日本晴与Z745表型数据分析表明,1)Z745株高、一次枝梗和二次枝梗等3个性状极显着高于日本晴,其穗长、粒宽、每穗实粒数和每穗总粒数等4个性状显着高于日本晴;2)Z745有效穗数显着低于日本晴;3)粒长、长宽比、结实率、千粒重和单株产量等5个性状,亲本间无显着差异。3、次级F2群体产量相关性状的分布和遗传分析对次级F2群体109个单株的产量相关性状进行渐进显着性（双侧）检验的结果表明,1)千粒重以及单株产量2个性状呈正态分布;2)株高、有效穗数、穗长、一次枝梗数、二次枝梗数、每穗实粒数、每穗总粒数、粒长和籽粒长宽比等9个性状呈正偏态分布;3)粒宽和结实率2个性状呈负偏态分布,表明全部13个性状在次级F2群体中产生明显的分离,可利用次级F2群体对产量相关性状进行QTL定位。4、次级F2群体产量相关性状的相关性分析对次级F2群体产量相关性状相关分析结果表明,1)一次枝梗与二次枝梗、株高、每穗总粒数和粒长等5个性状呈显着正相关,相关系数分别为0.937、0.777、0.769和0.716,二次枝梗与每穗总粒数、株高和穗长等性状呈显着正相关,相关系数分别为0.89、0.835和0.823;2)粒宽与长宽比呈显着负相关,相关系数为-0.819,粒长与穗长和结实率呈显着负相关,相关系数为-0.571和-0.513;3)千粒重与株高、有效穗数、穗长、一次枝梗和二次枝梗等5个性状无显着相关。5、产量相关性状QTL定位选用代换片段中33个SSR标记对次级F2群体进行QTL定位,共鉴定出水稻产量相关性状41个QTL,分布于第1、3、4、5、6、7、8、10和12等9条水稻染色体上。其中株高QTL2个（q PH1和q PH10）,分别位于第1和10染色体;穗长QTL共4个（q PL1、q PL4、q PL7-1和q PL7-2）,分别位于第1、4和7染色体;一次枝梗QTL共4个（q NPB1、q NPB5、q NPB7和q NPB8）,分别位于第1、5、7和8染色体;二次枝梗QTL共6个（q NSB1-1、q NSB1-2、q NSB7-1、q NSB7-2、q NSB10和q NSB12）,分别位于第1、7、10和12染色体;粒长QTL共4个（q GL3、q GL7-1、q GL-2和q GL8）,分别位于第3、7和8染色体;粒宽QTL共2个（q GW1和q GW8）,分别位于第1和8染色体;粒长宽比QTL共7个（q RLW1、q RLW3-1、q RLW3-2、q RLW4、q RLW7-1、q RLW7-2和q RLW8）,分别位于第1、3、4、7、和8染色体;每穗实粒数QTL共3个（q GPP1、q GPP4和q GPP10）,分别位于第1、4和10染色体;每穗总粒数QTL共7个（q SPP1-1、q SPP1-2、q SPP3、q SPP7-1、q SPP7-2、q SPP8和q SPP10）,分别位于第1、3、7、8和10染色体;结实率QTL 2个（q SSR4和q SSR6）,分别位于第4和6染色体。
王红波[4]（2019）在《全基因组分子标记背景选择创建抗褐飞虱水稻新材料》文中认为世界上有一半以上人口以大米为主食,水稻育种对于保障粮食安全具有重要意义。水稻生长过程中会遭遇多种病虫的危害,褐飞虱（brownplanthopper,BPH,Nilaparvatalugens Stal）是其中最严重的虫害之一,可造成水稻严重减产甚至绝收。利用褐飞虱抗性基因资源对现有优良水稻品种进行遗传改良是防治褐飞虱危害最经济有效的方法。分子育种技术的进展,为提高育种效率,加速新品种的培育提供了新的途径。本研究通过连续回交,结合目标基因正、负向分子标记选择和背景选择（whole genome marker assisted background selection）,将褐飞虱抗性基因快速准确地导入到优良水稻中,创建了一批抗褐飞虱水稻新材料。主要结果如下:1、利用回交和分子标记辅助选择（MAS）技术,成功地将来源于“B5”的两个褐飞虱抗性基因BPH14和BPH15同时导入到优良恢复系“华恢938”中,创建了“HB13002-5-30-10”、“HB13002-5-31-24”和“HB13002-50-9-7”等 3 个携带纯合BPH14和BPH15基因,遗传背景回复率为86.62%-87.88%的新株系。苗期褐飞虱抗性鉴定结果表明,3个新株系的褐飞虱综合抗级为1-3级,表现抗或高抗褐飞虱。以这3个新株系为父本与4个不育系进行配组,当所用不育系也携带纯合BPH14和BPH15基因时,所配杂交组合苗期也表现抗褐飞虱;当不育系不携带BPH14和BPH15基因时,所配杂交组合的苗期褐飞虱抗性未得到提高。三次重复田间试验表明,3个新株系的主要农艺性状、产量和稻米品质与受体亲本“华恢938”相似;所配杂交组合中,以“荃9311A”为母本与新株系所配组合的主要农艺性状、产量和稻米品质表现优良,与生产对照组合“丰两优4号”相当,可以进一步进行多点试验、有望培育出新的杂交稻品种。2、通过回交,目标基因的正、负向分子标记选择,覆盖12条染色体的SSR标记及中、高密度SNP芯片的全基因组分子标记背景选择技术,将供体亲本“HB13001-14-5”的BPH14和BPH15基因成功地导入到“五山丝苗”遗传背景中,选育出5个BPH14和BPH15双基因纯合新株系,分别命名为“HB17004-7-47”、“HB17004-7-50”、“HB17004-7-54”、“HB17004-7-72”和“HB17004-7-88”。芯片及测序分析结果表明,这些新株系中所导入的BPH14和BPH15基因片段长度均分别为434.7 kb和417.6 kb;除两个抗性基因所在染色体片段外,新株系的其余遗传背景与受体亲本“五山丝苗”相同,遗传背景回复率均为99.78%。苗期褐飞虱抗性鉴定结果表明,5个新株系的褐飞虱抗性均为1级,表现高抗褐飞虱;成株期褐飞虱抗性鉴定表明,5个新株系的褐飞虱抗性均为3级,表现抗褐飞虱;相同条件下,“五山丝苗”均表现感褐飞虱。分蘖期蜜露分泌量及虫增重实验表明,褐飞虱在新株系上取食后的蜜露分泌量及虫增重较对照均显着降低。海南和武汉两季的田间比较试验结果表明,5个改良株系的产量、生育期、主要农艺性状及稻米品质均与“五山丝苗”基本一致。此外,利用改良株系与不同不育系配组产生的杂交稻组合在生育期、产量及主要农艺性状方面,也和受体亲本与对应不育系配组产生的杂交稻组合基本一致,且新组合的部分稻米品质指标较原始组合显着提升。上述研究结果表明,通过全基因组分子标记背景选择技术,已经将BPH14和BPH15基因精准地导入“五山丝苗”遗传背景中,并在保持其原有性状基本不变的情况下,定向地改良了其褐飞虱抗性。目前,改良株系“HB17004-7-88”已提供给国内商业化种子公司作为“五山丝苗”的替代系用于生产。这也是目前世界上通过回交和全基因组分子标记背景选择导入双基因片段最短、背景回复率最高的育种案例之一。3、以“HB13001-14-5”为供体,创建了若干个“五山丝苗”遗传背景的单片段代换系,这些代换系均只携带1个包含BPH14或BPH15基因的染色体片段,片段长度从428.5 kb-13.3 Mb不等;这些代换系中除导入片段外,其余遗传背景与“五山丝苗”相同。通过对代换系的导入片段长度、主要农艺性状及稻米品质表现进行差异分析,发现BPH14基因上下游连锁区段中存在影响生育期和株高的QTLs。4、同样利用回交,目标基因正、负向分子标记选择及全基因组分子标记背景选择的方法,将BPH14和BPH15基因导入到大面积推广种植的优质品种“黄华占”遗传背景中,选育出了 5个新株系,分别命名为“HB17010-180-171-1”、“HB17010-180-171-39”、“HB17010-180-171-63”、“HB17010-180-171-75”和“HB17010-180-171-86”。芯片分析结果显示,这些新株系的BPH14和BPH15基因所在染色体座位的导入片段长度分别为362.7 kb和1049.4 kb,遗传背景回复率均为99.64%。苗期褐飞虱抗性鉴定结果表明:“黄华占”的褐飞虱抗性为9级,表现高感褐飞虱;而5个改良株系的褐飞虱抗性均为1级,表现高抗褐飞虱。成株期褐飞虱抗性鉴定结果表明:“黄华占”的成株期褐飞虱抗性为7级,表现感褐飞虱;而相同条件下,5个改良株系的褐飞虱抗性也均为1级,表现高抗褐飞虱。分蘖期蜜露分泌量及虫增重实验表明:褐飞虱在新株系上取食后,其蜜露分泌量及虫增重显着降低。海南和武汉两地的大田试验表明:5个改良株系在海南株高显着低于受体亲本“黄华占”,而改良株系的产量、生育期及其他主要农艺性状“黄华占”无显着差异;5个改良株系在武汉的产量、生育期及主要农艺性状与“黄华占”均无显着差异。米质分析结果表明:改良株系在海南的稻米加工品质和外观品质均较“黄华占”显着提高;改良株系在武汉的稻米品质表现与“黄华占”基本一致。上述研究结果同样表明,通过全基因组背景分子标记选择技术,已经将BPH14和BPH15基因精准地导入“黄华占”到遗传背景中,显着提高了其褐飞虱抗性,且不会对其生育期、主要农艺性状及产量产生不利影响。
