一、转录因子GATA-2基因在淋巴系白血病中的表达特点（论文文献综述）
邱明月[1]（2021）在《EZH2抑制剂DZNep在慢性粒细胞白血病细胞中的作用及其机制研究》文中认为慢性髓系白血病（Chornic Myeloid Leukemia,CML）是一种基因突变或染色体易位导致的造血干细胞分化阻滞、造血功能失调的恶性血液疾病。多项研究表明,在慢性髓系白血病中PRC2（Polycomb Group Protein2,PRC2）蛋白复合体中重要组成亚基组蛋白甲基转移酶EZH2通过调节H3K27me3修饰影响疾病进程。EZH2介导的表观遗传修饰是一种可逆的动态调控过程,虽然目前使用EZH2的特异性小分子抑制剂治疗白血病的临床研究取得了一定的进展,但是,连续用药易产生耐药性,且由细胞非特异性而导致的多种副作用的问题也日益严重。因此,阐明EZH2的具体调控机制是本研究关注的焦点。本研究选用EZH2小分子抑制剂DZNep处理慢性髓系白血病K562细胞系的实验方法探讨EZH2对CML细胞的作用及分子机制。首先通过实时定量PCR与Western Blot检测发现DZNep处理K562后EZH2表达显着降低,全基因组H3K27me3修饰水平也显着下降,而H3K9ac修饰水平显着上升。同时,通过MTS法与流式细胞术实验检测发现,DZNep显着抑制细胞增殖能力、促进细胞凋亡、促进红系分化,但细胞周期未显着变化。为了探索EZH2在红系分化过程中的调控作用,本课题运用Encode数据库中K562与人类CD34+髓系细胞的组蛋白修饰的CHIP-Seq数据进行系统分析。H3K9ac修饰基因显着富集在造血细胞红系分化调控相关通路,而H3K27me3修饰基因未在红系分化通路富集。为了证明EZH2与H3K9ac修饰的相关性,本课题在K562细胞中敲低EZH2基因,结果表明EHZ2下调显着促进了组蛋白乙酰基转移酶P300的上调,因此EZH2下调改变H3K27me3甲基化水平促进P300表达。接下来,在K562中敲低乙酰基转移酶P300,并分析细胞生物学行为。结果发现,敲低P300显着抑制K562细胞的红系分化。为了证明H3K9ac促进红系分化的机制,本课题通过实时定量PCR检测敲低P300后红系分化标记基因TAL1、MED1、TRIM58、GATA1的表达,结果表明敲低P300显着下调了TAL1、MED1、TRIM58、GATA1的mRNA水平。以上结果表明,DZNep通过抑制EZH2介导的H3K27me3修饰,促进乙酰基转移酶P300的表达,从而调节H3K9ac修饰,进而影响GATA1、TAL1、MED1、TRIM58等红系分化相关的重要基因表达。本研究为DZNep治疗CML提供了理论基础,同时发现了组蛋白不同修饰位点的相互调控对红细胞产生中的重要功能,并为深入研究提供新的思路。
亢叶芳[2]（2021）在《CEBPA单等位基因突变正常核型急性髓系白血病患者的临床特征及预后分析》文中指出目的:CEBPA基因突变是正常核型急性髓系白血病（CN-AML）中常见的突变。CEBPA双等位基因突变（CEBPAdm）的AML已经被认为是一个独立的亚型,但对于CEBPA单等位基因突变（CEBPAsm）AML患者的预后仍有争议。本研究旨在探讨初诊的CEBPAsm AML患者的基因突变、临床特征和预后。方法:1.采用第二代高通量测序技术检测初发CN-AML患者的34种基因突变2.初发CEBPA基因突变CN-AML患者的临床特征和预后的分析通过查阅临床检验报告和电子病历来收集患者初诊时的临床实验室诊断指标,以电话随访的方式收集患者的生存信息。结果:1.CEBPAsm组患者的初发时血红蛋白显着低于CEBPAdm组（P=0.049）,CEBPAsm组、CEBPAdm组初发时血小板显着低于CEBPAwt组（CEBPAsm vs.CEBPAwt P<0.001;CEBPAdm vs.CEBPAwt P<0.001）。CEBPAsm组、CEBPAdm组的CD7表达量显着高于CEBPAwt组（CEBPAsm vs.CEBPAwt P<0.007;CEBPAdm vs.CEBPAwt P<0.001）。2.CEBPA基因突变中CEBPAsm的突变率低于CEBPAdm的突变率（P<0.05）。在CEBPA基因突变的患者中,氨基端即N端的突变类型主要是移码突变,而羧基端即C端的突变类型主要集中在框内突变上。CEBPAsm组与CEBPAdm组在突变类型、突变区域的分布上没有统计学差异（P>0.05）。3.CEBPAsm组平均每人伴随2个突变,而CEBPAdm组平均每人伴随1个突变,CEBPAsm组伴随突变的突变率显着多于CEBPAdm组（P=0.023）。CEBPAsm组DNMT3A、PHF6突变率显着高于CEBPAdm组（分别为P=0.002;P=0.029）。4.CEBPAsm组CR率明显低于CEBPAdm组（P<0.050）,而与CEBPAwt组之间差异无统计学意义。CEBPAdm组CR率明显高于CEBPAwt组（P<0.050）。CEBPAsm组与CEBPAdm组、CEBPAwt组在生存率上无统计学差异,但CEBPAdm组的生存率明显高于CEBPAwt组的生存率（P=0.017）。5.CEBPAsm组突变负荷（VAF）<30%组的生存率明显低于VAF≥30%组的生存率（P=0.0138）。CEBPAsm伴随FLT3-ITD突变的患者有更低的生存率（P=0.019）。6.在CEBPAdm AML患者中,骨髓中原始细胞比例高、伴随TET2突变是不良预后的独立危险因素。结论:1.CEBPAsm AML患者具有独特的临床特征,其血红蛋白含量低、血小板计数低,原始细胞CD7的表达量高。2.CEBPAsm的突变率比CEBPAdm低,但更容易伴随其它基因突变。3.CEBPAsm组CR率和ORR率明显低于CEBPAdm组,CEBPAsm组与CEBPAdm组、CEBPAwt组在生存率上无明显差异。而CEBPAdm组的生存率明显高于CEBPAsm组、CEBPAwt组。4.CEBPAsm伴随FLT3-ITD突变的AML患者生存率较低。CEBPAsm VAF≥30%的患者生存率更高。5.伴随TET2基因突变,骨髓中原始细胞比例高可作为CEBPAdm CN-AML患者不良预后的独立危险因素。
郭元成[3]（2021）在《急性髓系白血病预后不良标志物的生物信息学分析及初步验证》文中认为目的:通过生物信息学方法对基因芯片数据库中急性髓系白血病（acute myeloid meukemia,AML）患者组学数据进行分析,获取AML中高表达且与预后不良相关的基因,并通过荧光定量PCR实验,验证其在AML中的表达差异。方法:（1）从基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）选取GSE9476和GSE37642数据集,筛选数据集GSE9476中的表达相关差异基因及GSE37642中与AML预后不良相关的基因,上述结果取交集得到目的基因。（2）利用R软件进行单因素、多因素独立预后分析,并进行年龄及分子学特征相关性分析,探究目的基因表达水平与年龄、基因突变、融合基因的关系。（3）按照目的基因表达水平中位值将样品分为高、低表达两组,分析两组间存在差异表达的基因,对其进行功能富集分析,并选取前20个基因分析它们两两之间的相关性强弱。（4）利用String网站对两组间存在差异表达的基因进行分析,绘制蛋白互作网络图。（5）利用Oncomine和基因表达谱交互分析（gene expression profilling interactive analysis,GEPIA）数据库验证目的基因在AML患者和正常样本中的表达水平差异。（6）应用荧光定量PCR检测目的基因在AML患者与正常人中的表达差异。结果:筛选得到两个目的基因SHLD2和H1-0,均在AML患者中高表达,且与AML预后不良相关,其中SHLD2可作为AML的独立预后不良因素,且伴有RUNX1-RUNX1T1的患者SHLD2表达水平较低;H1-0不能作为独立预后因素,但大于等于60岁或伴RUNX1突变的患者H1-0表达水平较高。荧光定量PCR显示SHLD2表达水平在AML样本中低于正常人样本,H1-0表达水平在AML样本中高于正常人样本,但无统计学意义。结论:运用生物信息学方法对AML芯片数据进行分析,筛选并验证了2个与预后不良相关的高表达基因,分别为SHLD2和H1-0,其中SHLD2可作为AML的独立预后不良因素,可能是AML发生发展的潜在标志物和治疗靶点。
