一、浅谈生物地理学及替代分化生物地理学（论文文献综述）
张葵[1]（2021）在《新疆钩虾属分子系统学与生物地理学研究》文中指出钩虾属Gammarus隶属于端足目Amphipoda钩虾科Gammaridae,在欧亚大陆和北美均有分布,是甲壳动物中种类丰富度最高的属之一,迄今已有超过200种被文献报道。新疆位于欧亚大陆腹地,处于贝加尔湖和黑海-里海盆地两大淡水钩虾多样性最为丰富的地区之间,然而新疆地区有关钩虾的研究较少。由于时代的局限性,以前的研究主要是基于形态学方法开展的研究,在分子方面尚缺乏系统化的研究,且未将近些年发现的新种涵盖在内。因此,对新疆钩虾属进行系统的整理,并从分子水平开展分子系统学和生物地理学研究是有必要的。本研究系统总结了新疆钩虾属各物种的形态学特征及其地理分布,用线粒体基因（COI,16S）和核基因（18S,28S,EF1α）共5个基因片段构建了新疆钩虾属的系统发育树,对新疆钩虾属各物种的有效性进行了探讨,并重建了新疆钩虾属的祖先分布区,对新疆钩虾属的起源演化进行了研究,主要研究结果如下:1.详细描述了新种周氏钩虾Gammarus zhouqiongi sp.n.,对其结构特征图进行了绘制,并编制了新疆钩虾属的种类检索表。新疆钩虾属共计有9种,在南、北疆均有分布,集中分布在新疆西部的额尔齐斯河、额敏河和伊犁河等跨境河流中;2.除简毛钩虾G.simplex无分子数据不做分析外,基于线粒体基因COI基因对新疆钩虾属的种间和种内遗传距离的分析表明,新疆钩虾属的种间遗传为0.16-0.37,种内遗传距离为0.00-0.05。基于线粒体基因（COI,16S）和核基因（18S,28S,EF1α）的联合序列,用最大似然法和贝叶斯法构建的进化树均表明,新疆钩虾属内的8个物种都有着各自的分支,高度的单系性充分支持了物种的有效性;3.用联合基因构建的带分子钟的进化树表明,新疆钩虾属约在24 Ma首次出现分歧,10 Ma左右的中新世中晚期是新疆钩虾属成种的重要阶段,约8 Ma新疆钩虾属内的各物种均已形成,各钩虾物种的不同地理种群形成于2 Ma左右;4.祖先分布区重建的结果表明,准噶尔盆地、塔里木盆地、伊犁谷地和额敏盆地可能均为新疆钩虾属的共同祖先分布地。结合地质事件,推测青藏高原的第一次大隆起和巴拉特提斯海的消亡导致了部分钩虾的祖先向西扩散,新疆钩虾属首次出现分歧;青藏高原的第2、3次大隆起及伴随的巨大气候改变,促使新疆钩虾属内物种进一步分化,各物种在此时期基本形成;最后,青藏高原的第4次大隆起和第四纪大冰期,这两次地质事件促成了钩虾不同地理种群的形成。
雷富民,宋刚,蔡天龙,屈延华,贾陈喜,赵义方,张德志[2]（2021）在《中国鸟类生物地理学研究回顾与展望》文中认为本文回顾总结了中国鸟类生物地理学的产生、发展、重要成果和未来的发展趋势。主要论述了以下五个方面:1.中国动物地理学简史及鸟类生物地理学的萌芽;2.鸟类动物地理区划的发展,并重点论述了岛屿鸟类区系调查与生物地理格局、中国台湾岛和海南岛与大陆鸟类区系的联系以及鸟类特有化现象;3.鸟类多样性的格局、形成与维持,并重点归纳了几种重要的科学假说;4.鸟类的谱系生物地理格局、形成原因及影响因素;5.鸟类生物地理学研究的新进展和未来发展趋势,重点阐述谱系生物地理学的发展、"地理格局-适应-基因"的整合分析方法对中国鸟类多样性格局形成机制的深度解析,指出大数据和组学时代是中国乃至世界鸟类生物地理学的发展趋势。
赵庆豪[3]（2021）在《蚁甲亚科系统发育与生物地理学研究》文中研究指明蚁甲亚科Pselaphinae隶属鞘翅目Coleoptera,隐翅虫科Staphylinidae,是隐翅虫科下的第二大亚科（仅次于前角亚科）,物种丰富,在全世界广泛分布。该亚科目前共包含6超族（长腹蚁甲超族Faronitae、平背蚁甲超族Euplectitae、隆背蚁甲超族Goniaceritae、毛唇蚁甲超族Batrisitae、蚁甲超族Pselaphitae、寡节蚁甲超族Clavigeritae）、39族、约1100属10000余种。目前国内外针对蚁甲亚科的研究多为基础的分类学研究,主要集中在新种的报道、比较形态学及生物地理研究等方面,但有关其高阶元的系统发育研究仍存在较大空白,主要支系（超族、族）的亲缘关系、分歧时间和祖先地理分布等仍未得到较好阐释。因此,本研究结合分子及形态数据联合分析旨在解决蚁甲各超族之间复杂的系统发育关系,同时本研究还对蚁甲亚科的起源、分化时间以及地理格局演化进行推算,以期弥补相关的研究空白。本次研究选取了2个线粒体基因（COI、16S r RNA）,一个核基因28S r RNA以及57个形态学性状来对6超族15族31属36种和10个外群物种进行联合分析。采用最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI）构建蚁甲亚科下各超族系统发育树;选取化石来对分支节点年代进行校正,估算蚁甲亚科各主要支系的分歧时间;利用R语言Bio Geo BEARS包对蚁甲亚科起源及演化的历史生物地理进行重建。主要结论如下:1.基于分子数据构建的ML以及BI系统发育树得到了大致相同的拓扑结构,即蚁甲亚科分为两大支系,其中长腹蚁甲超族为单系群,且与剩余5个超族互为姐妹群;剩余5个超族中,蚁甲超族、隆背蚁甲超族和平背蚁甲超族均为多系群;寡节蚁甲超族和毛唇蚁甲超族为单系群。基于形态学性状进行的独立支序分析表明蚁甲超族为并系群,其余超族系统发育关系与分子研究结果基本一致。分子数据与形态学性状联合构建系统发育树的结果与分子研究结果基本一致。2.毛唇蚁甲超族起源于白垩纪中晚期（大约107 Ma）的欧亚大陆;寡节蚁甲超族祖先大约起源于白垩纪晚期（大约85 Ma）的欧亚大陆。3.蚁甲亚科祖先可能起源于欧亚大陆,在古近纪时期有1次从欧亚大陆向非洲大陆的扩散事件;在白垩纪和古近纪早期有2次从北美向南美洲的扩散事件;在侏罗纪晚期、白垩纪以及古近纪晚期共有7次从欧亚大陆向北美洲的扩散事件;在白垩纪、古近纪以和新近纪早期有5次从欧亚大陆向澳洲的扩散事件,最终形成了现今的分布格局。
朱艺璇[4]（2020）在《卫矛科南蛇藤属（Celastrus L.）系统发育和生物地理学研究》文中研究指明南蛇藤属（Celastrus L.）隶属于卫矛目卫矛科,是卫矛科的模式属,全属共约30种,广泛分布于亚洲、大洋洲、南北美洲及马达加斯加,是研究物种形成机制、起源、扩散及世界生物地理格局的理想模式类群。虽已有形态学和分子系统发育研究,但南蛇藤属与雷公藤属的关系及南蛇藤属内部分子系统发育关系与其分类系统不一致,历史生物地理格局不明。本研究使用2个核基因（ETS、ITS）和3个叶绿体基因（psb A-trn H、rpl16、trn L-F）共5个基因片段构建系统发育树,提供了迄今为止最全面的南蛇藤属分子系统发育关系,取样范围包括所有亚属、系和组,并涵盖了所有分布区。分子系统发育结果结合南蛇藤属与雷公藤属在花、果实和种子等形态特征上的明显差异,支持南蛇藤属为单系,与雷公藤属互为最近姊妹类群,;南蛇藤属内部可分为两个大分支,其中一个又可分为七个亚分支,这一结果与基于花性别、花序类型、种子数量等特征提出的南蛇藤属属下分类系统不吻合。本研究选取了7个较为稳定且区分度高的形态学性状进行祖先性状重建,结果表明南蛇藤属的祖先状态为关节上下部分果梗颜色相同,花序顶生兼有侧生、茎生,种子形状为椭圆形。本研究在获得高分辨率南蛇藤属系统发育的基础上,筛选可靠化石估算各分支分化时间并进行祖先地理重建,研究结果表明南蛇藤属于渐新世末期（24.78 Ma,95%HPD:22.21–26.99 Ma）起源于亚洲。在中新世早期（18.59 Ma,95%HPD:12.57–23.69 Ma）通过长距离扩散到达中南美洲。在中新世晚期（10.09 Ma,95%HPD:5.94–15.03 Ma）向南穿过里德克线（the Lydekker’s Line）扩散至大洋洲,然后进一步通过长距离扩散至马达加斯加（3.86Ma,95%HPD:1.17–7.25 Ma）;通过白令陆桥扩散到北美东部（8.17 Ma,95%HPD:4.65–11.70 Ma）。南蛇藤属和雷公藤属虽然都在同一时期起源于亚洲,但在物种多样性和分布范围上,南蛇藤属比雷公藤属更具多样性。南蛇藤属种子外有红色肉质假种皮这一关键形态特征可能大大提高了其进化的成功率。