朱世杨[5]（2019）在《不同来源CMS应用于花椰菜杂种优势的研究》文中进行了进一步梳理我国花椰菜年栽培面积和总产量位居世界第一,但是近年来单位面积产量呈现下降趋势。花椰菜具有较强的杂种优势,利用CMS是一条重要途径。但是,花椰菜没有自身的CMS,同时面临着杂交亲本遗传背景狭窄、杂交配组盲目性大等瓶颈问题。本研究运用表型性状和SSR分子标记分析了165份花椰菜自交系的遗传多样性和亲缘关系;按照NCⅡ设计,研究了6个不同来源的花椰菜CMS对主要农艺及品质性状的细胞质效应、杂种优势及配合力等,以期为花椰菜杂种优势育种提供科学理论依据和指导育种实践。主要结果如下:1.165份自交系基于30个表型性状中10个数量性状的平均变异系数（CV）为23.0%,变幅13.7%42.6%;20个质量性状的平均Shannon-Weaver多样性指数（H’）为0.97,变幅0.211.57;UPMGA聚类可分为6大类,不同类群在花球熟期、株幅、叶色、叶面蜡粉和花球重等性状上遗传差异较大。基于43对SSR分子标记,共检测到111个等位基因（Na）,平均2.581个,多态性位点26个;有效等位基因（Ne）变幅1.0193.200个,平均1.599个;Shannon多态性信息指数（I）变幅0.0541.215,平均0.517;PIC值变幅0.0190.687,平均0.316;Nei’s遗传距离变幅0.000.67,平均0.30;NJ聚类和STRUCTURE群体结构分析均可分为4大类,不同类群在品种的来源地和花球熟期方面复杂多样。表型性状欧氏距离矩阵与SSR标记Nei’s距离矩阵间的相关系数很小（r=0.0406）。表明165份自交系具有较为丰富的表型遗传多样性,但分子水平遗传多样性较低,杂交育种中应尽可能选择不同类群亲缘关系较远、性状差异较大的优良自交系作为配组的亲本。2.利用来自油菜、甘蓝等的6个不同来源CMS的不育系及其同型保持系与5个父本杂交配制了30个成对F1杂种,研究表明,不育细胞质对花椰菜主要农艺及品质性状同时存在正、负效应,并表现出明显的组合特异性。来自油菜的CMS对生育期和叶片数总体呈显着正效应,但对花球重呈负效应;来自甘蓝的CMS对花球重和维生素C含量呈显着正效应,但对叶绿素含量呈显着负效应;来自花椰菜的CMS对生育期和维生素C含量总体呈显着正效应,但对花球重呈负效应。表明,6个不同来源的CMS中没有一种细胞质在所有性状上的效应都是理想的,但可以通过选择适当的杂交父本核来减轻或克服不育细胞质对相应性状的不良效应。3.利用上述6个不同来源CMS系与8个父本杂交配制了48个F1杂种,分析表明,主要农艺及品质性状的杂种优势有正有负。其中,中亲优势花球重平均12.63%,变幅-43.46%83.09%,24个组合达到显着;维生素C含量平均16.77%,变幅-48.50%153.93%,25个组合达到显着。超亲优势花球重变幅-46.01%60.60%,10个组合达到显着;维生素C含量变幅-61.56%134.24%,16个组合达到显着。表明不同CMS应用于杂种优势对产量及品质性状具有明显的组合间差异性。在产量性状上,一般配合力好的不育系是SH120A、XG108A和YDSL60A,父本是SH120、Shanghai80、R4和R132;在品质性状上,一般配合力好的不育系是TDXG100A、NB65A和XG108A,父本是SM80和SH120。综合产量及品质性状,SH120A/Shanghai80、XG108A/SH120和YDSL60A/R132是较优的组合。4.通过配合力与F1观测值间的相关性分析,发现花球重、可溶性糖含量、叶绿素含量、类胡萝卜素含量和可溶性蛋白含量与不育系GCA、父本GCA、（不育系+父本）GCA效应值极显着正相关;花球横径、花球纵径和维生素C含量与不育系GCA、（不育系+父本）GCA效应值显着正相关;各性状与组合SCA效应值均极显着正相关;且花球重及维生素C含量等5个性状与不育系GCA的相关系数大于与父本GCA的。通过配合力与F1杂种优势间的相关性分析,发现花球重的中亲优势或超亲优势与不育系GCA或（不育系+父本）GCA效应值显着正相关,维生素C含量的中亲优势与父本GCA显着正相关;各性状中亲及超亲优势均与组合SCA极显着正相关。表明,花椰菜杂种F1产量及品质性状的杂种优势与双亲GCA或组合SCA密切相关,尤其是母本不育系的GCA。5.分析亲本间遗传距离与中亲优势、超亲优势间的相关性发现,结合亲本的表型及SSR标记的遗传距离可以对F1的花球横径、可溶性糖含量、叶绿素含量和类胡萝卜素含量的杂种优势进行预测,但不能对花球重、花球纵径、维生素C含量和可溶性蛋白含量的杂种优势进行预测。6.CMS对花球产量品质相关性状的细胞质效应与不育系GCA、父本GCA、（不育系+父本）GCA间相关不显着,而对维生素C含量、可溶性糖含量、叶绿素含量和可溶性蛋白含量的细胞质效应与组合SCA间极显着正相关。表明CMS细胞质效应与亲本GCA之间相对独立,但与组合品质性状的SCA关系密切,印证了父本核对杂交后代的作用,也为不同来源CMS的杂种优势利用提供可能。综上,利用油菜、甘蓝等胞质不育材料核置换育成的不同花椰菜CMS对多个农艺及品质性状表现出负效应,但可以通过杂交父本核来改善细胞质的不良效应。且不同CMS配组F1的杂种优势与双亲GCA或组合SCA密切相关,优势组合中至少要包含一个较高的GCA或SCA,尤其是母本不育系的GCA。
周艳朝[6]（2019）在《栽培番茄遗传多样性分析及醋栗番茄LA2093渐渗系的构建》文中研究说明随着番茄（Solanum lycopersicum L.）栽培规模的扩大和需求多样性的的提高,番茄新品种的选育越来越重要。丰富的种质资源是新品种培育的基础,因此需要广泛收集种质资源,对现有种质资源进行评价和筛选,创制新种质。种质资源的遗传多样性分析是进行番茄种质资源的筛选和有效利用的依据;渐渗系是创制番茄新种质的有效途径。为了分析栽培番茄遗传多样性,利用野生番茄创制新的种质资源,进行以下研究:（1）利用41个分子标记对96份栽培番茄种质资源进行遗传多样性分析,并利用10个表型性状对其中88份番茄材料进一步进行遗传多样性分析并筛选优良资源;（2）以醋栗番茄 LA2093（S.pimpin）ellifolium为供体亲本,筛选出的优良栽培番茄‘Jina’（S.lycopersicum）为受体亲本,在BC1F1代构建番茄遗传连锁图谱,通过回交结合MAS技术,培育一套以‘Jina’为遗传背景,含LA2093基因的渐渗系群体,利用BC3F1群体检测番茄花序相关性状相关的QTL位点。主要研究结果如下:1.基于分子标记的栽培番茄遗传多样性分析结果可知,96份栽培番茄种质资源间的遗传距离为0.012～0.728。通过聚类分析和遗传结构分析,均将96份栽培番茄划分为三个群体,两种类群划分有相似的结果。基于表型性状的番茄遗传多样性分析可知,不同性状的变异系数为21.79%～99.03%,材料变异丰富;相关性分析表明,10个表型性状间存在不同程度的相关性,尤其大多数果实性状间呈极显着相关;通过主成分分析提取出三个主成分,累计贡献率达到71.65%;聚类分析在欧式距离为4.817时,将88份栽培番茄划分为3个类群。基于分子标记和表型性状的分析结果均表明,来源不同国家的栽培番茄具有相似的遗传背景,说明栽培番茄种质资源的类群划分与其地理来源之间无直接关系。通过分子标记和表型性状的聚类分析,筛选出3个综合性状较为优良、与其它栽培番茄遗传距离较远的番茄品种,分别为‘Jina’、‘Double Color Small Tomato’和‘Huang Luomanri’。2.以优良栽培番茄‘Jina’（S.lycopersicum）为受体亲本,醋栗番茄LA2093（S.pimpinellifolium）为供体亲本,利用两亲本及其F1,分别从597个InDel标记、200个SSR标记中筛选出具有多态性的共显性InDel标记168个、SSR标记21个,亲本间多态性比率为23.71%。采用多态性引物对BC1F1群体的141个单株进行基因型分析,应用Joinmap4.0构建了一张总长1243.80cM,含158个多态性InDel与SSR标记（其中InDel标记137个,SSR标记21个）的遗传图谱,图谱共有12个连锁群,分别对应番茄12条染色体,平均遗传图距为7.87cM。3.以受体亲本栽培番茄‘Jina’（S.lycopersicum）和供体亲本醋栗番茄LA2093（S.pimpinellifolium）为材料,利用杂交和三次回交结合InDel、SSR分子标记辅助选择方法,构建了一套以栽培番茄‘Jina’为遗传背景,含LA2093基因的渐渗系。从BC1F1群体构建的遗传图谱中,选择均匀分布于12条染色体的96个InDel、SSR分子标记追踪醋栗番茄的渗入片段。在BC3代共留选渐渗系材料50份,其中单片段材料为14份,双片段材料为26份,三片段材料为10份;共得到渗入片段96个,每个渗入片段的平均长度为35.68cM。50份渐渗系平均渗入供体基因片段占供体基因组的比例为5.6%,完全覆盖12条染色体。醋栗番茄片段在BC1、BC2、BC3代占供体基因组的比例,经过每个世代的全基因组检测后由理论值50%、25%和12.5%降为了 42.0%、21.3%和5.6%,大大提高了选择效率。4.以醋栗番茄LA2093为供体亲本,栽培番茄‘Jina’为受体亲本构建的BC3F1群体为材料,采用WinQTLcart2.5软件复合区间作图法检测到与首花序节位、花序间隔节位、单花序花数3个性状相关的6个QTL,分布于第1、2、4、6、9、12染色体上。其中,花序间隔节位相关QTL有3个,首花序节位相关的QTL有2个,单花序花数相关的QTL有1个,6个QTL位点的贡献率为4.33%～47.93%。