邓丽娟[4]（2021）在《DNMTs的表达及突变在急性髓系白血病中的意义》文中研究指明目的:基于生物信息学分析和临床数据分析,探究DNA甲基化转移酶（DNMTs）基因在急性髓系白血病（AML）中的表达和突变及其与AML生存、预后和生物学行为的关系,挖掘其作为AML预后预测生物标志的潜在价值。方法:1)从GTEx数据库获取正常外周血/骨髓样品的基因表达数据,与TCGA数据库中AML相关基因表达数据整合,利用R软件进行DNMTs表达差异分析。2)在GEPIA数据库中,运用Pearson相关性检验,进行DNMTs表达相关性分析。3)从GEO数据库下载AML相关基因表达数据集文件,在R环境下运用t检验分析DNMTs表达与临床及细胞遗传学特征的关系,运用K-M法和Cox法进行生存分析并利用TCGA-LAML数据和GEO数据集meta分析进行验证,运用Cox回归模型进行独立预后分析,运用t检验进行相关差异基因分析及GO/KEGG富集分析,利用STRING和Cytoscape进行蛋白互作网络分析。4)通过cBioPortal数据库,进行DNMTs突变率和位点分析、突变与生存相关性分析。5)基于TCGA转录组数据及cBioPortal数据库DNMT3A突变数据,利用R软件进行突变相关差异基因分析、突变与表达相关性分析,利用GSEA软件进行KEGG富集分析。6)结合兰州大学第一医院血液科的AML病例,对DNMT3A突变率和位点、共突变基因类型及其功能类别进行描述性分析。结果:1)DNMTs在AML患者外周血/骨髓中的表达显着高于健康人体（P<0.05）。2)DNMTs表达受多种因素影响:DNMT3B在老年患者（>65岁）中显着高表达（P=0.0012）;DNMT1在预后不良组显着高表达（P<0.05）,DNMT3A在预后良好组显着高表达（P<0.05）,DNMT3B在预后不良组（P=1.8e-11）和预后中等组（P<2.22e-16）显着高表达;DNMT1在RUNX1-RUNX1T1阴性和NPM1野生组显着高表达（P<0.05）,DNMT3A在RUNX1-RUNX1T1阳性、CEBPA双突变组及NPM1、IDH1/2和FLT3-ITD野生组显着高表达（P<0.05）,DNMT3B在RUNX1-RUNX1T1阴性组、EVI1表达阳性组、FLT3-TKD野生组及NPM1、FLT3-ITD和IDH2突变组显着高表达（P<0.05）;DNMT3A突变可使其表达水平显着下调（P=8.089e-04）。3)DNMT1表达水平与生存无显着相关性（HR=1.00,95%CI 0.67-1.49,P>0.05）;DNMT3A表达水平与生存显着正相关（HR=0.69,95%CI 0.57-0.84,P<0.05）,但不能作为独立预后因素（P=0.901）;DNMT3B表达水平与生存显着负相关（HR=1.38,95%CI 1.09-1.74,P<0.05）,可作为独立预后因素（P<0.001）。4)AML患者中DNMT1和DNMT3B突变率低（0.5%和1.6%）,对总生存期（OS）和无病生存期（DFS）无显着影响（P>0.05）;DNMT3A突变率高达24%,R882为其突变热点,与OS显着负相关（P=6.660e-3）。5)临床数据分析结果显示,DNMT3A突变率为15.2%,多见于M5型（76.47%）、正常核型（76.47%）和预后中等组（47.06%）AML,NPM1（52.9%）和FLT3（41.2%）为较常见的共突变基因,转录因子相关共突变发生率最高（32.8%）。结论:1)DNMTs在AML患者外周血/骨髓中的表达均显着高于健康人体。2)DNMTs表达受AML患者临床特征、细胞遗传学特征以及DNMTs自身突变情况等多种因素影响。3)DNMT1表达水平与AML患者生存无显着相关性;DNMT3A表达水平与AML患者生存显着正相关,但不能作为独立的预后因素;DNMT3B表达水平与AML患者生存显着负相关,且可作为独立的预后因素。4)DNMT1和DNMT3B突变率低,与生存无显着相关性;DNMT3A突变率高,与生存显着负相关,R882为其突变热点,临床资料显示NPM1和FLT3共突变较常见,转录因子相关共突变发生率最高。
冯砚平[5]（2021）在《FLT3突变急性髓系白血病（非M3型）临床特点及其伴随突变对预后的影响》文中研究表明背景急性髓系白血病（AML）是一种基因异质性疾病,不同的遗传和分子机制改变致使患者在临床特征、发病机制、治疗效果及预后存在差异。FMS样酪氨酸激酶3（FLT3）突变是AML中最常见的基因异常之一,可在25%-30%的新发AML患者中被检出。以往研究表明,FLT3突变与AML患者的不良预后相关,对选择治疗方案及评估预后具有指导价值。但是,FLT3突变阳性AML患者群体的预后并不完全一致,因为这些患者往往同时存在其他基因异常,伴随的异常基因也在疾病特征中扮演重要角色。因此,我们有必要更加深入地研究FLT3突变阳性AML患者的临床特征,及其共存基因突变对疾病治疗效果及预后的影响,为临床精准地治疗提供依据。目的检测初诊AML患者的基因突变和基因融合情况,分析FLT3突变阳性患者的临床特点、伴随突变基因分布及其不同伴随突变对治疗效果和预后的影响,以期为临床制定更为精细的风险分层系统。方法1.研究对象:2017年8月至2020年3月中山市人民医院收治的109例初诊AML患者,所有患者参考WHO（2016）造血和淋巴组织肿瘤分类标准和《成人急性髓系白血病（非急性早幼粒细胞白血病）中国诊疗指南（2017年版）》明确诊断,其中FLT3突变阳性患者34人,FLT3突变阴性患者75人。2.研究方法:收集入组AML患者的病历资料,骨髓穿刺法采集AML患者的骨髓标本,使用一代测序检测AML常见的30项基因,使用实时定量RT-PCR的方法检测25项融合基因,应用24h培养法和R显带技术分析分裂中期细胞的方法进行染色体核型分析。对比FLT3突变阳性和突变阴性患者的临床特点,观察FLT3突变阳性AML患者的伴随突变基因分布,并根据不同伴随突变的种类,将患者分成突变阳性组和突变阴性组,分析不同伴随突变对治疗效果及疾病预后的影响。3.统计分析:应用SPSS 20.0统计软件对数据进行处理,符合正态分布的计量资料采用t检验,不符合正态分布的计量资料采用秩和检验;计数资料采用卡方检验或Fisher精确概率法进行分析;生存分析使用Kaplan-Meier法。P<0.05,表示差异有统计学意义。结果1.FLT3突变阳性患者的临床特征:1.1临床表现:与FLT3突变阴性患者相比,FLT3突变阳性患者的年龄明显偏大（55岁vs 46岁,P<0.05）,白细胞数量与血小板数量明显增高（34.47×109/L vs 11.48×109/L,60×109/L vs 41×109/L,P<0.05）。1.2遗传学特点:32.4%的FLT3突变阳性患者伴有染色体核型异常,但与FLT3突变阴性患者差别不大;只有11.8%的FLT3突变阳性患者检测出融合基因阳性,阳性率明显低于FLT3突变阴性患者（38.7%）。与FLT3突变阴性患者相比,FLT3突变阳性患者较易同时伴有NPM1突变及DNMT3A突变（44.1%vs 8%,41.2%vs 14.7%,P<0.05）。1.3治疗效果与预后:FLT3突变阳性组的一疗程完全缓解（CR）率与两疗程CR率均明显低于FLT3突变阴性患者（44.1%vs 66.7%,58.8%vs 77.3%,P<0.05）,一年总生存（OS）率略低于FLT3突变阴性患者（66.7%vs 83.6%,P>0.05）。2.FLT3突变阳性AML患者伴随突变基因的分布情况:88.2%（30/34）的FLT3突变患者同时伴有其他类型的基因突变,其中检出阳性率最高的是NPM1突变,占44.1%（15/34）,其次是DNMT3A突变,占41.2（14/34）。3.NPM1基因对FLT3突变AML患者治疗效果及预后的影响:44.1%的FLT3突变患者同时合并NPM1突变。FLT3+/NPM1+组的一疗程CR率与FLT3突变阴性组差别不大,但明显高于FLT3+/NPM1-组患者（73.3%vs 21.1%,P<0.05）;FLT3+/NPM1+组的两疗程CR率也同样明显高于FLT3+/NPM1-组（80%vs 42.1%,P<0.05）。与FLT3+/NPM1-组和FLT3阴性组患者相比,FLT3+/NPM1+组患者的一年OS率相似,但生存时间明显延长（P<0.05）。4.DNMT3A基因对FLT3突变AML患者治疗效果及预后的影响:41.2%的FLT3突变阳性患者同时存在DNMT3A基因突变,FLT3+/DNMT3A+组、FLT3+/DNMT3A-组及FLT3突变阴性组这三组患者的一疗程CR率及两疗程CR率均无明显差异（P>0.05）。两疗程化疗结束后进行随访发现,与FLT3+/DNMT3A-组和FLT3突变阴性组患者相比,FLT3+/DNMT3A+组患者的一年OS率明显下降（P<0.05）,总体生存时间明显缩短（P<0.05）。结论伴有FLT3突变的AML患者常同时存在其他类型的基因共突变,其中以NPM1和DNMT3A突变最为多见。不同的伴随突变会对患者预后产生一定的影响,应根据不同的伴随突变对FLT3突变阳性AML患者进行更加精细的风险分层。