高静[5]（2020）在《砾玄参复合群（Scrophularia incisa complex）的系统发育与生物地理学研究》文中研究指明玄参属（Scrophularia Linn.）为玄参科（Scrophulariaceae）模式属,全球约有200–300种,间断分布于欧亚大陆及北美洲的温带地区。玄参属下分为玄参组（sect.Scrophularia）和砾玄参组（sect.Caninae）。砾玄参复合群（Scrophularia incisa complex）是砾玄参组下一次级分支,目前包括砾玄参（S.incisa）、齿叶玄参（S.dentata）和裂叶玄参（S.kiriloviana）、全缘叶玄参（S.integrifolia）四个物种,主要分布在雪水或溪水冲击过的河滩、山谷,湿润的石砾地。其分布范围覆盖中亚-青藏高原-蒙古高原地区,由于其特殊的地理分布,是研究高原荒漠地区植被起源与多样性的一个良好模型。之前有报道基于ITS和cpDNA分子标记对砾玄参复合群进行了谱系地理学研究,由于取样与标记限制,复合群的种间关系未能明确解析,且存在着标记间不一致的研究结果,未能清楚揭示砾玄参复合群的物种形成与谱系地理历史。为进一步揭示砾玄参复合群的进化历史,尤其是中国的复合群物种的系统发育和生物地理过程,本研究利用叶绿体基因组数据与高通量RAD-Tags基因组分子标记技术对分布于中亚、西藏、新疆、青海、甘肃的砾玄参复合群进行物种水平和居群水平的群体遗传研究,解析谱系分化的过程及原因,并利用生态位建模对砾玄参复合群的中国谱系进行当代物种适生区模拟,进一步推测了它们在末次冰期（LGM）及未来（2070s）的物种适生区分布变化。结果如下:1)叶绿体基因组比较分析基于叶绿体基因组序列比较分析砾玄参复合群4个物种的叶绿体基因组特征与系统发育关系。序列包含3个裂叶玄参、2个砾玄参、2个齿叶玄参、1个全缘叶玄参个体,共8个个体。砾玄参复合群叶绿体基因组的长度在152,088 bp至152,868 bp之间,均包含一对反向重复序列区（IR）（25,454-25624 bp）,该重复序列由大单拷贝区（LSC）（83,531-84,454 bp）和小单拷贝区（SSC）（17,375-17,940 bp）隔开。每个叶绿体基因组包含115个基因,其中80个蛋白质编码基因,31个t RNA基因和4个r RNA基因。在所有叶绿体基因组中,基因含量,基因顺序,AT含量和IR/SC边界结构几乎相同,仅在IR/SC边界的收缩/扩张区稍有差异,导致基因组长度有所不同。简单序列重复（SSR）分析显示这些叶绿体基因组中最丰富的重复序列是A/T单核苷酸。使用m VISTA软件对8条砾玄参复合群叶绿体基因组序列进行全序列比对分析得到序列相似度为94%。核苷酸多态性分析显示复合群叶绿体组有三个高变异区（Pi>0.02）,可用于开发分子标记,用于属内和科内的物种条形码或群体遗传学标记。系统发育分析显示复合群系统树在50%的节点上都得到了最高支持（PP/BS=1/100）,中亚的全缘叶玄参处于基部位置,齿叶玄参位于次基部,裂叶玄参与砾玄参为姐妹类群。分歧时间估算结果表明现存砾玄参复合群物种的分化时间为2.47 Ma（95%HPD:0.81–4.5 Ma）。2)基于RAD-seq的SNPs标记本研究对砾玄参复合群的42个群体（278个个体）进行简化基因组建库,利用STACKS v2进行数据处理,共获得4784个高质量SNP位点。主成分分析和遗传结构分析都支持砾玄参复合群的最佳分组为4,分别对应于四个物种的基因池,S.integrifolia与其他三个物种亲缘关系最远,S.incisa和S.dentata亲缘关系最近,且个体间基因流频繁,出现基因池混杂,S.kiriloviana和S.integrifolia基因池较为独立,能较好区分,但也存在着基因交流现象。基因交流分析表明S.integrifolia与S.kiriloviana的基因交流发生在中国谱系分化之前,并使产生基因交流的群体保留在S.kiriloviana中,证明两个物种的基因交流方向是单向的,即S.integrifolia的基因流入S.kiriloviana中。基于最大似然法的系统发育分析揭示中亚的全缘叶玄参处于基部位置,齿叶玄参位于次基部,裂叶玄参与砾玄参为姐妹类群。BEAST推算的砾玄参复合群的分歧时间显示,中亚谱系与中国谱系的分歧时间为6.59 Ma（95%HPD:4.98 Ma–8.27 Ma）。祖先分布区重建显示砾玄参复合群可能起源于中亚。3)生态位建模利用MAXENT对砾玄参复合群的生态位建模结果显示,当代复合群的模拟分布区与实际结果相吻合,并且各物种所得AUC值均显着大于0.9;新疆的裂叶玄参在LGM时期主要分布于天山及阿尔泰山附近区域,间冰期向天山南北两侧扩张;西藏的齿叶玄参在LGM时期主要分布于高原台面的西部,而后受冰后期气候影响逐渐向高原台面的东部迁移扩张;青海甘肃的砾玄参在LGM时期主要分布于青藏高原的东北部,随后分布区向高原的东南部压缩,并向蒙古高原的北部扩张;受温度影响,齿叶玄参在2070s的分布区将与现今相比有明显扩张,裂叶玄参的分布区将略微北移,而砾玄参在中国境内的分布区将明显缩小,在蒙古境内的分布区向西扩散。
张慧[6]（2020）在《我国淮河以北花鳅属鱼类系统学及生物地理学研究》文中指出花鳅属（Cobitis）隶属于鲤形目（Cypriniformes）花鳅科（Cobitidae）,是一种栖息于沙质缓流中的小型鱼类,广泛分布于亚欧大陆,在我国除了青藏高原以外均有分布。本文对我国淮河以北的花鳅属鱼类的物种多样性、系统发育、遗传多样性及生物地理学进行了研究。基于形态学特征与线粒体Cyt b基因对我国淮河以北的花鳅属鱼类进行分类整理,目前我国淮河以北花鳅属鱼类共六个物种,即黑龙江花鳅（Cobitis lutheri）、北方花鳅（Cobitis granoei）、花斑花鳅（Cobitis melanoleuca）、细长花鳅（Cobitis gracilis）、乔氏花鳅（Cobitis choii）和瓦房店花鳅（Cobitis wafangensis）,其中瓦房店花鳅为新描记物种,乔氏鳅为我国新纪录种。基于线粒体Cyt b基因构建花鳅属鱼类贝叶斯（BI）和最大似然（ML）系统发育树,我国花鳅属鱼类未按地理位置聚类,形成两大分支,淮河以北的六个物种则分属于这两大分支,表明我国花鳅属鱼类可能存在南北两个分化中心。以线粒体Cyt b基因构建分子钟,花鳅属鱼类与花鳅科其他属的分化时间约为33.7 Ma,处于渐新世早–中期;花鳅属鱼类的祖先起源于我国的南方。