杨治伟[7]（2019）在《宁夏粳稻种质资源锌、铁含量的关联分析及地方品种籽粒锌含量的QTL定位》文中研究表明水稻是世界上一半人口的主要粮食来源,也是生物强化微量元素的主要谷类作物之一。锌、铁在动植物的正常生长发育和代谢过程中起着关键性的作用,特别是以稻米为主粮的国家,人体中锌、铁缺乏比较常见。因此通过生物强化改善人体中的锌、铁缺乏具有重要意义。本试验通过对控制水稻籽粒锌、铁含量QTL位点进行关联分析和连锁分析,旨在为通过分子育种手段提高水稻籽粒锌、铁含量提供理论支持,奠定分子基础。本试验利用57对SSR标记对155份宁夏粳稻种质资源进行遗传多样性分析,籽粒锌、铁含量和粒型的相关性分析及与SSR标记的关联分析;构建以富锌宁夏地方品种“杨和白皮稻”和低锌品种“宁粳35”的杂交后代F2群体,利用该群体构建连锁遗传图谱,采用区间作图法对籽粒锌含量进行QTL定位。主要研究结果如下:1、对155份宁夏粳稻种质资源籽粒锌、铁含量间及与粒型的相关性分析表明:锌含量与铁含量间呈极显着的正相关关系;锌含量与谷粒长呈极显着正相关关系;铁含量与谷粒长呈显着正相关关系;2、通过对155份宁夏粳稻种质资源进行遗传多样性分析,可将155份宁夏粳稻种质资源分为4个亚群;共检测到257个等位变异,其中有效等位变异位点有148个,平均每个位点检测到4.51个等位变异,平均有效等位基因位点数为2.60,每个位点的等位变异数不等,变幅为2～10个。3、通过关联分析发现,与籽粒锌含量显着关联的位点有3个,分别为RM5461-4、RM5647-2、RM7356-1,表型贡献率分别为7.59%、5.89%、4.72%,增加表型效应最大的等位变异是RM5647-2,载体品种为长粒-5;与籽粒铁含量显着关联的位点有20个,表型贡献率介于2.56%～7.33%之间,表型贡献率最高的等位变异是RM3600-1,增加表型效应最大的等位变异是12-3,载体品种是粮香5号。4、通过对F2群体籽粒锌含量的QTL检测,共得到8个QTL位点,分布在水稻第3、7、8号染色体上,贡献率分布范围为4%～8%;其中,位于第7号染色体上的qZn-7-3贡献率最高,为8%,加性效应1.16mg/kg。
田玲[8]（2019）在《水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL位点qGABA8的精细定位及基因候选》文中研究指明水稻是世界上最主要的粮食作物之一,研究发现,部分稻米中富含一种功能性营养成分—γ-氨基丁酸（GABA）,然而,目前对于作物中γ-氨基丁酸的研究主要集中在生理特性和代谢合成方面,对作物籽粒γ-氨基丁酸含量的遗传规律研究极少。因此,充分发掘富γ-氨基丁酸水稻种质资源,研究其遗传规律,不仅对培育富γ-氨基丁酸水稻新品种具有重要意义,而且可为作物中γ-氨基丁酸含量的遗传研究提供理论依据。本研究以Y-氨基丁酸含量低的宁农黑粳为母本与γ-氨基丁酸含量高的高粱稻-1为父本杂交,获得杂交F1,自交后获得F2及F2:3家系。以6162个F2及F2:3家系单株组成的精细定位群体为试验材料,以初级定位结果RM342和RM515为上下游侧翼标记,开发新的标记,将水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL位点qGABA8精细定位在RM342和G121之间大约183Kb的范围内,根据水稻基因组注释,发现该区间内存在29个预测基因。具体研究结果如下:1.本研究利用水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL初定位结果中3个贡献率高的SSR标记对216个单株组成的F2群体进行基因型分型,分析主效QTL位点及位点的作用效果,确定以第8号染色体上的位点qGABA8为主效QTL位点,获得用于交换株筛选的最佳基因型是HBA或BHA。2.利用侧翼标记逼近法,以与目标基因紧密连锁的上、下游标记RM342和RM515为侧翼标记,设计了 102对InDel标记,共筛选出11对多态性标记,其中位于RM342和RM515之间的G56与G58标记对初定位遗传图谱进行进一步加密;以宁农黑粳/高粱稻-1杂交F2及F2:3家系4350个单株组成的群体为试验材料,通过分子标记进行重组个体筛选,以获得目标区段为杂合且具有高粱稻-1遗传背景的材料,共获得定位区间内发生遗传重组的交换单株151个,将水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL qGABA8次级定位在标记RM342与G56之间大约235Kb的范围内。3.以次级定位筛选到的151株交换株及其85个F2交换株衍生出的F2:3家系1020株,66个F2:3交换株衍生出的F3:4家系792株单株为试验材料,共1963株;利用次级定位中与目标基因紧密连锁的RM342与G56为上下游标记,在次级定位区间设计了 30对InDel标记,其中有1对多态性标记（G121）;利用侧翼标记逼近法,进行交换株筛选,最终,在RM342与G121内筛选到53株交换株,结合交换单株表型进行分析,将qGABA8精细定位在RM342与G121标记183Kb区间内。4.结合qGABA8精细定位区间,发现该区间有29个基因,对这29个基因分别进行了生物信息学分析;其中有2个未知功能基因,有27个基因编码已知结构域蛋白。在27个已知的基因编码的蛋白质中,有3个基因与逆转录病毒GAG蛋白有关,表明在该区间存在一个编码病毒受体蛋白家族的基因簇;有21个基因与表达蛋白有关,在21个表达蛋白中,有6个基因,根据TMHMM和Signal PHMM推测,具有跨膜结构域或信号肽,说明有可能为蛋白激酶,也有可能为转录因子,因此可能在水稻生命活动中起作用。还有3个基因有着不同的作用,LOCOs08g32280.1基因调节水稻根系全蛋白质组内上调和下调的蛋白质斑点;LOCOs08g32370.1基因是粘蛋白相关的表面蛋白;LOC Os08g32500.;基因中 nucleobase-ascorbatetransporter（NAT）是高度疏水的蛋白质,在拟南芥和水稻基因组中发现了相似数量的基因。
王卉[9]（2018）在《水稻精米糊化温度、胶稠度和直链淀粉含量性状有利等位变异的发掘》文中认为在过去的40年间,我国杂交水稻的商业化种植对改善粮食安全作出了重大的贡献,杂交水稻的产量比常规高产水稻品种高出15%～20%。杂交籼稻种植面积约占籼稻总面积的80%,而杂交粳稻只占粳稻总种植面积的5%左右。杂交粳稻发展缓慢的主要原因之一是其籽粒品质性状不如常规粳稻品种。随着经济的快速发展和人们生活水平的日益提高,消费者对稻米品质也提出了更高的要求。稻米品质改良已经成为当前水稻研究的热点和难点,同样,它也是水稻育种的主要目标之一。杂交稻亲本精米的糊化温度（GT）、胶稠度（GC）和直链淀粉含量（AC）是改良杂交粳稻平均籽粒蒸煮食味品质（ECQs）的关键因素。本研究将来自7个不同生态区域的462份水稻品种种植在5个环境下,调查各个环境下各品种收获的稻谷碾磨的精米的糊化温度、胶稠度和直链淀粉含量;并利用262个SSR分子标记对上述462份水稻品种进行全基因组标记基因型扫描;结合表型数据和基因型数据,采用TASSEL 3.0软件中的混合线性模型（Mixed Linear Model,MLM）对标记与性状变异进行关联分析。主要研究结果如下:一、462份水稻品种自然群体中,糊化温度、胶稠度和直链淀粉含量的表型变异较大,相应的变异系数分别为41.24%、51.96%和32.85%;相应地,各性状广义遗传率分别为95%、94%和98%;自然群体内三个性状的表型值呈正态分布。二、用262个SSR分子标记检测462份水稻材料的遗传多样性,共检测到2462个SSR标记等位基因,包括特异等位基因（unique allele,等位基因频率<0.5%）379个（15.39%）、稀有等位基因（rare allele,0.5%≤等位基因频率<5%）848个（34.44%）、多态等位基因（polymorphic allele,5%≤等位基因频率≤95%）1231个（50%）、固定的等位基因（fixed allele,等位基因频率≥ 95%）4个（0.16%）。不同标记位点检测到的等位基因数目不等,每个位点的等位基因数目范围从2（RM206Chrll）到25（RM7545Chr10）,平均每个标记位点检测到9.4个等位基因。SSR标记水平的基因多样性平均为0.4685,变幅为0.0068（RM7403Chr3）到 0.7569（RM128Chrl）。各位点多态信息量（polymorphism information content,PIC）平均值为 0.4208,变幅为 0.0067（RM7403Chr3）到 0.7444（RM128Chr1）。三、使用STRUCTURE2.2（Pritchard等,2000b）软件评估462个水稻品种自然群体的群体结构,结合基于Nei氏遗传距离的邻接（Neighbor-Joining）聚类分析方法,以及主成分分析（PCA）将检测的自然群体划分为5个亚群。亚群1至亚群5包含的品种数分别为97、115、105、97、48。每个亚群的共线SSR标记位点之间,以及非共线SSR标记位点之间均存在一定程度的连锁不平衡（Linkage Disequilibrium,LD）。亚群1至亚群5的标准不平衡系数D’平均值分别为0.692、0.673、0.786、0.751、0.787。亚群1至亚群5的LD衰减（D’<0.5）所延伸的最小距离分别为41.8 cM、79.3 cM、83.3 cM、76.4 cM、63.4 cM。四、共检测到35个SSR分子标记位点与稻米蒸煮食味品质性状显着关联（FDR<0.05）,一些位点与淀粉合成相关的基因位置重叠。其中,8个SSR分子标记位点与糊化温度性状显着关联,分布在第2、3（2）、5、7、9、10、11染色体上,RM232和RM3600在四个环境下被检测到,RM6646在三个环境下被检测到,RM262、RM267、RM542和RM7557在两个环境下被检测,RM135只在一个环境下被检测到,表型变异解释率变幅为2.56%～10.12%。RM232-chr3、RM135-chr3、RM3600-chr9 是本研究新检测到的 3 个标记位点。9个SSR分子标记位点与胶稠度性状显着关联,分布在第3（2）、4、6（2）、7、8、11、12染色体上,RM6712和RM5753在四个环境下被检测到,RM232和RM6327在三个环境下被检测到,RM348、RM510、RM234和RM6215在两个环境下被检测,RM309只在一个环境下被检测到,表型变异解释率变幅为1.84%～10.54%。