吴婉儿[6]（2020）在《基于深度测序及组学研究分析慢性髓系白血病对酪氨酸激酶抑制剂耐药机制研究》文中进行了进一步梳理背景和目的酪氨酸激酶抑制剂（tyrosine kinase inhibitor,TKI）的广泛应用显着地改善了慢性髓系白血病（chronic myeloid leukemia,CML）患者的缓解率及长期生存。但仍有小部分患者由于药物不耐受和（或）耐药而出现病情进展和难治复发,这也是目前CML临床治疗中的难点和研究热点。而目前患者对TKI产生耐药的机制主要分为BCR-ABL1依赖性和非BCR-ABL1依赖性两种。BCR-ABL1依赖性主要是由于激酶区突变和BCR-ABL1基因扩增,而非BCR-ABL1依赖性的耐药机制就比较复杂。新进研究发现CML耐药患者白血病细胞中存在能量代谢紊乱,糖酵解亢进,且伊马替尼（Imatinib,IM）治疗可一定程度使敏感细胞内能量代谢正常化,而在耐IM的CML细胞中始终维持着高糖酵解代谢状态。探讨CML白血病细胞对IM产生非BCR-ABL1依赖性耐药机制的能量代谢特点以及能量代谢在耐药机制中的作用。以及对TKI耐药和（或）不耐受的CML患者肿瘤相关基因突变进行检测分析。研究方法使用深度测序及液相色谱联用质谱技术（LC-M S）对比不携带BCR-A B L1激酶区突变的对IM耐药CML细胞株K562-R与伊马替尼敏感CML细胞株K562-S间的进行多组学联合分析,剖析细胞内的能量代谢状态,找出关键的调节靶点基因,进行细胞学实验验证,并研究其导致IM耐药的机制。以及基于二代测序技术对TKI耐药和（或）不耐受的CML患者肿瘤相关基因突变进行研究。研究结果首先,发现在K562-R中糖酵解/糖异生途径异常亢进,且其中的6-磷酸果糖激酶-2（PFK-2）与丙酮酸激酶（PK）其中的一种同工酶PKM表达上调,使用C RISPR/Cas9技术建立稳定低表达PKM2的细胞株,发现耐药细胞K562-R在低表达PKM2蛋白后对IM的敏感性得到恢复,证实PKM2的高表达与IM耐药息息相关。此外,在K562-R中谷胱甘肽分解代谢旺盛,且细胞内还原当量NADPH的来源比例发生改变,胞内磷酸戊糖途径代谢减弱,更多的NADPH来源于异柠檬酸转化成α-酮戊二酸过程。在对TKI耐药和（或）不耐受的CML患者基因研究中发现,在耐药患者体内ABL1 KD突变起了主导影响,而CUX1、KIT与GATA2突变则在TKIs不耐受中起着重要作用,其中转录因子基因在TKIs不耐受患者的体内突变数量明显多于TKIs耐药组,提示了转录子基因在TKIs不耐受性中扮演着重要角色。ASXL1与TET2突变与CML患者疾病进展有密切联系,虽然它们均是ARCH突变,但所导致的患者预后不佳的效应是不容忽视的。结论在对IM耐药的细胞中能量代谢紊乱更严重且不能被IM纠正和改善,而PKM2在IM耐药性的产生中起了重要作用。基因组风险评估可改进临床诊断风险分层,在TKIs治疗时代能够更准确地早期识别对TKIs耐药或不耐受的病人。
李祖俐[7]（2020）在《高、低转移肝癌细胞系外显子测序及进化分析》文中研究说明目的:肝癌是全球第六常见的癌症,也是排名第四的癌症死亡原因。中国肝癌每年新发病例和死亡病例占全球50%以上,大多数肝癌初次诊断时已经伴随远处转移。由于肝癌异质性的存在,肝癌在化疗、靶向治疗、免疫治疗等治疗容易产生耐药,探究肝癌异质性显得格外重要。方法:对来自同一患者具有不同转移潜能的肝癌细胞系（MHCC97-L、MHCC97-H、HCC97LM3）进行了全外显子测序。在Oncotator中注释了测序数据,并找到非沉默类型突变基因。为了探究三株细胞进化关系,用Mega X软件构建了基于基因组单核苷酸多态性（SNP）的进化树。根据三株细胞突变位点和基因绘制维恩图并计算了异质性。在Excel中统计三株细胞的碱基改变情况、已知肝癌驱动基因和10个经典致癌信号通路上的基因突变情况。为了进一步探究三株细胞的不同,通过分析突变位点找到三株细胞的主干差异突变基因和各自特有的基因,利用STRING构建了蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络找到hub突变基因,在c Bio Portal数据库中查询hub基因的突变与肝癌总生存期（OS）的关系。由于基因突变会影响基因表达,在ULCAN数据库探究了关键基因在肝癌中的表达及其对肝癌病人预后影响。挑选感兴趣的突变基因,根据突变位点设计引物后用PCR进行验证。结果:三株细胞的突变基因维恩图显示,三株细胞共有4691个突变基因,MHCC97-L特有突变基因243个,MHCC97-H特有突变基因315个,HCC97LM3特有突变基因289个。三株细胞的平均异质性突变率（三株细胞非共有的突变数占的百分比）为16.55%（范围15.38%～18.17%）。基于SNP的进化树显示,MHCC97-H和HCC97LM3在进化关系更近。三株细胞株在7个肝癌驱动基因（ARID1A、CDKN1A、P53、KEAP1、APOB、XPO1、HIST1H1E）和10个经典致癌信号通路基因（如ALK、RET、EGFR、ROS1、KRAS、HRAS、APC等）中存在非沉默突变。在c Bio Portal数据库中,部分从主干差异突变和特有突变中筛选的hub基因突变（SDC1、ITGB4、ITGA4、BPTF、COL4A1、MYOD1、AR、EFTUD2）与肝癌患者更短生存期相关。在ULCAN数据库中,部分关键基因（CDC27、RELA、EIF4E、POXO3、EZH2、POLR2G、WDTC1、DLG、EPRS、EFTUD2）不仅在肝癌组织中高表达,还与肝癌病人更短生存期相关。在MHCC97-H和HCC97LM3细胞中发现了肝癌驱动基因KEAP1的一个新的纯合移码缺失突变（1334del C,p.P445fs）,这导致了KEAP1蛋白的c末端（Nrf2结合区）缺失。结论:WES数据表明,来自同一患者的肿瘤活检标本的HCC细胞系通过在小鼠体内的重复选择获得了不同的转移潜能,它们在基因组水平上具有遗传关系。肝癌驱动基因中和经典致癌通路上的突变基因,以及从主干突变和特有突变中筛选出来的hub基因,在肝癌的发生发展中可能发挥着重要的作用。