以线粒体基因Cyt b作为遗传标记,探讨了我国北方地区五个物种的遗传多样性及谱系地理学:基于线粒体基因Cyt b分析了淮河以北3个水系5个样点共86尾黑龙江花鳅的遗传多样性和谱系地理学。共检测到40个单倍型,3个地理种群均为高单倍型多样性和高核苷酸多样性。AMOVA分子方差分析及种群间的遗传分化指数(FST)均显示3个地理种群具有显着分化。基于单倍型构建的分子系统发育树及单倍型网络关系图显示,3个水系的单倍型不能各自聚类;绥芬河种群（SFH）为较古老的类群。中性检验和错配分析显示不同地理种群有扩张现象,3个种群扩张时间在0.201–0.052 Ma前。分子钟表明黑龙江花鳅分化时间约在14.5 Ma前。推测黑龙江花鳅是由朝鲜半岛北部扩散到我国绥芬河和乌苏里江等流域。在间冰期时,乌苏里江个体沿水系扩散至松花江水体。基于线粒体基因Cyt b分析了淮河以北7个水系9个样点共156尾北方花鳅的遗传多样性和谱系地理学。共检测到79个单倍型,除小凌河种群（XLH）外,其他种群均表现为高核苷酸多样性。AMOVA分子方差分析及种群间的遗传分化指数(FST)均显示,7个种群均发生了不同程度的遗传分化,主要体现在地理距离远近和不同水系之间,表现为地理距离远且不同水系间种群遗传分化大。基于单倍型构建的分子系统发育树及单倍型网络关系图显示,7个水系的单倍型不能各自聚类;黑龙江种群（HLJ）为较古老的类群。中性检验和错配分析显示,黑龙江种群、复州河种群（FZH）和滦河种群（LH）3个种群在近期历史上经历了扩张事件,扩张时间在0.190–0.029 Ma前。分子钟表明北方花鳅分化时间在第四纪更新世早期约2.4 Ma前,我国北方花鳅起源于黑龙江上游。冰期时,辽河种群则随着冰缘地带向南扩散至滦河流域及辽河周边水系。基于线粒体基因Cyt b分析了淮河以北3个水系5个样点共89尾花斑花鳅的遗传多样性和谱系地理学。共检测到22个单倍型,3个地理种群,均表现出低单倍型多样性与高核酸多样性。AMOVA分子方差分析及种群间的遗传分化指数(FST)均显示3个地理种群具有显着分化。基于单倍型构建的分子系统发育树及单倍型网络关系图显示,3个水系的单倍型不能各自聚类;滦河种群（LH）为较古老的类群。中性检验和错配分析显示,海河种群（HH）和西辽河种群（XLH）历史上经历了扩张事件,扩张时间在0.127–0.078Ma前。分子钟表明花斑花鳅与北方花鳅的分化时间在第四纪更新世早期约2.4 Ma前,花斑花鳅是北方花鳅在我国扩散过程中分化的物种,花斑花鳅以滦河为扩散中心,先扩散至海河水系,后扩散至辽河水系。基于线粒体基因Cyt b分析了淮河以北2个水系3个样点共93尾细长花鳅的遗传多样性和谱系地理学。共检测到32个单倍型,2个地理种群均表现为较高的核算多样性,其中黄河种群表现为高单倍型多样性。AMOVA分子方差分析及种群间的遗传分化指数(FST)均显示2个地理种群几乎无分化。基于单倍型构建的分子系统发育树及单倍型网络关系图显示,2个水系的单倍型不能各自聚类;黄河种群（HH）为较古老的类群。中性检验和错配分析显示,鸭绿江种群（YLJ）历史上经历了扩张事件,扩张时间在0.076–0.062Ma前。分子钟表明细长花鳅的分化时间约9.7 Ma前,表明细长花鳅在晚第三纪中新世晚期就已经在我国北方有分布,我国细长花鳅可能起源于鸭绿江下游,后扩散到黄河水系。基于线粒体基因Cyt b分析了淮河以北4个水系5个样点共99尾瓦房店花鳅的遗传多样性和谱系地理学。共检测到23个单倍型,淮河种群（HH）表现出高单倍型多样性与高核酸多样性,其余种群均表现为低单倍型多样性与高核苷酸多样性。AMOVA分子方差分析及种群间的遗传分化指数(FST)显示4个种群间均存在中等以上的遗传分化。基于单倍型构建的分子系统发育树及单倍型网络关系图显示,4个水系的单倍型不能各自聚类;淮河种群为较古老的类群。中性检验和错配分析显示,卫河种群（WH）与复州河种群（FZH）历史上经历了扩张事件,扩张时间在0.097–0.041Ma前。分子钟表明瓦房店花鳅分化时间在约在第三纪上新世早期4.0Ma前,淮河种群（HH）先扩散至黄河水系,我国瓦房店花鳅通过辽东半岛和山东半岛之间的陆桥,扩散至辽东半岛,形成复州河种群。
叶文清[7]（2020）在《抗癌药用植物鬼臼亚科的系统发育基因组学和生物地理学研究》文中提出在洲际间断生物地理学研究中,北半球温带成分的东亚-北美东部（EA-ENA:eastern Asia and eastern North America）植物区系间断分布一直是科学家们关注和研究的热点。这两个区域的气候相似、植物区系组成相似程度高,被认为是第三纪北半球广布的中生代林地的遗留成分。大约有65个属的近缘种在这两个区域间断分布,其中就包括鬼臼亚科（Podophylloideae）植物。小檗科（Berberidaceae）鬼臼亚科是被子植物中唯一已知含有鬼臼毒素（Podophyllotoxin）的植物类群,其根状茎中含有的鬼臼毒素是抗肿瘤药物依托泊甙（VP16）的合成前体。鬼臼亚科包含八角莲属（Dysosma）、足叶草属（Podophyllum）、桃儿七属（Sinopodophyllum）和山荷叶属（Diphylleia）四属12种。其中,分布于北美东部的足叶草属以及分布在我国西部和喜马拉雅地区的桃儿七属都仅包括一个种,分别为足叶草（Podophyllum peltatum）和桃儿七（Sinopodophyllum hexandrum）。山荷叶属包括三个种,即北美的北美山荷叶（Diphylleia cymosa）、日本的日本山荷叶（Di.grayi）和中国的南方山荷叶（Di.sinensis）。八角莲属为中国特有属,包括七个形态学种,分布于我国的亚热带地区。可见,鬼臼亚科为探究EA-ENA间断分布类群的起源和演化提供了理想的模式系统。本研究利用比较叶绿体基因组学、转录组学和简化基因组学方法,对鬼臼亚科的叶绿体基因组进化、系统发育关系、鬼臼毒素通路关键基因进化、物种形成过程、谱系分化式样等方面进行研究。获得的主要研究结果如下:（1）基于叶绿体基因组的系统发育研究本研究首次成功拼接得到鬼臼亚科14个（12个物种,其中八角莲和六角莲各有两个谱系）及其外类群北美裸花草（Achlys triphylla）共15个叶绿体基因组图谱。比较了它们在基因组结构、基因排序以及基因序列方面的差异,并进一步与所有毛茛目（Ranunculales）已发表的叶绿体基因组序列展开比较研究。系统发育基因组学研究表明:无论是鬼臼亚科还是八角莲属、山荷叶属,它们均形成单系。桃儿七位于鬼臼亚科的最基部。同时,本研究还揭示了matK基因在鬼臼亚科特定谱系（尤其是年轻谱系）中受到了正向选择,这可能与这些类群对低海拔生境的适应有关。此外,筛选出的四个高变区(ndhC–trn VUAC,trnHGUG–psbA,psbC–trnSUGA,ndh D–ccsA)可用于后续的群体遗传学、生物地理学以及物种鉴定的DNA条形码研究。（2）基于转录组的系统发育和进化研究本研究对10个鬼臼亚科物种以及外类群日本裸花草（Achlys japonica）进行转录组测序。我们在11个测序物种中鉴定到1,048个直系同源基因用于系统发育分析。得到的系统发育树与基于63个叶绿体CDS构建的系统发育树拓扑结构一致,支持鬼臼亚科、八角莲属和山荷叶属是很好的单系。桃儿七属为鬼臼亚科的最基部类群,依次分化出山荷叶属、足叶草属和八角莲属,这一结果颠覆了足叶草属与桃儿七属是姐妹类群的传统认知。