RM232-chr3、RM6712-chr3、RM348-chr4、RM234-chr7、RM6215-chr8、RM6327-chr11、RM309-chr12是7个新检测到的标记位点。18个SSR分子标记位点与直链淀粉含量性状显着关联,分布在第2、3（2）、4、5（2）、6（2）、7（2）、8（2）、10（2）、11（2）、12（2）染色体上,RM6712、RM148、RM234、RM6327、RM20 和 RM309 在五个环境下均被检测到,RM348、RM122、RM510和 RM346 在四个环境下被检测到,RM301、RM5753、RM3754、RM264、RM258 和 RM7303在三个环境下被检测到,RM159和RM1108在两个环境下被检测,表型变异解释率变幅为 1.84%～10.54%,其中 RM6712-chr3、RM122-chr5、RM159-chr5、RM3754-chr8、RM258-chr10、RM6327-chrll是新检测到的6个位点,表型变异解释率最大的位点是RM6327（10.49%）。五、5个环境下检测到与精米蒸煮食味品质性状相关的位点共携带87个有利等位变异。与糊化温度显着关联的位点共携带20个有利等位变异,其中RM3600-90bp有最大的表型效应值,能够增加稻米糊化温度碱消值1.49级,其典型载体品种是龙盾105;与胶稠度显着关联的位点共携带24个有利等位变异,RM6327-175bp有最大的表型效应值,能够增加稻米胶稠度21.94mm,其典型载体品种是红农5号;与稻米直链淀粉含量显着关联的位点共携带43个有利等位变异,RM6327-175bp有最大的表型效应值,能够降低稻米直链淀粉含量2.42%,其典型载体品种是白芒糯。六、本研究共预测了 15组与稻米糊化温度、胶稠度和直链淀粉含量改良相关的双亲组合,其中改良稻米糊化温度的杂交亲本组合有龙盾105×中粳212等,预测可以增加糊化温度碱消值到4.2级;改良稻米胶稠度的杂交亲本组合有红农5号×徐稻5号等,预测胶稠度可以增加到148.4mm;改良稻米直链淀粉含量的杂交亲本组合有补血糯×红农5号等,预测可以降低直链淀粉含量到37.3%。
杨润[10]（2018）在《稻瘟病抗病基因Pi1和Pi9在改良大粒溪香中的应用》文中认为作为一个农业大国,水稻一直是我国主要粮食作物之一,但我国水稻品种的抗瘟性一直难以得到提高,多年以来稻瘟病一直制约着我国水稻产量的增长。培育对稻瘟病具有良好抗性的水稻新品种,是防治稻瘟病最经济、有效的途径。“大粒溪香”是由贵州大学水稻研究所以“大粒香”为背景,以改良其抗病性和产量为育种目标所培育出的优质水稻品种（系）,其米质达到国优1级。尽管“大粒溪香”抗病性较“大粒香”得到一定的提升,但效果不明显。为了进一步改良其对稻瘟病的抗性,本研究以课题组前期构建的Pi1和Pi9双基因聚合材料/大粒溪香//大粒溪香BC1F4群体为研究材料,对群体中含有双元抗性基因的植株进行回交加代,并对筛选获得的BC1F6代、BC2F2代和BC3F1代植株进行背景回复度检测和田间农艺性状调查,并用10个来自贵州主要稻区稻瘟病菌进行田间人工接种鉴定,评价抗性基因聚合对大粒溪香抗病性的改良效果。结合农艺性状调查、背景回复度检测和田间抗性鉴定,筛选获得稻瘟病抗性显着提高、农艺性状优良且与“大粒溪香”遗传背景相似度较高的中间材料,以期为贵州省水稻抗病育种研究提供参考资料和材料,最终选育出优质、广谱、高抗的水稻新品种（系）。研究主要取得以下结果:1.本文将与Pi1、Pi9基因紧密连锁的SSR标记RM224、STS标记pB8为研究对象,通过筛选后从回交群体中选出了20个携带双元抗性基因的植株,其中BC3F1代7株,BC2F2代13株,以及6个表型较为稳定的BC1F6株系。并通过50对多态性SSR标记对其进行背景回复率的分析,结果显示:BC3代植株的背景回复率平均为88.86%,变化幅度在84%95%之间,单株5-2-5的背景回复率较高;BC2代植株的背景回复率平均为81.46%,变化幅度在74%87%之间,单株26-7-5的背景回复率较高;BC1代植株的背景回复率平均为67.43%,变化幅度在62%72%之间,单株77的背景回复率较高,以上3个单株均来自同一系谱的不同世代。2.通过对筛选植株的田间农艺性状、籽粒外观性状进行聚类分析,可以看出,在外观表现上,BC3F1代单株5-2-5和BC2F2代单株26-7-5的表型更接近于轮回亲本大粒溪香。其中,与大粒溪香遗传背景相似度较高（95%）的单株5-2-5具有“光叶、光稃”的特性:籽粒外观性状上,粒宽显着高于大粒溪香,粒长和千粒重与大粒溪香差异不明显;田间农艺性状上,株高较大粒溪香高出1.9cm,有效分蘖与大粒溪香相差2穗,穗长与大粒溪香相差2.4cm,单株实粒数与大粒溪香相差873粒。而单株26-7-5,背景回复率为87%,具有大粒溪香“光叶、光稃”的特性:籽粒外观性状上,千粒重显着高于大粒溪香,粒长和粒宽与大粒溪香差异不明显;田间农艺性状上,株高较大粒溪香高出9.3cm,有效分蘖与大粒溪香相差2穗,穗长与大粒溪香相差0.4cm,单株实粒数较大粒溪香多出24粒。3.双元抗性基因聚合的植株对叶瘟表现出了较高的抗性水平,病级在0.73左右,发病叶部大多出现针头状大小的褐点。对穗瘟也起到较为明显的改良效果,虽然穗部均有感病现象,但发病较轻,损失指数相对大粒溪香约下降了79.4个百分点。综合评价在中抗中感之间,相对大粒溪香下降46个病级。携带双元抗性基因的植株在世代间表型、基因型差异较大,但对稻瘟病的抗性表现较为稳定,双元抗性基因聚合能使大粒溪香的稻瘟病抗性得到显着提升。4.目前选育工作已经进行到了BC4F1代,并从中筛选获得2株携带Pi1、Pi9基因的植株,通过田间人工接种鉴定,叶瘟病级为0.2,70.6%的接种穗出现感病现象,损失指数为15.3%,对其综合评价为中感,其外观性状和背景回复有待进一步研究。5.通过世代间植株的遗传位点及外观性状的变化可以看出,回交低代材料背景回复率较低,在外观性状上与大粒溪香差别较大。随着回交世代的增加,背景回复逐渐增加,植株外观表现也逐渐趋向于轮回亲本,主要表现在植株的籽粒重量增加、粒型变大,并出现大粒溪香“光叶、光稃”的表型特性。相关分析结果表明:背景回复率与株高、有效分蘖呈负相关,其中与株高皮尔逊相关系数为-0.3,与有效分蘖的相关系数为-0.141;与水稻粒的重量、长度以及光稃,都呈现出显着的正相关关系,皮尔逊相关系数分别为0.516**、0.538**、0.511**;与穗长、每穗实粒数、粒宽、光叶呈正相关,皮尔逊相关系数分别为0.036、0.157、0.235、0.345。6.利用多重PCR技术可以实现对回交群体中含有Pi1、Pi9双元抗性基因植株的快速检测。SSR标记RM224对Pi1基因的检测具有共显性,而STS标记pB8对Pi9基因仅能进行阳性检测。
二、SSR标记及在水稻遗传育种中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、SSR标记及在水稻遗传育种中的应用（论文提纲范文）
（1）江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 DNA分子标记发展 |
| 1.2 SSR标记及检测技术 |
| 1.3 SNP标记及检测技术 |
| 1.3.1 SNP标记 |
| 1.3.2 SNP标记检测技术 |
| 1.3.3 几种SNP标记检测技术比较 |
| 1.4 DNA分子标记技术的应用 |
| 1.4.1 DNA指纹图谱构建及品种鉴定 |
| 1.4.2 水稻重要性状基因定位 |
| 1.4.3 作物遗传改良中的应用 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 水稻材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 水稻总DNA提取 |
| 2.2.2 KASP标记开发 |
| 2.2.3 KASP标记多态性验证 |
| 2.2.4 PCR、酶切及凝胶电泳检测 |
| 2.2.5 农艺性状调查 |
| 2.2.6 咪唑乙烟酸除草剂处理 |
| 2.2.7 统计分析 |
| 第3章 结果与分析 |
| 3.1 江苏粳稻品种间候选SNP位点筛选 |
| 3.2 江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发 |
| 3.3 KASP标记在不同区域或类型品种间的多态性分析 |
| 3.4 KASP标记在江苏粳稻品种鉴定中的应用 |
| 3.5 江苏粳稻品种间的遗传多样性分析 |
| 3.6 国内外不同区域种质资源主要农艺表型分析 |
| 3.7 收集的530份品种资源间的遗传相似性初步分析 |
| 3.8 抗稻瘟病基因Pid3的功能性KASP标记开发 |
| 3.9 金粳818中抗除草剂基因功能性KASP标记开发 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 KASP标记在水稻品种鉴定中具有更广泛的应用前景 |
| 4.2 江苏粳稻品种间高多态性的KASP标记开发 |
| 4.3 KASP标记指纹在粳稻品种鉴定中的应用及多样性分析 |
| 4.4 基因功能标记在品种鉴定中的应用 |
| 参考文献 |
| 附录一: 研究中涉及到的530份种质资源信息 |
| 附录二: 从3k品种序列中筛选SNP位点的R语言程序代码 |
| 附表三: 水稻3K品种中涉及的78份中国粳稻品种名 |