许小宇[8]（2020）在《FUS-ERG融合基因阳性AML的分子特征和发病机制研究》文中提出一、FUS-ERG融合基因阳性AML的临床特征目的:回顾性分析苏州大学附属第一医院血液科诊断和治疗的7173例AML患者,根据细胞遗传学和融合基因检测的不同结果,分析不同融合基因阳性AML患者的临床特征、细胞遗传学特点以及生存预后的差别。方法:1.完善苏州大学附属第一医院血液科诊断和治疗的AML患者基本信息的采集,系统性分析全部AML患者临床及细胞遗传学特征。2.根据融合基因和细胞遗传学的检测结果,比较不同融合基因亚型AML患者的临床特点及差异。3.详细分析FUS-ERG融合基因阳性AML患者的临床、实验室分子以及预后生存特点。结果:1.7173例AML患者的细胞遗传学特点:正常核型患者3025人,占42.1%;染色体核型未检测或者检测结果丢失的患者占6.5%（463/7173）;2.4%（172/7173）的患者染色体核型分析结果显示未见细胞分裂相;49%（3156/7173）的患者染色体核型存在异常,其中 t（15;17）,t（8;21）,inv（16）,t（9;22）分别占 12.3%（884）,11.2%（809）,1.8%（129）,1.4%（103）。2.从2006年起对初诊AML患者进行融合基因检测,共有3984例患者纳入本研究,结果提示融合基因阴性的患者2492例,占62.6%,AML1-ETO,PML-RARa,CBFb-MYH11,BCR-ABL,MLL 重排分别占 12.6%（500）,13.2%（527）,5.0%（198）,1.8%（71）,3.8%（152）。其他少见类型的融合基因有 DEK-NUP214（17）,FUS-ERG（10）,NPM-MLF1（3）和AML1-MTG16（2）。我们对不同融合基因阳性AML患者的临床特征进行分析,发现FUS-ERG融合基因阳性AML患者的发病年龄相对较小,中位发病年龄为24.5岁（8-52岁）,与其他融合基因组年龄的差异存在统计学意义（p<0.001）,但是检测到的FUS-ERG融合基因阳性的病例数仅为10人,样本数少统计结果可能存在偏差。3.搜集到FUS-ERG融合基因阳性的患者共38例,其中34例为AML患者,占全部AML患者的0.47%（34/7173）,3例为急性淋巴细胞白血病（Acute Lymphoblastic Leukemia,ALL）以及 1 例急性混合细胞白血病（Mixed-Phenotype Acute Leukemia,MPAL）。对AML患者进行了随访调查,发现FUS-ERG融合基因阳性AML患者的早期死亡（6月内死亡）患者达到17.6%（6/34）,一疗程诱导缓解率（complete response,CR）为64.7%（22/34）;AML患者中有17例患者进行了造血干细胞移植治疗,发现造血干细胞移植组患者与单纯化疗组患者的总生存率和无事件生存率的存在统计学差异（p=0.0075,p=0.021）,移植组患者的预后相对较好;但是移植患者移植后的复发率达到41.2%（7/17）,复发患者的治疗效果极差。结论:1.苏州大学附属第一医院血液科AML患者的临床特征和细胞遗传学特点与国际上的报道相类似,染色体核型正常的患者约占42.1%;49%的AML患者染色体核型存在异常,其中 t（8;21）,t（15;17）,inv（16）,t（9;22）分别占 11.2%,12.3%,1.8%,1.4%。2.进行融合基因检测的3984例AML患者,结果提示融合基因阴性的患者占62.6%,AML1-ETO,PML-RARa,CBFb-MYH11,BCR-ABL,MLL 重排阳性分别占12.6%,13.2%,5.0%,1.8%,3.8%;其他少见类型如FUS-ERG融合基因阳性AML患者的发病年龄较小,中位发病年龄24.5岁（8-52岁）,与其他融合基因阳性AML患者中位年龄的差异存在统计学意义（p<0.001）。3.0.47%的AML患者可检测到FUS-ERG融合基因,但是FUS-ERG融合基因阳性的患者一共38例,其中34例AML,1例MPAL和3例ALL。在AML患者中,患者早期死亡患者达到17.6%;17患者进行造血干细胞移植治疗,移植患者的复发率达到41.2%（7/17）,此类患者的生存预后极差。二、FUS-ERG融合基因阳性患者的分子特征目的:通过全外显子测序技术（Whole exon sequencing technology,WES）,全转录组测序（Whole transcriptome sequencing technology,RNA-sequencing）及二代测序技术（next generation sequencing technology,NGS）揭示 FUS-ERG 融合基因阳性 AML 患者的分子生物学特征,并初步探讨其可能的致病机制。方法:1.回顾性分析苏州大学附属第一医院血液科诊断的AML患者的细胞遗传学和分子生物学数据,筛选FUS-ERG融合基因阳性AML患者为研究对象,搜集FUS-ERG融合基因阳性AML患者的DNA或者RNA标本。2.通过WES对10例初诊FUS-ERG融合基因阳性AML患者的DNA标本进行基因突变检测,寻找共同伴随基因突变特征。3.通过RNA-sequencing对10例初诊FUS-ERG融合基因阳性AML患者的RNA标本进行基因表达和融合基因的检测,分析FUS基因和ERG基因断裂融合方式,以正常核型和其他类型AML患者作为对照,分析FUS-ERG融合基因阳性AML患者的基因表达特征及与其他类型AML患者的基因表达差异,寻找FUS-ERG融合基因可能的致病机制。4.采用包含51个血液肿瘤相关基因的靶向NGS,对13例初诊FUS-ERG融合基因阳性AML患者的DNA标本进行基因突变检测,进一步揭示其基因突变特征。结果:1.搜集到10例FUS-ERG融合基因阳性AML患者的初诊骨髓细胞DNA标本进行全外显子测序,分析测序结果显示:出现6次以上的重现性突变基因有RPL14、MUC4、LNP1、CAMKK2、FADS6、NBPF14,未检测到常见的 AML 基因突变。2.搜集到10例FUS-ERG融合基因阳性AML患者的初诊骨髓细胞RNA标本进行RNA-sequencing检测,分析这组病人和正常核型急性髓系白血病患者基因表达差异,FUS-ERG融合基因阳性AML患者显着上调的通路有肿瘤信号转导通路、PI3K-Akt信号转导通路以及Rap1超RAS信号转导通路;通过和其他类型的AML患者的基因表达的GSEA分析,发现两者存在差异信号通路是主要是代谢相关通路:包括抗环血酸和醛酸代谢通路,半胱氨酸和蛋氨酸代谢通路以及组氨酸代谢通路。3.搜集到13例FUS-ERG融合基因阳性AML患者的初诊骨髓细胞DNA标本进行靶向NGS测序,一共检测到20个基因突变,其中PTPN11激活性突变出现次数最多,频率为30.8%（4/13）,其次是WT1突变,推测PTPN11突变可能对疾病的发生进展起到重要的作用。结论:通过和其他类型的急性髓系白血病患者的基因表达的GSEA分析,发现两者存在差异的通路主要是代谢相关通路:包括抗环血酸和醛酸代谢通路,半胱氨酸和蛋氨酸代谢通路以及组氨酸代谢通路。血液肿瘤相关基因的二代靶基因深度测序共检测到20个基因突变,其中PTPN11激活性突变出现次数最多（4/13）,推测PTPN11激活性突变可能对疾病的进展起重要作用。三、FUS-ERG融合基因的致白血病机制研究目的:应用体外和体内实验模型,阐述FUS-ERG融合基因的致白血病机制。方法:1.构建FUS-ERG融合基因过表达慢病毒质粒载体,三质粒系统包装慢病毒,分别在HL-60以及32D细胞株中稳定过表达,探究FUS-ERG融合基因在体外细胞株中对细胞增殖、凋亡以及分化的作用。2.构建逆转录病毒表达载体,转染人脐血CD34阳性的细胞,流式分选CD34+GFP+细胞,进行原代细胞克隆形成和液体培养髓系诱导分化实验,观察克隆数目和类别的差异,以及其对原代细胞分化能力的影响。3.构建慢病毒过表达载体,将PTPN11-WT、PTPN11-D61V、PTPN11-E76K突变体分别在32D-Venus与32D-FUS-ERG细胞中过表达,研究PTPN11-WT及突变体对细胞增殖和分化能力的作用。4.构建慢病毒过表达载体,转染Balb/c小鼠骨髓CD117阳性细胞,胫骨原位移植到同种Balb/c小鼠骨髓内,观察移植后小鼠的发病情况。5.构建Vav-1为启动子的FUS-ERG融合基因敲入小鼠模型,观察小鼠的发病情况。结果:1.成功构建FUS-ERG融合基因慢病毒表达载体,感染人白血病细胞株,研究结果显示FUS-ERG融合基因可导致HL-60细胞增殖增多和凋亡减少,亦可以引起32D细胞分化阻滞。2.成功分选脐血中CD34阳性细胞,感染逆转录病毒,研究结果显示FUS-ERG融合基因可引起脐血细胞克隆形成能力增加,多潜能集落形成单位比例增加,髓系成熟分化阻滞,流式细胞学检测细胞阻滞在干祖细胞及早幼粒细胞阶段。3.在体外,FUS-ERG融合基因可协同PTPN11激活性突变,引起PI3K-AKT信号通路激活,导致32D细胞增殖能力显着增加以及髓系成熟分化阻滞,促使下游基因HIF-1a、IKKa、Casp9 基因的下调。4.在小鼠骨髓移植模型体内实验中,检测移植后小鼠的生存情况,结果显示FUS-ERG融合基因移植小鼠全部死亡,载体对照组小鼠仅死亡一只,两组小鼠总生存率存在显着的统计学差异（p=0.075）。小鼠进行流式细胞学以及病理切片HE染色观察,结果显示单独FUS-ERG融合基因可导致移植小鼠发病,但是小鼠疾病的发生骨髓原始细胞增多,同时表达CD3和/或ter1 19的阳性细胞,发病形式不统一,此和临床上FUS-ERG融合基因的疾病发生类型相似。结论:1.FUS-ERG融合基因可导致HL-60细胞增殖能力增加,细胞凋亡减少;亦可以引起32D细胞髓系成熟分化阻滞。2.FUS-ERG融合基因引起脐血细胞克隆形成能力增加,髓系成熟分化阻滞,分化阻滞在干祖细胞及早幼粒细胞阶段。3.FUS-ERG融合基因协同PTPN11突变,引起PI3K-AKT信号通路激活,导致32D细胞增殖能力增加和髓系分化阻滞,下游HIF-1a、IKKa、Casp9基因下调。4.单独FUS-ERG融合基因可导致移植小鼠发病,但是小鼠疾病的发生类型多样,此结果和临床上FUS-ERG融合基因的发生白血病的类型相似。