此外,基于可靠的鬼臼亚科系统发育树,本研究解析了鬼臼毒素通路中关键基因的进化。首先,我们在毛茛目物种33个转录组中都检测到了同一个WGD事件（102.7 Ma–142.6 Ma）。其次,我们利用系统发育分析构建鬼臼毒素通路中关键基因的同源序列基因树,发现其中三个关键基因（CYP71BE54、CYP71CU1、CYP82D61）在毛茛目不同支系中检测到两次基因复制事件,2-ODD在毛茛目中检测到三次不同的基因复制事件。这四个基因均有一个拷贝在鬼臼亚科中受到了强烈的正向选择。（3）鬼臼亚科生物地理学研究化石校正的松散分子钟以及祖先分布区重建结果显示:鬼臼亚科于中新世（Miocene）早期（转录组:c.21.90 Ma;叶绿体基因组:c.19.75 Ma）起源于喜马拉雅地区（p=0.96）,随后逐渐向日本和北美迁移。BAMM分析结果表明鬼臼亚科的物种形成速率在21-22 Ma时最高（λ=0.20种/Ma）,此后持续下降。祖先性状重建结果表明,鬼臼亚科祖先物种的花为白色（p=0.87）、花朝上（p=1.00）,且为若干小花组成聚伞花序（p=0.96）,表现为虫媒花的特征性状。繁育系统关键性状的演化与物种分化速率之间具有相关性,花朵朝下类群（八角莲复合体和川八角莲）的物种分化速率远高于花朵朝上的类群（分别为λ=0.19和0.06种/Ma）,表明花性状的演化促进了鬼臼亚科的物种分化。生态位差异分析的结果表明:东亚和北美物种之间的生态位分化主要受到温度季节性变化的影响,东亚三个区域（喜马拉雅区域、中国中东部区域和日本区域）之间的生态位分化主要受到海拔和温度季节性变化的影响。（4）东亚-北美东部姐妹类群物种分化的比较研究本研究对49个八角莲属群体样品进行RAD测序,组装后获得的非连锁SNPs矩阵为31,883 bp。遗传结构分析揭示了八角莲属被分为三个遗传谱系,其中西藏八角莲和云南八角莲组成西部谱系（Western cluster）,川八角莲、小八角莲、贵州八角莲和八角莲组成中部谱系（Central cluster）,小八角莲、贵州八角莲、八角莲和所有六角莲组成东部谱系（Eastern cluster）。系统发育结果与遗传结构基本一致。BEAST计算的谱系分化时间（c.15.06 Ma）与物种水平的八角莲属物种分化时间（c.14.14 Ma）基本吻合。生态位分析表明,八角莲属三个谱系之间分化可能与青藏高原隆升引起的海拔梯度差异和季节性温度有关。46个足叶草属群体样品组装后获得的非连锁SNPs矩阵为12,074 bp。系统发育分析表明,足叶草属被分为三个谱系,中东部谱系（Clade A）（PP=0.91）、东部谱系（Clade B）（PP=0.87）和西部谱系（Clade C）（PP=1.00）。BEAST估算的足叶草属谱系分化时间（c.4.42 Ma）较八角莲属年轻。生态位分析表明足叶草属谱系分化主要与年降水（Annual precipitation）和季节性降水（Precipitation seasonality）有关。综上所述,本研究基于系统发育基因组学方法构建了迄今为止最可靠的鬼臼亚科物种树。在此基础上,从物种水平（鬼臼亚科）和群体水平（八角莲属和足叶草属）阐明了该亚科EA–ENA间断分布格局的形成过程和驱动因素。进一步通过比较研究发现,伴随着青藏高原隆升形成的复杂地貌和环境异质性推动了八角莲属（EA）发生持续的异域物种形成和繁育性状转变,从而解释了鬼臼亚科在EA–ENA呈现物种和谱系多样性不平衡式样的根本原因。本研究对理解东亚-北美植物间断分布格局的起源、演化过程和物种多样性形成机制具有重要的启示意义。
刘云祥[8]（2020）在《四种中国蝉科昆虫谱系地理学研究暨枯蝉适应性进化研究》文中提出蝉科Cicadidae昆虫的若虫长期在地下生活,成虫寿命短,扩散能力低,是研究物种形成和生物地理较为理想的模式生物。该类群鸣声可以用来快速评估分布区物种的多样性,尤其对隐存物种发现、近缘种区分、系统发育树冲突解析及物种形成等具有重要意义。以往关于蝉科昆虫谱系地理学的研究主要集中于澳大利亚、新西兰、地中海地区和美国等,而中国及东亚的蝉科昆虫研究主要以传统形态分类、系统发育、生物声学以及行为生态学为主,谱系地理学研究非常有限。因此,本研究综合采用形态学、分子生物学、生物声学及行为生态学方法,以中国及周边地区的4种蝉科昆虫为研究对象,对其起源、扩散、分布格局成因和演化历史等进行了研究,旨在阐明相关种类的起源及分布格局形成过程,并明晰其遗传多样性和种群分化模式。此外,鉴于地理隔离和寄主转变对昆虫的表型和遗传分化具有重要影响作用,而前期研究表明中国特有的枯蝉Subpsaltria yangi分布范围狭小,但不同种群的生境及遗传分化显着,本研究重点基于基因分型测序（Genotyping-by-sequencing,GBS）等分子数据,结合声学和生态学数据对其不同种群的遗传分化、鸣声分化及适应性进化等进行了研究,以明晰地理隔离和寄主转变等对该物种表型分化和遗传分化的潜在影响。主要研究结果如下:1)斑透翅蝉Hyalessa maculaticollis整合分类与种群分化研究:斑透翅蝉H.maculaticollis在东亚地区分布范围广泛,但具有较大的形态变异。该种与其近缘种透翅蝉H.fuscata之间的关系长期存在争议。本研究基于形态特征、线粒体基因（COI、COII、Cytb）和细胞核基因（EF-α1、ITS1）及雄性鸣声结构的分析比较,探讨了该物种的种群分化、遗传结构和谱系地理结构。结果表明,斑透翅蝉复杂的形态变异与高水平的遗传分化相一致。系统发育和单倍型网络分析表明,该种由两个主要支系组成,即中国和日本支系。在冰期,东海陆桥为该种的扩散通道,更新世的气候振荡和东亚地质结构都影响了该物种的种群分化和谱系地理形成。东海两岸的支系分化时间约在1.05 Ma（95%CI=0.80–1.30 Ma）,与“琉球珊瑚海阶段”海平面迅速上升的时间（0.2–1.3 Ma）大致相同。研究结果表明,各种群具有明显的谱系地理结构;中国分布的种群分化为较多的单倍群,具有较复杂的结构;秦岭山脉和四川盆地周围的山区是该物种在冰期时的主要避难所,而在秦岭北麓的种群发生了显着扩张;华东地区种群中单倍型和核苷酸多样性程度较高,表明较平坦的低海拔丘陵地形适合该种的生存。另外,形态变异、鸣声结构分析以及声学回放实验研究结果揭示出暗透翅蝉H.fuscata与斑透翅蝉H.maculaticollis为同一物种,前者为后者的次异名。2)黄蟪蛄Platypleura hilpa谱系地理研究:气候变化和地理事件对生物种群遗传结构改变具有重要影响作用。热带和亚热带地区从未被冰川覆盖过,因此气候变化和地理事件等对不同地区分布的物种产生的影响可能不同。本研究重点基于线粒体基因、核基因及微卫星标记,并综合采用生态学研究方法,分析了中国南部及越南东北部沿海地区的黄蟪蛄种群遗传结构、多样性及进化历史,并探讨了气候变化及地质事件对其演化的潜在影响。结果表明,该物种由5个主要支系组成,每个支系都具有几乎独特的谱系结构和单独的地理分布区。生态位模拟和多样性分析表明,其谱系地理形成与多种气候因素有关。基于分子数据的祖先区域重建结果表明,该物种在更新世发生了一次大的分化。生态位建模结果表明,在末次盛冰期（LGM）,其潜在分布区在华南地区明显扩大,并沿南海陆桥向南延伸,而雷州半岛的分布区基本保持稳定。