| 附录四: 江苏近年审定推广的141个粳稻品种在76个KASP标记位点的DNA指纹 |
| 附录五: 在76个KASP标记指纹检测中差异位点数在1-4个的9对品种信息及差异的标记位点 |
| 附录六: 在60个SSR标记指纹检测中差异位点数在1-4个的6对品种信息及差异的标记位点 |
| 附录七: 基于76个KASP标记指纹的141份品种的遗传相似系数 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（2）中国不同稻作区和不同年代水稻种质资源遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 引言 |
| 1.1 水稻种质资源概况 |
| 1.2 遗传多样性的含义 |
| 1.3 遗传多样性的检测方法 |
| 1.3.1 形态学标记 |
| 1.3.2 细胞学标记 |
| 1.3.3 生化标记 |
| 1.3.4 分子标记 |
| 1.4 水稻种质资源遗传多样性的影响因素 |
| 1.5 水稻种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.5.1 不同地区水稻种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.5.2 不同年代水稻种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 试验设计 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 DNA提取与SSR引物筛选 |
| 2.3.2 PCR扩增与毛细管电泳 |
| 2.3.3 主要试剂、仪器及耗材 |
| 2.4 数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 不同来源不同年代水稻遗传多样性分析 |
| 3.1.1 SSR标记多态性分析 |
| 3.1.2 中国不同稻作区水稻资源遗传多样性分析 |
| 3.1.3 中国不同省份水稻资源遗传多样性分析 |
| 3.1.4 不同年代育成品种遗传多样性的变化趋势 |
| 3.2 不同稻作区不同类型水稻遗传结构分析 |
| 3.2.1 基于数学模型的群体结构划分 |
| 3.2.2 基于Nei's遗传距离的群体结构 |
| 3.3 不同来源不同年代水稻遗传分化与亲缘关系 |
| 3.3.1 中国不同稻作区水稻资源的遗传分化与亲缘关系 |
| 3.3.2 中国不同省份不同类型水稻的遗传分化与亲缘关系 |
| 3.3.3 不同年代水稻选育品种的遗传分化与亲缘关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 中国不同稻作区不同类型水稻遗传多样性差异 |
| 4.2 不同年代水稻选育品种遗传多样性差异及遗传分化 |
| 4.3 不同来源不同类型水稻资源的遗传结构及遗传分化 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录B:作者攻读硕士学位期间发表论文及科研情况 |
| 致谢 |
（3）水稻染色体片段代换系Z745的鉴定及产量相关性状QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 QTL定位基本原理及步骤 |
| 1.2 QTL定位常用的分子标记 |
| 1.3 QTL定位方法 |
| 1.4 作图群体概况 |
| 1.5 水稻染色体片段代换系群体的构建及特点 |
| 1.5.1 水稻染色体片段代换系群体的概念 |
| 1.5.2 水稻染色体片段代换系的构建 |
| 1.5.3 代换系群体的特点 |
| 1.5.4 代换系群体与其他作图群体的比较 |
| 1.6 染色体片段代换系在水稻的应用研究进展 |
| 1.6.1 水稻染色体片段代换系QTL初步定位 |
| 1.6.2 水稻染色体片段代换系QTL精细定位 |
| 1.6.3 在设计育种的应用,及遗传改良 |
| 1.7 本研究的意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料与试剂 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 药品及仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 亲本及定位群体材料种植情况 |
| 2.2.2 产量相关性状调查 |
| 2.2.3 分子定位方法 |
| 2.2.4 产量相关性状数据处理 |
| 2.2.5 代换片段的鉴定 |
| 2.2.6 QTL定位 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 水稻染色体片段代换系Z745的鉴定 |
| 3.2 亲本间重要农艺性状方差分析 |
| 3.3 次级F2群体重要农艺性状的分布分析 |
| 3.4 次级F2群体各个性状的相关性分析 |
| 3.5 产量相关性状QTL定位 |
| 4 结论与讨论 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 讨论 |
| 4.2.1 不同性状QTL连锁情况 |
| 4.2.2 本论文定位QTL与前人研究结果异同 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
（4）全基因组分子标记背景选择创建抗褐飞虱水稻新材料（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 世界及中国水稻生产概况 |
| 1.3 水稻褐飞虱及其抗性基因研究 |
| 1.3.1 褐飞虱的分布及危害 |
| 1.3.2 褐飞虱的主要特性、爆发特点及危害程度 |
| 1.3.3 褐飞虱致害性的研究 |
| 1.4 褐飞虱抗性基因资源及其定位与克隆 |
| 1.4.1 褐飞虱抗性基因资源及主效抗性基因的定位 |
| 1.4.2 褐飞虱抗性基因的克隆及功能研究 |
| 1.5 褐飞虱抗性基因的抗虫分子机制及生理机制 |
| 1.5.1 褐飞虱抗性基因的抗虫分子机制 |
| 1.5.2 褐飞虱抗性基因的抗虫生理机制 |
| 1.6 水稻褐飞虱抗性鉴定方法 |
| 1.7 褐飞虱抗性基因在育种中的应用 |
| 1.8 分子标记辅助育种与全基因组分子标记背景选择育种 |
| 1.8.1 分子标记与分子标记辅助育种 |
| 1.8.2 全基因组分子标记背景选择育种 |
| 1.8.3 基于SNP的高通量全基因组选择平台 |
| 1.8.4 全基因组分子标记背景选择育种技术在实践中的应用 |
| 1.9 本研究的目的与意义 |
| 第二章 利用MAS改良恢复系“华恢938”的褐飞虱抗性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 用于抗性鉴定的褐飞虱 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.2.3.1 杂交、回交和分子标记选择的技术路线 |
| 2.2.3.2 用于目标基因选择的分子标记 |
| 2.2.3.3 DNA提取、PCR扩增及反应产物检测 |
| 2.2.4 育成株系目标基因确认及遗传背景分析 |
| 2.2.4.1 育成株系目标基因型确认 |
| 2.2.4.2 育成株系的遗传背景分析 |
| 2.2.5 苗期褐飞虱抗性鉴定 |
| 2.2.5.1 鉴定用褐飞虱的准备 |
| 2.2.5.2 待鉴定材料秧苗准备 |
| 2.2.5.3 褐飞虱苗期抗性鉴定流程及评价标准 |
| 2.2.6 改良株系及其所配组合的农艺性状考察 |
| 2.2.7 稻米品质分析 |
| 2.2.8 数据分析和计算 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 回交、分子标记检测和株系选择过程 |
| 2.3.2 改良株系及其所配组合的褐飞虱抗性表现 |
| 2.3.3 改良株系及其所配组合的产量和主要农艺性状表现 |
| 2.3.4 改良株系及其所配组合的稻米品质表现 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 缩小遗传背景差异有助于减少表型差异 |
| 2.4.2 BPH14和BPH15在褐飞虱抗性育种中的应用策略 |
| 2.4.3 有进一步试验价值的测配组合 |
| 第三章 全基因组分子标记背景选择改良“五山丝苗”的褐飞虱抗性 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与方法 |
| 3.2.1 试验水稻材料 |
| 3.2.2 供试褐飞虱 |
| 3.2.3 实验方法 |
| 3.2.3.1 水稻DNA提取、PCR扩增及反应产物检测 |
| 3.2.3.2 目的基因正向及负向选择标记体系的建立 |
| 3.2.3.3 全基因组背景选择多态性标记筛选及物理图谱构建 |
| 3.2.3.4 基于SNP芯片及高通量测序技术的遗传背景分析 |
| 3.2.4 BPH14和BPH15双基因聚合株系的创建技术路线 |
| 3.2.5 褐飞虱抗性鉴定 |
| 3.2.5.1 苗期人工接虫抗性鉴定 |
| 3.2.5.2 成株期抗性鉴定 |
| 3.2.5.3 褐飞虱取食后蜜露分泌量及虫增重测定 |
| 3.2.6 改良株系及所配杂交组合的产量及主要农艺性状考察 |
| 3.2.7 稻米品质分析 |