卢俊[9]（2020）在《地西他滨治疗儿童R/R-AML和MDS的疗效观察及DUSP16在儿童AML中的机制研究》文中研究指明一、地西他滨治疗儿童R/R-AML和MDS的疗效观察目的:儿童难治/复发急性髓细胞白血病（refractory/relapsed acute myeloid leukemia,R/R-AML）和骨髓增生异常综合征（myelodysplasticsyndromes,MDS）是国际治疗难题,治疗后完全缓解率低,且目前关于儿童髓系肿瘤的靶向治疗研究较少。目前关于地西他滨在儿童R/R-AML和MDS治疗中的报道较少,本研究将评估地西他滨联合低剂量化疗在儿童R/R-AML和MDS治疗中的治疗效果,为R/R-AML和MDS治疗提供参考。方法:回顾性分析以地西他滨联合低剂量化疗作为诱导缓解治疗方案的21例R/R-AML和MDS患儿的临床资料,评估该方案的治疗反应率、治疗相关毒副作用。不良反应分级根据美国国立肿瘤研究所常见毒性标准（Version4.0）进行判定。结果:21例患儿,包括MDS 3例,MDS转化为AML 4例,AML 14例（6例为2个标准诱导缓解治疗没有达到完全缓解,8例为AML复发）。诱导治疗一疗程后,15例获得缓解（CR/Cri）,4例部分缓解（PR）,2例未缓解（NR）,总有效率（ORR）为90.47%。常见不良反应为全血细胞减少及感染,未见脏器不可逆性损伤。结论:地西他滨联合低剂量化疗治疗儿童R/R-AML和MDS疗效显着,且不良反应较小,具有临床推广价值。二、异常甲基化基因DUSP16在儿童急性髓细胞白血病中的作用机制研究目的:基因甲基化修饰在儿童急性髓细胞白血病（Acute myeloid leukemia,AML）的发生和发展中起重要作用。基因启动子CpG岛异常甲基化是抑癌基因失活的重要方式之一,双特异性蛋白磷酸酶16（dual specificity phosphatases,DUSP16）是在儿童AML大样本中成功筛选出的异常甲基化基因,且DUSP16基因在AML患儿中的作用尚未被阐明,因此,本研究将探索DUSP16基因启动子异常甲基化在儿童AML中发挥的作用及机制,为儿童AML的诊断和治疗奠定新的基础。方法:本研究采用自主设计的“三步法”策略,在儿童AML样本和对照组中筛选异常甲基化基因。使用细胞增殖、凋亡、细胞周期实验和动物实验评估DUSP16基因的功能。通过CpG岛预测软件methprimer分析DUSP16基因启动子区域的CpG岛分布情况;运用MSP（methlation specific PCR）和RT-PCR技术检测白血病细胞株和对照样本中DUSP16启动子区域的甲基化状态及其表达水平,共同分析DUSP16基因在AML细胞株中的异常甲基化情况。MSP和RT-PCR实验评估儿童AML和对照组骨髓细胞中DUSP16启动子区域的甲基化状态及其表达水平;RT-PCR检测经去甲基化药物地西他滨处理后儿童AML原代细胞中DUSP16的表达水平,并检测地西他滨处理后儿童AML原代细胞的增殖能力;对DUSP16基因在儿童AML中异常甲基化及其临床意义进行分析。聚类分析凋亡PCR芯片检测DUSP16过表达可能影响的凋亡相关基因,并进行IPA（Ingenuity Pathway Analysis）分析,寻找重要信号调节通路。构建GST-DUSP16融合蛋白表达载体,并运用免疫共沉淀技术检测DUSP16蛋白与组蛋白H3之间的相互作用;Western-blot检测组蛋白H3磷酸化位点的磷酸化水平。结果:“三步法”策略成功筛选出儿童AML中异常甲基化基因DUSP16。DUSP16功能实验结果显示DUSP16可以抑制MV4-11细胞的增殖;促进MV4-11细胞的凋亡;将MV4-11细胞的细胞周期阻滞于G1期;并能抑制小鼠的肿瘤负荷,延长小鼠生存期。CpG岛预测结果显示,DUSP16基因启动子区域存在2个明显的CpG岛;多株AML细胞株中DUSP16启动子呈现高甲基化状态,且DUSP16的表达量很低。儿童AML细胞中DUSP16启动子呈现高甲基化的频率明显高于对照组;定量PCR分析显示DUSP16在儿童AML中表达明显低于对照组;高度甲基化的AML样本中DUSP16表达量低于低甲基化的样本;RT-PCR检测显示6例儿童AML原代细胞经地西他滨处理后3例儿童AML原代细胞中DUSP16基因明显上调,且3例DUSP16明显上调的儿童AML原代细胞的增殖能力明显下降;分析儿童AML总生存时间显示,AML患儿DUSP16启动子高甲基化者,其生存时间明显短于非甲基化患儿组。聚类分析结果显示DUSP16上调后有34个基因明显上调,28个基因明显下调;IPA分析显示DUSP16基因对凋亡一系列相关基因的调节极有可能通过ERK、JUN（JNK）信号通路发挥作用。使用针对组蛋白H3和磷酸化组蛋白H3（针对Ser10磷酸化）的抗体均可以将DUSP16蛋白共同沉淀;Western-blot实验显示,DUSP16基因上调表达后细胞内磷酸化的组蛋白H3（Ser10磷酸化）明显降低,而对MAPKs（ERK1/2、JNK、p38）的去磷酸化作用不明显。结论:DUSP16基因是一个AML相关的肿瘤抑制基因,在儿童AML样本中呈高甲基化状态,影响AML患儿的生存时间;地西他滨能明显上调AML细胞中DUSP16基因表达和抑制DUSP16高甲基化AML细胞的增殖能力;DUSP16基因可能是通过对组蛋白H3的去磷酸化修饰作用来发挥功能。
郑琳[10]（2020）在《CEBPA基因双突变急性髓系白血病患者的临床特征及预后因素分析》文中进行了进一步梳理目的:急性髓系白血病（acute myeloid leukemia,AML）是一种恶性造血细胞增殖性疾病,其标志是骨髓中髓系前体细胞的积累。随着测序工作的进展,AML预后分子生物学标志物在治疗决策中变得越来越重要。CEBPA基因双突变AML是WHO诊断的一种独立亚型,虽然其为预后良好组,但仍有40%左右的CEBPA双突变患者发生复发,提示这是一组异质性高的疾病,对影响CEBPA双突变患者的预后因素仍值得进一步探究。为进一步明确AML伴CEBPA基因双突变患者的临床特征及预后危险因素,本研究对我中心101例初诊AML伴CEBPA基因双突变患者进行回顾分析,探究CEBPA基因双突变阳性AML患者的临床特征及预后影响因素。方法:回顾分析吉林大学白求恩第一医院肿瘤中心血液科2012年12月1日至2018年12月31日初诊AML伴CEBPA基因双突变（除外APL）患者101例。取AML患者骨髓液,进行形态学分析,同时留取骨髓液进行免疫学、细胞遗传学分析、二代测序方法检测患者基因突变状态及AML相关的基因突变筛查。收集患者的年龄、性别、免疫分型,初诊时的外周血白细胞数、血红蛋白数、血小板数、骨髓原始细胞比例、融合基因、染色体核型、基因突变、诱导化疗方案、随访数据等临床资料。将经过2疗程大剂量阿糖胞苷巩固化疗的患者纳入生存分析,对CEBPA基因突变的临床特征和预后影响因素进行分析。结果:共纳入AML伴CEBPA双突变患者共101例,其中男性53例,女性48例,年龄范围9-79岁,中位年龄43岁。按FAB分型主要为M2（54.46%,55/101）。