华南地区的种群具有最高的遗传多样性,表明该地区气候稳定,但预计到2050年适宜生境会有所下降。更新世海平面的波动对该物种的遗传结构变化产生了深刻影响。与琼州海峡相比,北部湾是一个更重要的地理屏障,阻断了种群间的基因流动。这些结果进一步揭示了气候变化等因素对东亚沿海地区昆虫在自然演化和进化过程中的影响。3)合哑蝉Karenia caelatata分布格局及演化历史:横断山脉是生物多样性研究的热点地区,具有复杂而独特的地质结构。合哑蝉是分布于横断山脉、秦岭、巴山、云贵高原以及我国南岭地区的山地特有物种,发声机制独特（靠翅拍击腹板边缘发音）;其形态与鸣声（振翅音）在地理种群间呈现明显分化,是研究东亚地区山地昆虫物种形成机制和多样性分化的理想材料。本研究综合采用形态学、生物声学及分子生物学方法,探讨了合哑蝉的种群分化、遗传结构和谱系地理结构。结果表明,该物种多样的形态变异与高水平的遗传分化是一致的。系统发育、贝叶斯种群结构（BAPS）和单倍型网络分析显示,合哑蝉主要分为6个支系,各支系几乎形成各自独立的单倍群及地理分布区。鸣声结构分析表明,横断山脉、武夷山脉的种群与其它种群产生了显着的分化。分子测年与祖先位点重建结果表明,该物种的主要分化发生在上新世与更新世时期,该分化时间与横断山脉的隆起时期大致吻合（约3.0 Ma）,表明造山运动及气候变化等历史事件在推动横断山脉山地物种多样性形成方面具有重要作用;基因流分析结果表明,该物种起源于横断山脉,并向东扩散至大娄山（贵州高原）,向北扩散至邛崃山,再由邛崃山扩散到秦岭和巴山;多样化及种群分化分析结果一起反映了分布于横断山脉的种群存在较高的分化,该结果支持了“山脉隆升驱动型多样化”假说;生态位模拟表明该物种在末次盛冰期（LGM）的最适生境与现在的分布区基本一致（主要分布于横断山脉、秦岭、巴山山脉及南岭地区）,表明这些地区为该物种提供了冰期避难所。相关结果为研究东亚大陆复杂地质事件塑造物种多样性的机制提供新的重要信息。4)枯蝉S.yangi种群分化及谱系地理研究:地理隔离是导致物种形成的最重要因素之一。本研究基于线粒体基因和核基因数据分析了分布于中国西北黄土高原及周边地区枯蝉的遗传分化,并比较了该物种的雄性鸣声结构。结果表明,枯蝉各种群具有低水平的遗传分化和相对比较简单的谱系地理结构,但不同种群间的分化和谱系关系明显;分歧时间分析表明,该物种的地理分布格局与中国西北地区的冰期生物避难所分布基本一致,遗传分化时间和冰期与间冰期气候波动周期也基本吻合;贺兰山种群和其它种群的遗传分化最为显着,而且鸣声结构也与其它种群产生显着差异,贺兰山和周边地区的种群在末次盛冰期（LGM）出现种群扩张现象。地理隔离（如贺兰山周边的沙漠和半荒漠）与不同分布地的气候差异一起加速了种群分化过程。5)基于基因分型测序（GBS）技术的枯蝉S.yangi适应性进化研究:基于GBS数据,共检测到枯蝉平均7,216个单核苷酸多态性（SNPs）。种群结构分析结果表明,枯蝉各种群可被分为4个主要支系,且支系分化与寄主植物和生态环境明显相关,每个支系都具有较为独特的谱系结构和鸣声结构。不同种群的基因型和鸣声表型变异联合比较结果表明,根据地理距离与鸣声表型差异能很好地预测基因组的差异。鸣声表型变量和地理距离的空间自相关性分析表明,声音信号与地理距离联合起来可揭示种群间60%以上的基因组差异。与更新世冰期密切相关的地理屏障和气候波动是影响该物种种群遗传结构形成的主要因素,而寄主改变对其种群分化及早期物种形成具有重要推动作用,这为蝉科昆虫的物种形成机制研究提供一个很好的示例,有助于解析贺兰山及其周边地区特有物种的形成、分化、适应性微进化和谱系地理结构形成,并为进一步研究植食性昆虫遗传分化与表型变化的相关性及其对新寄主、生境的适应性进化研究提供参考。综上所述,本研究揭示出气候变化与重大地质历史事件是影响东亚地区蝉科昆虫多样性分化、物种形成及谱系地理结构的重要因素。另外,研究结果表明,综合采用形态学、分子生物学、生物声学和行为生态学等数据,可在解决长期阻碍蝉科昆虫系统学研究相关难题的同时,能进一步为深入开展东亚地区其它昆虫的物种分化、地理分布格局形成及谱系地理结构研究提供了新的重要信息。
袁柱[9]（2020）在《横断山脉地区蚯蚓分类及分化与扩散研究》文中指出横断山脉位于我国云南四川两省西部和西藏东南部的交接地带,其复杂的南北纵向高山峡谷地貌、丰富的地理环境和多变气候条件,促使该地区物种分化强烈,孕育着独特的生物区系,是全球生物多样性研究的热点地区之一,也是探讨生物学一些重要问题的关键地区,因而具有巨大的科学研究价值。但到目前为止,对横断山脉地区土壤动物,尤其是蚯蚓的研究却很少。蚯蚓作为最重要最古老的土壤无脊椎动物类群之一,在生态系统中具有十分重要的功能,且其地理分布格局受古地理事件影响明显,已成为系统发生生物地理学研究的理想模型。因此,深入了解横断山脉地区蚯蚓物种多样性形成机制和扩散分化规律,探讨该地区古地理变迁对蚯蚓地理分布格局和进化历程的影响,对该地区生物资源评估和保护具有重要科学意义,也对今后进一步研究我国蚯蚓的起源演化和遗传多样性提供一定的理论数据和科学参考。本研究系统调查采集了该地区157个采样点的蚯蚓样本,进行了详细的物种鉴定分类、地理分布格局、物种区系组成、分子系统发育、生物地理学和群体进化分析。主要研究结果如下:（1）结合形态特征和分子信息,发现并命名了64个蚯蚓新物种,丰富了中国蚯蚓物种多样性记录,补充完善了横断山脉地区蚯蚓名录。（2）该地区约81.2%的物种属于东洋种,少数物种属于古北种。在水平分布格局上,横断山脉东北部高纬度地区蚯蚓物种丰富度最高,其次是南部低纬度地区。在垂直分布格局上,随海拔高度的升高,蚯蚓物种数总体呈先升高后降低趋势,中高海拔地区物种丰富度最高。（3）巨蚓科、正蚓科和链胃蚓科物种之间的5基因联合序列（3993bp:COI-COII-12S r RNA-16S r RNA-ND1）平均遗传距离分别为29.19%、37.24%和36.55%。另外,各基因在物种水平上的平均遗传距离主要区间范围为10%-30%,在种群水平上的平均遗传距离区间范围为0.0%-5.0%。（4）参考进化树“顺序约定”规则和中国巨蚓科物种群划分,本研究以较高的枝间支持率（PP>0.9,BP>70）将系统进化树（BI树和ML树）根据分枝情况划分为8个物种群和1个单一物种（M405）,明确了该地区链胃蚓科、正蚓科和巨蚓科物种及物种群之间的发育进化关系。（5）分化时间估算分析结果显示,链胃蚓科与正蚓科、正蚓科与巨蚓科于三叠纪晚期分化开来,分化时间分别为215.84 MYA（95%HPD:200.03-226.31 MYA）和211.03 MYA（95%HPD:90.74-220.15 MYA）。在新生代早期印度板块与欧亚大陆板块首次碰撞,驱使了巨蚓科蚯蚓从横断山脉南部邻接西双版纳和缅甸的地方向北、向西扩散分化,分化时间在始新世晚期44.42 MYA（95%HPD:38.14-51.62 MYA）。通过生物地理学分析发现,该地区巨蚓科Group 2-8在新生代分化后可能经历了不同的演化历史（8次扩散和6次地理隔离）,古地理事件（欧亚大陆碰撞、青藏高原山体隆升、喜马拉雅板块移动、横断山脉自身山体隆升等）的发生在蚯蚓扩散分化过程中扮演着重要角色。（6）RAD-seq得到769,957 SNPs,通过系统进化树分析、主成分分析和群体遗传结构分析将该地区规整远盲蚓（Amynthas regularis sp.nov.）30个样本清晰的划分为三个谱系（lineage）群体G2、G3和G5,该结果与地理种群划分结果基本一致。G2、G3和G5谱系群体之间遗传分化指数(FST)分别为0.105、0.135和0.080,其中G3谱系群体遗传变异程度最高（θπ=0.118±0.037）,显着高于另外两个谱系群体。尽管三个谱系群体之间均有不同程度的遗传分化,但由于河流（怒江）的阻碍导致仅有G3向G2谱系群体基因交流迁移,而G2-G5谱系群体之间、G3-G5谱系群体之间均未发现基因交流现象,推测河流是影响该地区规整远盲蚓种群基因交流的主要地理隔离屏障。