| 3.2.8 遗传背景回复率计算及数据处理 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 目标基因BPH14和BPH15正向选择及负向选择标记体系的建立 |
| 3.3.2 背景选择标记的筛选及物理图谱构建 |
| 3.3.3 芯片标记亲本间多态性分析 |
| 3.3.4 BPH14和BPH15双基因聚合株系的创建 |
| 3.3.5 中选株系高密度芯片遗传背景分析 |
| 3.3.6 中选株系遗传背景重测序分析 |
| 3.3.7 重组断点的确定及序列分析 |
| 3.3.8 改良株系褐飞虱抗性综合评价 |
| 3.3.8.1 苗期褐飞虱抗性鉴定结果 |
| 3.3.8.2 蜜露及虫增重测定结果 |
| 3.3.8.3 成株期褐飞虱抗性鉴定结果 |
| 3.3.9 改良株系的生育期、主要农艺性状及产量表现 |
| 3.3.9.1 改良株系在海南的生育期、主要农艺性状及产量表现 |
| 3.3.9.2 改良株系在武汉的生育期、主要农艺性状及产量表现 |
| 3.3.10 改良株系的稻米品质表现 |
| 3.3.10.1 改良株系在海南的稻米品质表现 |
| 3.3.10.2 改良株系在武汉的稻米品质表现 |
| 3.3.11 改良株系所配杂交组合的生育期、主要农艺性状、产量及稻米品质表现 |
| 3.3.11.1 改良株系所配杂交组合的生育期、主要农艺性状及产量表现 |
| 3.3.11.2 改良株系所配杂交组合的稻米品质表现 |
| 3.3.12 BPH14或BPH15基因单片段代换系的建立与评价 |
| 3.3.12.1 单基因片段代换系的构建 |
| 3.3.12.2 单基因片段代换系的生育期、主要农艺性状、产量及稻米品质表现 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 利用全基因组分子标记背景选择实现水稻目标性状的精准改良 |
| 3.4.2 基于SNP标记的基因分型平台是理想的遗传背景选择工具 |
| 3.4.3 优化的全基因组分子标记背景选择策略 |
| 3.4.4 缩短导入片段对消除潜在连锁累赘非常必要 |
| 3.4.5 改良株系的应用前景 |
| 第四章 全基因组分子标记背景选择改良“黄华占”的褐飞虱抗性 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料与方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 目标基因正向、负向选择及全基因背景选择标记体系的建立 |
| 4.3.2 背景选择标记的筛选及物理图谱构建 |
| 4.3.3 芯片标记亲本间多态性分析 |
| 4.3.4 BPH14和BPH15双基因聚合株系的创建 |
| 4.3.5 改良株系的褐飞虱抗性表现 |
| 4.3.6 改良株系的生育期、主要农艺性状及产量表现 |
| 4.3.6.1 改良株系在海南的生育期、主要农艺性状及产量表现 |
| 4.3.6.2 改良株系在武汉的生育期、主要农艺性状及产量表现 |
| 4.3.7 改良株系的稻米品质表现 |
| 4.3.7.1 改良株系在海南的稻米品质表现 |
| 4.3.7.2 改良株系在武汉的稻米品质表现 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 BPH14和BPH15基因不会对产量、农艺性状及稻米品质造成不利影响 |
| 4.4.2 BPH14和BPH15连锁片段在不同遗传背景下对性状的影响不同 |
| 4.4.3 基于全基因组分子标记背景选择的多基因聚合策略 |
| 4.4.4 全基因组分子标记背景选择培育多基因聚合绿色超级稻 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 |
| 附录2 |
| 致谢 |
（5）不同来源CMS应用于花椰菜杂种优势的研究（论文提纲范文）
| 缩略词 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 花椰菜起源、分布与种质资源概况 |
| 1.1.1 花椰菜的起源 |
| 1.1.2 花椰菜种植与分布 |
| 1.1.3 我国花椰菜种质资源概况 |
| 1.2 花椰菜种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.2.1 种质资源遗传多样性的概念与意义 |
| 1.2.2 种质资源遗传多样性的分析方法 |
| 1.2.3 国内外花椰菜种质资源遗传多样性研究进展 |
| 1.3 花椰菜CMS细胞质效应研究进展 |
| 1.3.1 细胞质效应研究的意义 |
| 1.3.2 细胞质效应研究的方法 |
| 1.3.3 十字花科作物CMS来源及细胞质效应研究进展 |
| 1.3.4 花椰菜CMS来源及细胞质效应研究进展 |
| 1.4 花椰菜杂种优势利用研究进展 |
| 1.4.1 杂种优势的概念 |
| 1.4.2 杂种优势的遗传基础 |
| 1.4.3 杂种优势预测的方法 |
| 1.4.4 国内外花椰菜杂种优势研究进展 |
| 第二章 花椰菜自交系表型变异及遗传多样性分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 性状调查 |
| 2.1.3 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 花椰菜自交系10 个数量性状的多样性分析 |
| 2.2.2 花椰菜自交系20 个质量性状的多样性分析 |
| 2.2.3 基于表型数据的主成分分析 |
| 2.2.4 基于表型数据的自交系聚类分析 |
| 2.2.5 基于表型性状的不同群体遗传多样性比较 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 花椰菜自交系的表型性状变异与遗传多样性 |
| 2.3.2 花椰菜自交系表型性状主成分分析及评价利用 |
| 2.3.3 花椰菜自交系表型性状聚类分析及评价利用 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 花椰菜自交系SSR标记遗传多样性及群体结构分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 DNA提取 |
| 3.1.3 SSR引物 |
| 3.1.4 PCR扩增 |
| 3.1.5 电泳检测 |
| 3.1.6 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SSR标记的多态性分析 |
| 3.2.2 基于SSR标记的自交系间遗传距离分析 |
| 3.2.3 基于SSR标记的自交系聚类分析 |
| 3.2.4 基于SSR标记的自交系主成分分析 |
| 3.2.5 基于SSR标记的自交系群体结构分析 |
| 3.2.6 基于SSR标记的不同群体遗传多样性比较 |
| 3.2.7 表型性状与SSR分子标记两种分析结果的比较 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 花椰菜自交系SSR标记遗传多样性及亲缘关系分析 |
| 3.3.2 花椰菜自交系SSR标记聚类分析、主成分分析和群体结构分析 |
| 3.3.3 表型与分子两种方法分析结果的比较 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 不同来源CMS的花椰菜不育系细胞质效应分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验设计 |
| 4.1.3 性状测定 |
| 4.1.4 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 不育细胞质对杂种F115 个性状的一般效应 |
| 4.2.2 核背景对不育细胞质遗传效应的影响 |
| 4.2.3 不同来源CMS的不育系细胞质效应的比较 |
| 4.2.4 两个同质异核花椰菜CMS细胞质效应的比较 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 花椰菜CMS对多个性状的细胞质效应为负 |
| 4.3.2 花椰菜CMS负效应可通过杂交父本核背景改善 |
| 4.3.3 不同来源CMS的花椰菜不育系细胞质效应的综合评价 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 花椰菜杂种优势及其亲本配合力分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 试验设计 |
| 5.1.3 性状测定 |
| 5.1.4 数据分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 父母本及杂种F1的性状表现 |
| 5.2.2 联合方差分析 |
| 5.2.3 配合力分析 |
| 5.2.4 杂种优势分析 |
| 5.2.5 杂种优势的预测 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 花椰菜主要农艺及品质性状的杂种优势表现 |
| 5.3.2 花椰菜主要农艺及品质性状配合力的特点 |
| 5.3.3 配合力、遗传距离和不育胞质效应与杂种优势的预测 |