细胞遗传学分析,正常核型比例92.3%（72/78）,检测出核型异常的6例患者均属于预后中等组。共检测到38个共突变基因,共突变率85.15%（86/101）,发生共突变基因频率最多的依次为WT1（23.76%）,GATA2（20.79%）,CSF3R（19.80%）,NRAS（16.83%）,FLT3-ITD（9.90%）,TET2（9.90%）,EZH2（7.92%）,DNMT3A（6.93%）,RAD21（5.94%）及KIT（4.95%）;从合并共突变基因的个数来看,最常见的是合并1个共突变（35.64%,36/101）,依次为2个共突变（20.79%,21/101）和合并3个共突变（16.83%,17/101）;从功能学角度,最常见的共突变基因功能类型为酪氨酸激酶信号通路相关突变（50.5%）,依次为甲基化相关基因突变（39.6%）,抑癌基因（24.75%）,转录因子相关突变（23.76%）。另外也可见到染色质修饰基因（9.9%）、黏连蛋白复合物（6.93%）、剪接体复合物基因（2.97%）等基因共突变。本组双突变患者进行近期疗效分析,共有82例患者可分析CR率,第1疗程CR率为80.49%（66/82）,1-2疗程CR率为95.12%（78/82）,将CEBPA双突变患者合并常见共突变的1疗程CR率进行分析,结果提示合并GATA2的双突变患者1疗程CR率为55.56%,明显较GATA2野生型患者减低,结果有统计学意义（P=0.003）。从共突变基因数量上来看,合并3个及以上共突变基因的患者1疗程CR率明显减低（P=0.001）。72例患者完成至少两个疗程的高剂量阿糖胞苷强化治疗后进入长期随访,随访时间从3个月到78个月不等,中位数随访时间18.5个月。7例患者接受了造血干细胞移植。本研究分析了66例具有完整序列MRD信息的患者。本组患者中位OS 53.2个月,1年、3年和5年的OS率分别为96.7%、67.8%和50.8%。中位RFS 44.0个月,1年、3年和5年的RFS分别为92.0%、62.5%和42.6%。年龄、性别、初诊时外周白细胞、血红蛋白、血小板、骨髓原始细胞数对患者的预后均无影响。对本组CEBPA双突变阳性AML患者合并的常见共突变进行预后分析,结果提示伴3个及以上共突变的患者OS和RFS均明显减低。合并CSF3R基因突变突变的患者有更低的OS及RFS。合并WT1、NRAS基因突变的患者RFS明显减低。以MRD水平作为监测指标对CEBPA双突变AML患者预后进行分析,2疗程MRD阴性患者的OS和RFS明显优于MRD阳性患者。将以上对预后产生影响的因素纳入COX多因素分析,结果提示影响RFS的独立预后因素是:伴共突变的个数,合并WT1、NRAS共突变。结论:1.CEBPA基因双突变多发生于FAB分型M2型,主要见于染色体正常核型,少数异常核型亦为细胞遗传学预后中等组。2.共检测到38种共突变基因,共突变率85.15%。最多伴随基因突变的功能类型为酪氨酸激酶信号通路相关基因,伴随基因发生率最高的是WT1突变。3.合并GATA2的双突变患者1疗程CR率明显较GATA2野生型患者减低。合并3个及以上共突变基因的患者1疗程CR率明显减低。4.伴3个及以上共突变的患者OS和RFS均明显减低。合并CSF3R基因突变突变的患者有更低的OS及RFS。合并WT1、NRAS基因突变的患者RFS明显减低。5.2疗程MRD阴性患者的OS和RFS明显优于MRD阳性患者。
二、转录因子GATA-2基因在淋巴系白血病中的表达特点（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、转录因子GATA-2基因在淋巴系白血病中的表达特点（论文提纲范文）
（1）EZH2抑制剂DZNep在慢性粒细胞白血病细胞中的作用及其机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略说明 |
| 第一章 表观遗传学在慢性髓系粒细胞白血病中的研究进展 |
| 1 白血病的研究进展 |
| 1.1 慢性髓系白血病概述 |
| 1.2 造血干细胞与白血病的起源 |
| 2 表观遗传学在慢性髓系白血病中的研究进展 |
| 2.1 表观遗传治疗CML前景 |
| 2.2 组蛋白甲基化在慢性髓系白血病中的研究 |
| 2.3 组蛋白甲基化在CML临床中研究进展 |
| 2.4 组蛋白乙酰化在慢性髓系白血病中的研究 |
| 3 慢性髓系白血病红系分化概述 |
| 3.1 红系分化对CML的治疗意义 |
| 3.2 红系分化中的表观遗传调控 |
| 3.3 红系分化在慢性髓系白血病的展望 |
| 4 表观遗传抑制剂在慢性髓系白血病中研究进展 |
| 4.1 慢性髓系白血病的治疗现状 |
| 4.2 EZH2抑制剂在慢性髓系白血病中的研究 |
| 4.3 EZH2抑制剂在慢性髓系白血病中存在的问题 |
| 第二章 EZH2抑制剂DZNep在慢性粒细胞白血病细胞中的作用及其机制研究 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 动物细胞 |
| 2.1.2 试剂与耗材 |
| 2.1.3 仪器和设备 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 细胞培养 |
| 2.2.1.1 细胞复苏 |
| 2.2.1.2 细胞传代 |
| 2.2.1.3 细胞冻存 |
| 2.2.2 RNA提取与反转录 |
| 2.2.2.1 细胞计数与铺板 |
| 2.2.2.2 RNA总提 |
| 2.2.2.3 反转录反应 |
| 2.2.3 RNA表达情况检测 |
| 2.2.3.1 验证RT-qPCR引物特异性 |
| 2.2.3.2 RT-qPCR反应 |
| 2.2.4 蛋白表达检测 |
| 2.2.4.1 蛋白质总提 |
| 2.2.4.2 蛋白质浓度测定 |
| 2.2.4.3 Western Blot |
| 2.2.5 敲低载体构建 |
| 2.2.5.1 shRNA序列 |
| 2.2.5.2 构建shRNA载体 |
| 2.2.6 细胞转染 |
| 2.2.7 细胞功能检测 |
| 2.2.7.1 细胞增殖 |
| 2.2.7.2 细胞凋亡 |
| 2.2.7.3 细胞周期 |
| 2.2.7.4 细胞分化 |
| 3 结果 |
| 3.1 DZNep影响慢性髓系白血病K562细胞的多种细胞生物学行为 |
| 3.1.1 DZNep抑制EZH2蛋白表达 |
| 3.1.2 DZNep抑制K562细胞的增殖 |
| 3.1.3 DZNep促进K562细胞的凋亡 |
| 3.1.4 DZNep对K562细胞的细胞周期无显着影响 |
| 3.1.5 DZNep促进K562细胞的红系分化 |
| 3.1.6 DZNep抑制H3K27me3而促进H3K9ac修饰 |
| 3.2 敲低EZH2基因影响K562细胞多种生物学功能 |
| 3.2.1 构建shEZH2敲低载体 |
| 3.2.2 敲低EZH2抑制K562细胞的增殖 |
| 3.2.3 敲低EZH2促进K562细胞的凋亡 |
| 3.2.4 敲低EZH2促进K562细胞的红系分化 |
| 3.2.5 敲低EZH2影响K562细胞的组蛋白修饰 |
| 3.3 H3K27me3通过H3K9ac修饰促进K562红系分化进程 |
| 3.4 乙酰基转移酶P300促进K562细胞向红系分化 |
| 3.4.1 EZH2的低表达促进乙酰基转移酶P300 的表达 |
| 3.4.2 P300参与K562细胞的红系分化 |
| 3.4.2.1 构建shP300载体 |
| 3.4.2.2 敲低P300抑制K562细胞的红系分化 |
| 3.4.2.3 敲低P300影响K562细胞的组蛋白修饰影响 |
| 3.5 乙酰基转移酶P300调控H3K9ac修饰参与调控红系分化 |
| 3.5.1 探索筛选H3K9ac的靶向基因 |
| 3.5.2 验证GATA1、TAL1、MED1、TRIM58的表达 |
| 3.5.2.1 EZH2低表达或活性降低上调GATA1、TAL1、MED1、TRIM58的表达 |
| 3.5.2.2 敲低P300下调GATA1、TAL1、MED1、TRIM58的表达 |