刘婉桢[10]（2019）在《紫荆属的历史生物地理学研究》文中提出紫荆属（Cercis L.）隶属于豆科（Leguminosae）紫荆亚科（Cercidoideae）,为北半球洲际间断分布类群,东亚为该类群的主要分布区和可能的地理起源分化中心,因此是研究北半球洲际间断分布格局形成机制与探讨东亚类群在分布格局形成过程中作用的理想材料。本研究多方面渠道获取与筛选紫荆属分布点数据,实地采集东亚、中亚、南欧和北美的类群,以第二代测序技术简化基因组GBS方法为主,结合叶绿体基因组数据,重建紫荆属系统发育关系,检测紫荆属群体遗传多样性和群体遗传结构,探讨其群体进化历史,揭示物种形成和分化时间,从而探明东亚类群在间断分布格局形成过程中的作用和地位,进而阐明该属间断分布地理格局的形成机制及物种进化历史。本文主要研究结果如下:1.基于生态位模型预测紫荆属潜在适生区本研究收集和筛选紫荆属9个物种2个变种的分布点信息,结合末次间冰期、末次盛冰期、全新世中期和现代的环境变量数据,利用生态位模型Maxent软件进行潜在适生区预测。结果表明紫荆属在各地理区域具有多个冰期避难所,影响各类群地理分布的重要环境影响因子各有不同。其中,适应干旱环境的革氏紫荆（Cercis griffithii Boiss.）的分布格局主要与降水量有关,而广布种湖北紫荆（Cercis glabra Pampan.）和紫荆（Cercis chinensis Bunge.）的重要环境影响因子涉及范围较广,可能与其分布范围较广、适应性强有关。2.紫荆属的系统发育关系基于GBS数据和叶绿体基因组数据,重建紫荆属系统发育关系。结果表明,东亚的类群处于基部位置,中亚、北美和南欧的类群聚成一起。在东亚的类群中广西紫荆（Cercis chuniana Met C.）最早分化。垂丝紫荆（Cercis racemosa Olivar.）与湖北紫荆聚成一支,各自并非单系,表明两者间可能存在基因渐渗或杂交。叶绿体基因组和GBS数据的系统发育分析结果有所不同,其中在南欧紫荆（Cercis siliquastrum L.）分支中的来自南岭的黄山紫荆（Cercis chingii Chun.）可能发生了叶绿体捕获或受到人工栽培引种的影响,导致叶绿体基因组数据无法正确揭示其系统发育位置。中亚、北美和南欧之间的系统发育关系也不确定,这样有可能与叶绿体基因组母系遗传的特性相关。3.紫荆属的历史生物地理学基于GBS和叶绿体基因组数据,在系统发育的框架下,进行紫荆属历史生物地理学分析。结果表明紫荆属在东亚具有以下四个遗传多样性中心,包括南岭山地、罗霄山脉和东部山地。生态位模型也支持紫荆属在东亚具有多个冰期避难所。通过分化时间估算及祖先区域推测,同时结合地质历史事件和冰期气候波动、化石记录等,我们推测紫荆属自东亚起源与分化,分别通过白令陆桥与陆地迁移扩散到北美与中亚,北美类群则通过大西洋陆桥到达南欧。从中新世中期开始,由于中新世变冷事件、晚中新世干旱事件以及墨西拿盐度危机的多个地质气候事件的发生,导致各地理区域发生隔离,从而形成了东亚-中亚-南欧-北美的间断分布生物地理格局。4.广西紫荆群体进化历史基于GBS数据对广西紫荆（C.chuniana）进行群体进化历史分析。广西紫荆沿中国南部山脉呈现由东向西的地理分布特征,其群体主要分布于东部山地、武夷山脉、罗霄山脉和南岭地区。基于系统发育分析、群体遗传学分析,并结合地质历史事件和冰期气候波动,我们推测广西紫荆的冰期避难所位于南岭地区、罗霄山脉和武夷山脉。祖先区域重建的结果显示,广西紫荆祖先区域为东部山地的铜铃山。同时,由于主要山脉的地理隔离,广西紫荆各群体之间存在隔离分化。其中罗霄山脉的井冈山和南岭大东山的形成在群体进化过程当中起地理屏障作用,说明隔离分化机制是广西紫荆遗传多样性空间分布格局形成的主要原因。利用物种分化时间分析,广西紫荆群体的隔离分化事件大约发生于中新世早期的庐山-大姑间冰期。
二、浅谈生物地理学及替代分化生物地理学（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、浅谈生物地理学及替代分化生物地理学（论文提纲范文）
（1）新疆钩虾属分子系统学与生物地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 分子系统学研究进展 |
| 1.2 生物地理学研究进展 |
| 1.3 研究区域概况 |
| 1.4 钩虾属的研究进展 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 第二章 新疆钩虾属种类分类 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.3 钩虾属基本形态特征 |
| 2.2 物种描述 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 新疆钩虾属的分子系统学研究 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 总DNA提取 |
| 3.1.3 PCR扩增体系 |
| 3.1.4 目的片段的检测及测序 |
| 3.1.5 数据处理与分析 |
| 3.1.5.1 测序数据的处理与拼接 |
| 3.1.5.2 序列分析 |
| 3.1.5.3 系统发育分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 DNA序列分析 |
| 3.2.2 遗传距离分析 |
| 3.2.3 碱基替换饱和效应检验 |
| 3.2.4 系统发育树的构建 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 分子的方法界定物种 |
| 3.3.2 系统发育分析 |
| 第四章 新疆钩虾属的生物地理学研究 |
| 4.1 实验材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 分歧时间估算 |
| 4.1.3 祖先分布区重建 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 分歧时间估算 |
| 4.2.2 祖先分布区重建 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 不足与展望 |
| 参考文献 |
| 硕士期间发表论文 |
| 致谢 |
（2）中国鸟类生物地理学研究回顾与展望（论文提纲范文）
| 1 中国动物地理学简史 |
| 2 中国鸟类生物地理学的萌芽 |
| 3 中国鸟类动物地理区划的发展 |
| 3.1 中国鸟类特有种地理分布与特有化现象 |
| 3.2 台湾岛和海南岛与大陆鸟类区系的联系 |