| 5.4 本章小结 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 下一步研究工作 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（6）栽培番茄遗传多样性分析及醋栗番茄LA2093渐渗系的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 番茄种质资源概述 |
| 1.1 番茄种质资源及其收集 |
| 1.2 野生番茄种质资源的重要价值 |
| 2 分子标记研究进展 |
| 2.1 分子标记的类型与特点 |
| 2.2 分子标记在番茄种质资源遗传多样性研究中的应用 |
| 2.3 番茄遗传连锁图谱构建研究进展 |
| 2.4 分子标记辅助选择在番茄育种中的应用 |
| 3 渐渗系的构建与应用 |
| 3.1 渐渗系的概述 |
| 3.2 渐渗系研究进展 |
| 3.3 渐渗系的应用 |
| 4 利用高代回交群体定位番茄数量性状的研究进展 |
| 5 研究内容及目的和意义 |
| 5.1 研究内容 |
| 5.2 研究目的 |
| 5.3 研究意义 |
| 第二章 栽培番茄遗传多样性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基于分子标记的栽培番茄遗传多样性分析 |
| 2.2 基于表型性状的栽培番茄遗传多样性分析 |
| 2.3 优良种质资源的筛选 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三章 番茄遗传连锁图谱的构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 亲本间多态性标记筛选与BC_1F_1群体基因型分析 |
| 2.2 番茄遗传连锁图谱的构建 |
| 3 讨论 |
| 3.1 亲本多态性及作图群体的选择 |
| 3.2 分子标记的选择 |
| 3.3 番茄遗传连锁图谱 |
| 4 小结 |
| 第四章 醋栗番茄渐渗系群体的初步构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 标记在染色体组的分布情况 |
| 2.2 回交各世代野生渗入片段在基因组中所占比例的变化 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第五章 番茄花序相关性状的QTL定位 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 花序性状调查方法与标准 |
| 1.3 数据统计与分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 花序相关性状表型分析 |
| 2.2 花序相关性状QTL分析 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 全文结论 |
| 附录 试剂配方 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的论文 |
（7）宁夏粳稻种质资源锌、铁含量的关联分析及地方品种籽粒锌含量的QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 矿质元素锌、铁的生理作用 |
| 1.1.1 锌、铁在植物体中的作用 |
| 1.1.2 锌、铁与人体健康 |
| 1.2 矿质元素锌、铁的遗传研究 |
| 1.2.1 锌、铁在水稻中的含量及分布 |
| 1.2.2 作物中微量元素的相关性 |
| 1.2.3 锌、铁在水稻中的积累机制 |
| 1.2.4 生物强化 |
| 1.3 关联分析 |
| 1.4 基于连锁分析的QTL定位 |
| 1.4.1 QTL定位的原理原理及方法 |
| 1.4.2 常用作图群体 |
| 1.4.3 构建图谱的分子标记 |
| 1.5 水稻中锌、铁含量QTL的研究进展 |
| 1.6 本试验的目的及意义 |
| 第二章 宁夏粳稻种质资源籽粒锌、铁含量及与粒型的相关分析 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 主要仪器及试剂 |
| 2.2.2 粒型性状的测定 |
| 2.2.3 籽粒锌、铁含量的测定 |
| 2.3 数据处理 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 宁夏粳稻种质资源表型性状分析 |
| 2.4.2 粳稻籽粒锌、铁含量间及与粒型的相关性分析 |
| 第三章 宁夏粳稻种质资源籽粒锌、铁含量与SSR标记的关联分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 试验仪器及试剂 |
| 3.2.2 籽粒锌、铁含量测定方法 |
| 3.2.3 DNA的提取及SSR分子标记检测 |
| 3.3 数据统计分析 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 SSR标记遗传多样性分析 |
| 3.4.2 群体结构分析 |
| 3.4.3 锌含量与SSR标记的关联分析 |
| 3.4.4 铁含量与SSR标记的关联分析 |
| 第四章 宁夏水稻地方品种籽粒锌含量的QTL定位 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.2 数据分析及图谱构建 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 F_2群体及亲本锌含量的变异 |
| 4.3.2 亲本间多态性引物筛选 |
| 4.3.3 SSR引物在F_2群体中的分离 |
| 4.3.4 F_2群体SSR分子标记遗传连锁图谱构建 |
| 4.3.5 水稻籽粒锌含量的QTL定位 |
| 第五章 讨论 |
| 5.1 AAS法测定矿质元素含量 |
| 5.2 微量元素锌、铁与其它表型的相关性 |
| 5.3 水稻种质资源的遗传多样性 |
| 5.4 水稻籽粒中锌、铁含量的遗传分析 |
| 5.5 锌、铁含量的关联分析 |
| 5.6 水稻籽粒锌含量的QTL比较 |
| 5.7 SSR标记遗传图谱的优化 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（8）水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL位点qGABA8的精细定位及基因候选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 γ-氨基丁酸研究概述 |
| 1.2.1 γ-氨基丁酸在动植物中的分布 |
| 1.2.2 植物γ-氨基丁酸的形成机理 |
| 1.2.3 γ-氨基丁酸在动植物中的富集方法 |
| 1.2.4 γ-氨基丁酸在植物中的作用 |
| 1.2.5 γ-氨基丁酸在人体中的作用 |
| 1.2.6 水稻糙米γ-氨基丁酸含量不同测定方法的比较 |
| 1.2.7 作物中影响γ-氨基丁酸含量的因素 |
| 1.3 作物QTL定位研究 |
| 1.3.1 QTL定位的原理 |
| 1.3.2 QTL定位常用DNA分子标记 |
| 1.3.3 QTL初级作图群体及初级定位 |
| 1.3.4 QTL精细定位作图群体及精细定位 |
| 1.3.5 QTL定位分析方法 |
| 1.3.6 作物中部分已克隆QTL精细定位研究 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 水稻籽粒γ-氨基丁酸含量主效QTL位点的基因型分析 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 数据分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 主效QTL位点的确定 |
| 2.3.2 以第9号染色体RM3600为主进行分析 |
| 2.3.3 F_2群体在两个主要QTL位点的基因型分型分析 |
| 第三章 水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL位点qGABA8的次级定位 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 DNA提取及质量检测 |
| 3.2.1.1 主要试剂及其配制 |
| 3.2.1.2 DNA的提取 |
| 3.2.2 SSR分子标记检测 |
| 3.2.3 表型测定 |
| 3.2.4 InDel引物的开发、合成及筛选 |
| 3.2.5 重组交换单株的筛选 |
| 3.3 数据分析 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 亲本间InDel标记的多态性筛选 |
| 3.4.2 重组交换单株筛选结果 |
| 3.4.3 水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL位点qGABA8的次级定位及构建加密连锁图谱 |
| 第四章 水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL位点qGABA8的精细定位及基因候选 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.3 数据分析 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 亲本间InDel标记的多态性筛选 |
| 4.4.2 重组交换单株筛选结果 |
| 4.4.3 构建精细加密遗传图谱 |