| 3.6 小结 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）CEBPA单等位基因突变正常核型急性髓系白血病患者的临床特征及预后分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 主要仪器和试剂 |
| 1.3 基因组DNA提取 |
| 1.4 高通量测序检测 |
| 1.5 病例搜集 |
| 1.6 统计学分析 |
| 2 实验结果 |
| 2.1 CEBPA基因突变AML患者的基本信息和临床特征 |
| 2.2 CEBPA基因突变特点分析 |
| 2.3 CEBPA伴随突变的分析 |
| 2.4 CEBPA基因突变对疗效的分析 |
| 2.5 CEBPA基因突变对生存期的分析 |
| 2.6 CEBPAsm对预后的影响分析 |
| 2.7 CEBPA双突变的单因素分析、多因素分析 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 CEBPA基因突变在急性髓系白血病中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（3）急性髓系白血病预后不良标志物的生物信息学分析及初步验证（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 生物信息数据库 |
| 2.1.2 软件资源 |
| 2.1.3 主要实验试剂 |
| 2.1.4 主要实验仪器 |
| 2.1.5 实验样本 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 基因芯片数据获取及目标基因筛选流程 |
| 2.2.2 数据处理及差异基因筛选 |
| 2.2.3 目的基因生存分析 |
| 2.2.4 目的基因独立预后分析 |
| 2.2.5 年龄、RUNX1及RUNX1-RUNX1T1 与基因表达水平关系分析 |
| 2.2.6 目的基因差异表达分析 |
| 2.2.7 GO和 KEGG分析 |
| 2.2.8 组间差异基因相关性分析 |
| 2.2.9 蛋白相互作用分析 |
| 2.2.10 外部数据库验证 |
| 2.2.11 细胞内RNA提取 |
| 2.2.12 逆转录(合成c DNA第一条链) |
| 2.2.13 荧光定量PCR检测 |
| 2.2.14 统计学分析 |
| 第三章 研究结果 |
| 3.1 AML预后不良相关的差异基因筛选 |
| 3.2 目的基因生存分析 |
| 3.3 目的基因独立预后分析 |
| 3.3.1 单因素COX回归分析 |
| 3.3.2 多因素COX回归分析 |
| 3.4 年龄、RUNX1及RUNX1-RUNX1T1 与基因表达水平关系分析 |
| 3.4.1 SHLD2、H1-0 表达与年龄的关系 |
| 3.4.2 SHLD2、H1-0 表达与RUNX1 突变的关系 |
| 3.4.3 SHLD2、H1-0 表达与RUNX1-RUNX1T1 融合基因的关系 |
| 3.5 目的基因差异表达分析 |
| 3.6 GO和 KEGG分析 |
| 3.6.1 SHLD2 差异表达的GO和 KEGG分析 |
| 3.6.2 H1-0 差异表达的GO和 KEGG分析 |
| 3.7 组间差异基因相关性分析 |
| 3.8 蛋白相互作用分析 |
| 3.9 外部数据库验证 |
| 3.10 体外样本验证 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 急性髓系白血病分子生物标志物的研究进展 |
| 参考文献 |
| 缩略词对照表 |
| 在学期间研究成果 |
| 致谢 |
（4）DNMTs的表达及突变在急性髓系白血病中的意义（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 数据库介绍 |
| 2.1.1 GTEx数据库 |
| 2.1.2 TCGA数据库 |
| 2.1.3 GEO数据库 |
| 2.1.4 GEPIA数据库 |
| 2.1.5 cBioPortal数据库 |
| 2.1.6 GO数据库 |
| 2.1.7 KEGG数据库 |
| 2.1.8 STRING数据库 |
| 2.2 软件介绍 |
| 2.2.1 R软件 |
| 2.2.2 Perl软件 |
| 2.2.3 Cytoscape软件 |
| 2.2.4 GSEA软件 |
| 2.3 数据获取 |
| 2.4 DNMTs表达及在AML中的意义 |
| 2.4.1 健康人与AML患者的差异性表达分析 |
| 2.4.2 DNMT1/3A/3B表达相关性分析 |
| 2.4.3 与临床及细胞遗传学特征的关系 |
| 2.4.4 生存相关性分析 |
| 2.4.5 独立预后分析 |
| 2.4.6 相关差异基因分析 |
| 2.4.7 功能富集分析 |
| 2.4.8 蛋白互作网络分析 |
| 2.5 DNMTs突变及在AML中的意义 |
| 2.5.1 突变率及突变位点分析 |
| 2.5.2 突变与生存相关性分析 |
| 2.5.3 DNMT3A突变相关差异基因分析 |
| 2.5.4 DNMT3A突变与表达相关性分析 |
| 2.5.5 DNMT3A突变功能富集分析 |
| 2.6 DNMT3A突变临床数据分析 |
| 2.6.1 临床资料获取 |
| 2.6.2 细胞遗传学及分子生物学检测 |
| 2.6.3 数据处理 |
| 第三章 研究结果 |
| 3.1 DNMTs表达及在AML中的意义 |
| 3.1.1 纳入数据集特征 |
| 3.1.2 健康人与AML患者的差异性表达分析 |
| 3.1.3 DNMT1/3A/3B表达相关性分析 |
| 3.1.4 与临床及细胞遗传学特征的关系 |
| 3.1.5 生存相关性分析 |
| 3.1.6 独立预后分析 |
| 3.1.7 相关差异基因分析 |
| 3.1.8 功能富集分析 |
| 3.1.9 蛋白互作网络分析 |
| 3.2 DNMTs突变及在AML中的意义 |
| 3.2.1 突变率及突变位点分析 |
| 3.2.2 突变与生存相关性分析 |
| 3.2.3 DNMT3A突变相关差异基因分析 |
| 3.2.4 DNMT3A突变与表达相关性分析 |
| 3.2.5 DNMT3A突变功能富集分析 |
| 3.3 DNMT3A突变临床数据分析 |
| 3.3.1 一般特征 |
| 3.3.2 突变率及突变位点分析 |
| 3.3.3 共突变基因分析 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附文 |
| 中英文缩略表 |
| 在学期间科研成果 |
| 致谢 |
（5）FLT3突变急性髓系白血病（非M3型）临床特点及其伴随突变对预后的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 资料与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 诊断标准 |
| 1.3 纳入标准 |
| 1.4 排除标准 |
| 1.5 研究方法 |
| 1.6 实验方法 |
| 1.7 治疗方案 |
| 1.8 疗效评价 |
| 1.9 病例随访 |
| 1.10 统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 FLT3 突变阳性患者的临床特点 |
| 2.2 FLT3 突变阳性患者伴随基因突变的分布情况 |
| 2.3 NPM1 基因对FLT3 突变AML患者治疗效果及预后的影响 |
| 2.4 DNMT3A基因对FLT3 突变AML患者治疗效果及预后的影响 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 急性髓系白血病驱动突变的研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表文章情况 |
| 致谢 |