| 3.3 岛屿鸟类区系调查与生物地理格局 |
| 4 中国鸟类多样性格局的形成与维持 |
| 4.1 地形异质性的影响 |
| 4.2 降水和能量的影响 |
| 4.3 气候稳定性假说 |
| 4.4 接触带假说 |
| 4.5“山区物种泵”（montane species-pump）假说 |
| 4.6“山区博物馆”（montane museum）假说 |
| 5 中国鸟类的谱系生物地理格局与形成机制 |
| 5.1 谱系生物地理学在生物地理学中的角色与作用 |
| 5.2 中国鸟类谱系地理研究历史 |
| 5.3 中国鸟类谱系地理格局与影响因素 |
| 5.4 鸟类谱系地理学的发展趋势 |
| 6 中国鸟类生物地理学研究的新进展和未来展望 |
| 6.1 谱系地理学发展催生新的学科生长点 |
| 6.2“地理格局-适应-基因”的组学研究，促进了对鸟类多样性格局形成机制的解析 |
（3）蚁甲亚科系统发育与生物地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1 章 绪论 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 研究概况 |
| 1.2.1 系统分类研究概况 |
| 1.2.2 蚁甲亚科化石记录与生物地理学研究 |
| 第2 章 蚁甲亚科系统发育研究 |
| 2.1 分子实验材料 |
| 2.1.1 分子实验材料准备 |
| 2.1.2 标本采集及处理 |
| 2.1.3 分子实验方法 |
| 2.1.4 PCR扩增体系 |
| 2.1.5 目的片段检测 |
| 2.1.6 序列编辑与分析 |
| 2.1.7 模型选择 |
| 2.1.8 分子系统进化关系重建 |
| 2.1.9 最大似然法(Maximum Likehood,ML)构建系统发育树 |
| 2.1.10 贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建系统发育树 |
| 2.2 形态学支序分析实验材料与方法 |
| 2.2.1 SEM标本的预处理 |
| 2.2.2 性状选择和编码 |
| 2.2.3 性状矩阵 |
| 2.2.4 支序分析模型选择以及系统发育关系重建 |
| 2.2.5 形态与分子联合构建系统发育关系 |
| 2.3 研究结果 |
| 2.3.1 基于分子数据构建系统发育树 |
| 2.3.2 基于形态学性状构建系统发育树 |
| 2.3.3 联合形态和分子构建系统发育树结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第3 章 蚁甲各超族生物地理学研究 |
| 3.1 实验材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 分子钟校订 |
| 3.2 生物地理学分析 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 分歧时间估算 |
| 3.3.2 历史生物地理演化 |
| 3.4 讨论 |
| 第4 章 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A:系统发育树的构建 |
| 附录 B:蚁甲亚科各超族整体图及特征图版 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（4）卫矛科南蛇藤属（Celastrus L.）系统发育和生物地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 1 研究进展及存在的问题 |
| 1.1 南蛇藤属分类学研究进展 |
| 1.1.1 南蛇藤属的范围界定 |
| 1.1.2 南蛇藤属的属下分类 |
| 1.1.3 南蛇藤属的形态学研究 |
| 1.2 生物地理学研究进展 |
| 1.2.1 生物地理学的两种假说 |
| 1.2.2 系统发育生物地理学 |
| 1.2.3 生物地理学研究模型及软件发展 |
| 1.3 存在的问题 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料及数据来源 |
| 2.2 植物总DNA提取、序列扩增及测序 |
| 2.3 数据处理 |
| 2.4 系统发育树构建及拓扑结构检验 |
| 2.5 性状选择、统计及祖先性状重建 |
| 2.6 分化时间估计和祖先分布区重建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 序列信息及检验 |
| 3.2 系统发育关系 |
| 3.3 祖先形态性状重建 |
| 3.4 分化时间与祖先分布区重建 |
| 4 讨论 |
| 4.1 系统发育关系 |
| 4.2 祖先性状重建 |
| 4.3 生物地理格局 |
| 4.3.1 南蛇藤属的起源与扩散 |
| 4.3.2 从东亚到中南美洲 |
| 4.3.3 从东亚到大洋洲,再到马达加斯加 |
| 4.3.4 从东亚到北美 |
| 5 结论及展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 枝相关形态学性状统计 |
| 附录B 叶相关性状统计 |
| 附录C 花相关性状统计 |
| 附录D 种子相关性状统计 |
| 附录E 果瓣、果梗、关节相关形态性状统计 |
| 附录F 祖先形态性状重建数据矩阵 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（5）砾玄参复合群（Scrophularia incisa complex）的系统发育与生物地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 砾玄参复合群研究概况 |
| 1.1.1 砾玄参复合群生物学特征及地理分布 |
| 1.1.2 砾玄参复合群亲缘地理学研究现状 |
| 1.2 生物地理学研究概述 |
| 1.2.1 生物地理学概述 |
| 1.2.2 谱系生物地理学 |
| 1.2.3 生物地理学研究意义 |
| 1.2.4 中亚、青藏高原、蒙古高原植物的生物地理学研究 |
| 1.3 叶绿体基因组学研究 |
| 1.3.1 叶绿体基因组研究概况 |
| 1.3.2 叶绿体基因组相关测序方法 |
| 1.3.3 叶绿体基因组的应用 |
| 1.4 简化基因组测序技术研究现状 |
| 1.4.1 简化基因组测序技术概述 |
| 1.4.2 简化基因组测序技术应用 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 第二章 基于叶绿体基因组的砾玄参复合群比较分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 基因组DNA提取及送测 |
| 2.2.2 基因组组装与注释 |
| 2.2.3 砾玄参复合群叶绿体基因组比较分析 |
| 2.2.4 砾玄参复合群系统发育分析 |
| 2.2.5 砾玄参复合群分歧时间估计 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 砾玄参复合群序列特征 |
| 2.3.2 叶绿体基因组比较分析 |