| 4.4.4 水稻籽粒γ-氨基丁酸含量qGABA8基因的QTL精细定位 |
| 4.4.5 基因候选 |
| 第五章 讨论 |
| 5.1 水稻籽粒γ-氨基丁酸含量的测定方法比较 |
| 5.2 作物数量性状QTL定位的作图方法的比较分析 |
| 5.3 分子标记及群体对QTL定位的影响 |
| 5.4 水稻籽粒γ-氨基丁酸含量主效QTL qGABA8的精细定位 |
| 5.5 候选基因分析 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
| 读研期间论文发表情况 |
（9）水稻精米糊化温度、胶稠度和直链淀粉含量性状有利等位变异的发掘（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 精米品质评价标准 |
| 2 精米糊化温度遗传及QTL |
| 3 精米胶稠度遗传及QTL |
| 4 精米直链淀粉含量遗传及QTL |
| 5 精米蒸煮食味品质遗传及研究进展 |
| 5.1 精米蒸煮食用品质遗传特点 |
| 5.2 精米蒸煮食用品质研究进展 |
| 6 杂交水稻研究进展 |
| 6.1 杂交水稻育种简史和栽培现状 |
| 6.2 杂交水稻精米蒸煮品质研究现状 |
| 7 关联分析研究进展 |
| 7.1 连锁不平衡的遗传学意义 |
| 7.2 连锁不平衡的测定方法 |
| 7.3 关联分析研究稻米品质性状的优势 |
| 7.4 关联分析在植物研究中的广泛应用 |
| 8 数量性状基因在水稻育种中的应用 |
| 8.1 水稻种质资源中有利基因的发掘 |
| 8.2 分子标记辅助选择改良数量性状 |
| 8.3 水稻数量性状基因克隆 |
| 9 本研究的目的意义和技术路线 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 供试材料与田间管理 |
| 2 精米蒸煮食味品质鉴定 |
| 2.1 精米糊化温度测定 |
| 2.2 精米胶稠度测定 |
| 2.3 精米直链淀粉含量测定 |
| 3 SSR标记基因型鉴定 |
| 3.1 DNA的提取 |
| 3.2 SSR分子标记基因分型 |
| 3.3 等位基因鉴定 |
| 4 数据分析 |
| 4.1 表型数据分析 |
| 4.2 基因型数据分析 |
| 4.3 连锁不平衡(LD)分析 |
| 4.4 精米蒸煮食味品质性状与SSR分子标记的关联分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 1 462个水稻品种组成的自然群体遗传结构分析 |
| 1.1 262对SSR分子标记的遗传多样性 |
| 1.2 基于SSR分子数据分析的462份水稻品种的群体结构 |
| 1.3 各亚群之间的遗传关系 |
| 1.4 连锁不平衡分析 |
| 2 自然群体糊化温度的表型变异和关联分析 |
| 2.1 462份水稻品种精米GT的表型变异 |
| 2.2 精米糊化温度性状的方差分析 |
| 2.3 精米GT关联分析模型的检测 |
| 2.4 糊化温度关联位点与有利等位变异 |
| 2.5 糊化温度优异双亲组合预测 |
| 2.6 非糯水稻品种群体中GT关联位点与有利等位变异 |
| 3 自然群体胶稠度的表型变异和关联分析 |
| 3.1 462份水稻品种精米GC的表型变异 |
| 3.2 精米胶稠度性状的方差分析 |
| 3.3 精米GC关联分析模型的检测 |
| 3.4 与GC性状相关联的SSR标记位点和有利等位基因 |
| 3.5 胶稠度优异双亲组合预测 |
| 3.6 非糯水稻品种群体中GT关联位点与有利等位变异 |
| 4 自然群体直链淀粉含量的表型变异和关联分析 |
| 4.1 462份水稻品种精米AC的表型变异 |
| 4.2 精米直链淀粉含量性状的方差分析 |
| 4.3 精米AC关联分析模型的检测 |
| 4.4 与AC性状相关联的SSR标记位点和有利等位基因 |
| 4.5 直链淀粉含量优异双亲组合预测 |
| 4.6 非糯水稻品种群体中AC联位点与有利等位变异 |
| 5 检测462个水稻品种等位变异的地理分布 |
| 5.1 RM3600携带等位变异的地理分布 |
| 5.2 RM6327携带等位变异的地理分布 |
| 第四章 全文讨论、结论与创新之处 |
| 1 全文讨论 |
| 1.1 遗传多样性与群体结构 |
| 1.2 性状表型变异和相关性分析 |
| 1.3 检测到的与精米GT显着关联的新标记位点和等位变异及其应用 |
| 1.4 检测到与精米GC显着关联的新标记位点和等位变异及其应用 |
| 1.5 检测到与精米AC显着关联的新标记位点和等位变异及其应用 |
| 1.6 与精米GT性状相关位点RM3600随地理环境和生态区域的演化 |
| 1.7 与精米GC和AC性状相关的位点RM6327随地理环境和生态区域的演化 |
| 2 全文结论 |
| 3 创新之处 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 研究生在读期间发表的论文目录 |
| 致谢 |
（10）稻瘟病抗病基因Pi1和Pi9在改良大粒溪香中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 文献综述 |
| 1.1 稻瘟病的研究进展 |
| 1.1.1 稻瘟病菌的生物学特征特性 |
| 1.1.2 稻瘟病菌生理小种 |
| 1.1.3 稻瘟病菌致病性遗传及变异 |
| 1.1.4 稻瘟病菌的侵染机理 |
| 1.1.5 稻瘟病的发病症状、规律 |
| 1.2 稻瘟病抗性基因的研究进展 |
| 1.2.1 稻瘟病的抗性遗传研究 |
| 1.2.2 稻瘟病抗性基因的鉴定 |
| 1.2.3 稻瘟病抗性基因的定位 |
| 1.2.4 稻瘟病抗性基因的克隆 |
| 1.2.5 稻瘟病广谱抗病基因的研究 |
| 1.3 分子标记辅助选择技术在稻瘟病抗性育种中的应用 |
| 1.3.1 分子标记辅助选择技术在抗病育种中的价值 |
| 1.3.2 抗病育种中主要的分子标记类型 |
| 1.3.3 分子标记辅助选择在抗稻瘟病回交育种中的应用 |
| 1.3.4 分子标记辅助选择在抗稻瘟病聚合育种中的应用 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 轮回亲本及感病对照 |
| 2.1.2 抗性基因供体 |
| 2.1.3 供试稻瘟病菌株 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 抗性基因聚合植株的筛选与加代流程 |
| 2.2.2 杂交方法 |
| 2.2.3 分子标记辅助选择 |
| 2.2.4 稻瘟病菌的培养与接种鉴定 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 群体的构建与携带双元抗性基因植株的筛选 |
| 3.2 携带双元抗性基因植株的背景回复 |
| 3.2.1 背景引物的筛选 |
| 3.2.2 背景回复率检测 |
| 3.3 携带双元抗性基因植株的田间农艺性状 |
| 3.4 携带双元抗性基因植株的籽粒外观评价 |
| 3.5 26个筛选单株的外观形态聚类分析 |
| 3.6 基因聚合对大粒溪香抗性改良的评价 |
| 3.7 背景回复率与植株外观性状的关系 |
| 3.8 不同回交世代植株表型及基因型的变化规律 |
| 3.8.1 不同回交世代中遗传位点的成分变化 |
| 3.8.2 回交加代对植株产量性状的影响 |
| 3.8.3 回交加代对植株其他性状的影响 |
| 3.9 多重PCR在检测水稻稻瘟病抗病基因Pi1和Pi9 中的方法 |
| 4 结论与讨论 |
| 4.1 本研究获得的大粒溪香改良中间材料 |
| 4.2 广谱抗性基因的聚合是实现水稻稻瘟病持久抗性的有效途径 |
| 4.3 回交育种是改良水稻个别性状的有效方法 |
| 4.4 分子标记辅助选择是提高育种效率的有效手段 |
| 4.5 多重PCR技术应用的前景和存在的问题 |
| 4.6 下一步有待继续开展的工作及研究 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录Ⅰ |
| 附录Ⅱ |
四、SSR标记及在水稻遗传育种中的应用（论文参考文献）
- [1]江苏粳稻品种间多态性KASP标记开发与应用[D]. 崔傲. 扬州大学, 2021(09)
- [2]中国不同稻作区和不同年代水稻种质资源遗传多样性分析[D]. 唐如玉. 重庆师范大学, 2020(05)
- [3]水稻染色体片段代换系Z745的鉴定及产量相关性状QTL定位[D]. 张治海. 贵州大学, 2020(03)
- [4]全基因组分子标记背景选择创建抗褐飞虱水稻新材料[D]. 王红波. 华中农业大学, 2019
- [5]不同来源CMS应用于花椰菜杂种优势的研究[D]. 朱世杨. 福建农林大学, 2019(04)
- [6]栽培番茄遗传多样性分析及醋栗番茄LA2093渐渗系的构建[D]. 周艳朝. 南京农业大学, 2019(08)
- [7]宁夏粳稻种质资源锌、铁含量的关联分析及地方品种籽粒锌含量的QTL定位[D]. 杨治伟. 宁夏大学, 2019(02)
- [8]水稻籽粒γ-氨基丁酸含量QTL位点qGABA8的精细定位及基因候选[D]. 田玲. 宁夏大学, 2019(02)
- [9]水稻精米糊化温度、胶稠度和直链淀粉含量性状有利等位变异的发掘[D]. 王卉. 南京农业大学, 2018(08)
- [10]稻瘟病抗病基因Pi1和Pi9在改良大粒溪香中的应用[D]. 杨润. 贵州大学, 2018(06)