（6）基于深度测序及组学研究分析慢性髓系白血病对酪氨酸激酶抑制剂耐药机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 对伊马替尼耐药的K562-R细胞株的诱导与鉴定 |
| 引言 |
| 1 研究对象与材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果分析 |
| 第二章 慢性髓系白血病细胞系多组学研究 |
| 引言 |
| 1 研究对象与材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果分析 |
| 4 讨论 |
| 第三章 糖酵解关键酶PKM2调控CML耐药机制初步探讨 |
| 引言 |
| 1 研究对象与材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果分析 |
| 4 讨论 |
| 第四章 基于二代测序技术分析TKIs耐药或不耐受CML患者的肿瘤相关基因突变 |
| 引言 |
| 1 研究对象与材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果分析 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 全文小结 |
| 硕士期间主要工作 |
| 致谢 |
（7）高、低转移肝癌细胞系外显子测序及进化分析（论文提纲范文）
| 英汉缩略语名词对照 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 细胞培养 |
| 1.2 DNA提取 |
| 1.3 DNA样本评估及全外显子测序 |
| 1.4 Oncotator注释突变体 |
| 1.5 三株细胞的进化树以及突变基因分布 |
| 1.6 功能富集分析 |
| 1.7 蛋白质网络互作分析 |
| 1.8 HUB基因突变与HCC病人预后关联分析 |
| 1.9 HCC中 HUB基因的表达与病人预后关联分析 |
| 1.10 三株细胞的差异蛋白质中的基因突变分析 |
| 1.11 突变基因KEAP1 分析及PCR验证 |
| 2 结果 |
| 2.1 根据WES分析三株细胞的突变情况 |
| 2.2 肿瘤驱动突变基因和致癌信号通路上的突变情况 |
| 2.3 三株细胞的共有突变基因分析 |
| 2.4 三株细胞的特有突变基因分析 |
| 2.5 HCC中 HUB基因的表达与病人预后关联分析 |
| 2.6 三株细胞差异蛋白质中的基因突变分析 |
| 2.7 突变KEAP1 基因分析和PCR验证 |
| 3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 文献综述 肝癌的主要驱动基因与肿瘤 |
| 综述参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 参与的课题项目 |
（8）FUS-ERG融合基因阳性AML的分子特征和发病机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 FUS-ERG融合基因阳性AML的临床特征 |
| 引言 |
| 病例资料 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 FUS-ERG融合基因阳性AML的分子特征 |
| 引言 |
| 病例资料 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 FUS-ERG融合基因的致白血病机制研究 |
| 引言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 FUS-ERG融合基因阳性的急性髓系白血病病例报告及文献复习 |
| 参考文献 |
| 中英文缩略词汇表 |
| 攻读学位期间公开发表的文章 |
| 致谢 |
（9）地西他滨治疗儿童R/R-AML和MDS的疗效观察及DUSP16在儿童AML中的机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 地西他滨治疗儿童R/R-AML和MDS的疗效观察 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 异常甲基化基因DUSP16在儿童急性髓细胞白血病中的作用机制研究 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 DNA甲基化在急性髓系白血病中功能机制的研究进展 |
| 参考文献 |
| 英文缩写词表(Abbreviation) |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 攻读学位期间承担和参与项目 |
| 致谢 |
（10）CEBPA基因双突变急性髓系白血病患者的临床特征及预后因素分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 第1章 绪论 |
| 第2章 综述 |
| 2.1 CEBPA基因介绍 |
| 2.2 CEBPA基因在造血过程中的作用 |
| 2.3 CEBPA基因与AML发生 |
| 2.4 CEBPA基因突变的临床特点 |
| 2.5 CEBPA基因突变的预后 |
| 2.6 小结 |
| 第3章 材料和方法 |
| 3.1 患者基本资料 |
| 3.2 细胞遗传学检测 |
| 3.3 基因突变检测 |
| 3.4 微小残留病检测 |
| 3.5 临床特征分析 |
| 3.6 治疗及随访 |
| 3.6.1 诱导治疗 |
| 3.6.2 缓解后治疗 |
| 3.6.3 支持治疗 |
| 3.7 疗效评价 |
| 3.8 随访及预后分析 |
| 3.9 统计学方法 |
| 第4章 研究结果 |
| 4.1 一般资料 |
| 4.2 CEBPA基因的突变特征 |
| 4.3 CEBPA基因双突变患者发生共突变情况 |
| 4.4 近期疗效分析 |
| 4.5 生存分析 |
| 4.5.1 CEBPA双突变患者预后 |
| 4.5.2 影响CEBPA双突变患者预后的临床因素 |
| 4.5.3 共突变基因对CEBPA双突变预后的影响 |
| 4.5.4 MRD水平对CEBPA双突变预后的影响 |
| 4.5.5 多因素分析影响CEBPA双突变AML患者预后的因素 |
| 第5章 讨论 |
| 第6章 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
四、转录因子GATA-2基因在淋巴系白血病中的表达特点（论文参考文献）
- [1]EZH2抑制剂DZNep在慢性粒细胞白血病细胞中的作用及其机制研究[D]. 邱明月. 内蒙古大学, 2021(12)
- [2]CEBPA单等位基因突变正常核型急性髓系白血病患者的临床特征及预后分析[D]. 亢叶芳. 山西医科大学, 2021(01)
- [3]急性髓系白血病预后不良标志物的生物信息学分析及初步验证[D]. 郭元成. 兰州大学, 2021(12)
- [4]DNMTs的表达及突变在急性髓系白血病中的意义[D]. 邓丽娟. 兰州大学, 2021(12)
- [5]FLT3突变急性髓系白血病（非M3型）临床特点及其伴随突变对预后的影响[D]. 冯砚平. 新乡医学院, 2021(01)
- [6]基于深度测序及组学研究分析慢性髓系白血病对酪氨酸激酶抑制剂耐药机制研究[D]. 吴婉儿. 南方医科大学, 2020
- [7]高、低转移肝癌细胞系外显子测序及进化分析[D]. 李祖俐. 重庆医科大学, 2020(02)
- [8]FUS-ERG融合基因阳性AML的分子特征和发病机制研究[D]. 许小宇. 苏州大学, 2020(06)
- [9]地西他滨治疗儿童R/R-AML和MDS的疗效观察及DUSP16在儿童AML中的机制研究[D]. 卢俊. 苏州大学, 2020(06)
- [10]CEBPA基因双突变急性髓系白血病患者的临床特征及预后因素分析[D]. 郑琳. 吉林大学, 2020(08)
标签：基因突变论文; 慢性粒细胞白血病论文; 急性淋巴细胞性白血病论文; 甲基化论文; 细胞分化论文;