| 2.3.3 系统发育分析 |
| 2.3.4 分歧时间估算 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 砾玄参复合群基于简化基因组测序技术的群体遗传与生物地理学研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 酶切组合确定 |
| 3.1.2 简化基因组文库构建 |
| 3.1.3 数据处理 |
| 3.1.4 群体遗传研究 |
| 3.1.5 系统发育分析 |
| 3.1.6 生物地理学分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 最适酶切组合确定 |
| 3.2.2 文库构建与质检 |
| 3.2.3 数据处理评估 |
| 3.2.4 群体遗传研究结果 |
| 3.2.5 生物地理学分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 基于ENM模型的砾玄参复合群分布区模拟 |
| 4.1 方法 |
| 4.1.1 砾玄参复合群分布位点获取 |
| 4.1.2 气候图层获取 |
| 4.1.3 生态位模拟 |
| 4.1.4 适生区面积计算与比较分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附件 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 致谢 |
（6）我国淮河以北花鳅属鱼类系统学及生物地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 分类学史及现状 |
| 1.2 分子系统学概述 |
| 1.2.1 分子系统学的概念 |
| 1.2.2 分子标记的选择及应用 |
| 1.2.3 分子系统学研究方法及优点 |
| 1.3 生物地理学概述 |
| 1.3.1 历史生物地理学 |
| 1.3.2 系统发生生物地理学 |
| 1.4 鳅科鱼类及相关类群的划分 |
| 1.5 花鳅属鱼类的研究概况 |
| 1.6 本研究的内容及目的 |
| 第二章 我国淮河以北花鳅属鱼类分类整理 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 形态学数据 |
| 2.1.3 DNA的提取及Cyt b序列扩增 |
| 2.1.4 数据处理与分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 我国淮河以北花鳅属鱼类的生物地理学研究 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 数据来源 |
| 3.1.2 DNA的提取及PCR扩增 |
| 3.1.3 系统发育分析 |
| 3.1.4 分歧时间估算 |
| 3.1.5 生物地理学分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 系统发育分析 |
| 3.2.2 分歧时间的估算 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 我国淮河以北五个物种的种群遗传结构及谱系地理学研究 |
| 4.1 黑龙江花鳅种群遗传结构及种群历史分析 |
| 4.1.1 实验材料与方法 |
| 4.1.1.1 样本采集 |
| 4.1.1.2 DNA的提取及PCR扩增 |
| 4.1.1.3 数据处理及序列分析 |
| 4.1.2 结果 |
| 4.1.2.1 Cyt b基因序列特征与遗传多样性 |
| 4.1.2.2 黑龙江花鳅种群遗传结构 |
| 4.1.2.3 黑龙江花鳅单倍型系统发育树与单倍型网络 |
| 4.1.2.4 黑龙江花鳅种群动态分析 |
| 4.1.3 讨论 |
| 4.1.3.1 黑龙江花鳅种群遗传多样性 |
| 4.1.3.2 黑龙江花鳅种群遗传结构及遗传分化 |
| 4.1.3.3 黑龙江花鳅种群历史动态 |
| 4.1.3.4 黑龙江花鳅生物地理学过程 |
| 4.2 北方花鳅种群遗传多样性及种群历史分析 |
| 4.2.1 实验材料与方法 |
| 4.2.1.1 样本采集 |
| 4.2.1.2 DNA的提取及PCR扩增 |
| 4.2.1.3 数据处理及序列分析 |
| 4.2.2 结果 |
| 4.2.2.1 Cyt b基因序列特征与遗传多样性 |
| 4.2.2.2 北方花鳅种群遗传结构 |
| 4.2.2.3 北方花鳅单倍型系统发育树与单倍型网络 |
| 4.2.2.4 北方花鳅种群动态分析 |
| 4.2.3 讨论 |
| 4.2.3.1 北方花鳅种群遗传多样性 |
| 4.2.3.2 北方花鳅种群遗传结构及遗传分化 |
| 4.2.3.3 北方花鳅种群历史动态 |
| 4.1.3.4 北方花鳅生物地理学过程 |
| 4.3 花斑花鳅种群遗传多样性及种群历史分析 |
| 4.3.1 实验材料与方法 |
| 4.3.1.1 样本采集 |
| 4.3.1.2 DNA的提取及PCR扩增 |
| 4.3.1.3 数据处理及序列分析 |
| 4.3.2 结果 |
| 4.3.2.1 Cyt b基因序列特征与遗传多样性 |
| 4.3.2.2 花斑花鳅种群遗传结构 |
| 4.3.2.3 花斑花鳅单倍型系统发育树与单倍型网络 |
| 4.3.2.4 花斑花鳅种群动态分析 |
| 4.3.3 讨论 |
| 4.3.3.1 花斑花鳅种群遗传多样性 |
| 4.3.3.2 花斑花鳅种群遗传结构及遗传分化 |
| 4.3.3.3 花斑花鳅种群历史动态 |
| 4.3.3.4 花斑花鳅生物地理学过程 |
| 4.4 细长花鳅种群遗传多样性及种群历史分析 |
| 4.4.1 实验材料与方法 |
| 4.4.1.1 样本采集 |
| 4.4.1.2 DNA的提取及PCR扩增 |
| 4.4.1.3 数据处理及序列分析 |
| 4.4.2 结果 |
| 4.4.2.1 Cyt b基因序列特征与遗传多样性 |
| 4.4.2.2 细长花鳅种群遗传结构 |
| 4.4.2.3 细长花鳅单倍型系统发育树与单倍型网络 |
| 4.4.2.4 细长花鳅种群动态分析 |
| 4.4.3 讨论 |
| 4.4.3.1 细长花鳅种群遗传多样性 |
| 4.4.3.2 细长花鳅种群遗传结构及遗传分化 |
| 4.4.3.3 细长花鳅种群历史动态 |
| 4.4.3.4 细长花鳅生物地理学过程 |
| 4.5 瓦房店花鳅种群遗传多样性及种群历史分析 |
| 4.5.1 实验材料与方法 |
| 4.5.1.1 样本采集 |
| 4.5.1.2 DNA的提取及PCR扩增 |
| 4.5.1.3 数据处理及序列分析 |
| 4.5.2 结果 |
| 4.5.2.1 Cyt b基因序列特征与遗传多样性 |
| 4.5.2.2 瓦房店花鳅种群遗传结构 |
| 4.5.2.3 瓦房店花鳅单倍型系统发育树与单倍型网络 |
| 4.5.2.4 瓦房店花鳅种群动态分析 |
| 4.5.3 讨论 |
| 4.5.3.1 瓦房店花鳅种群遗传多样性 |
| 4.5.3.2 瓦房店花鳅种群遗传结构及遗传分化 |
| 4.5.3.3 瓦房店花鳅种群历史动态 |
| 4.5.3.4 瓦房店花鳅生物地理学过程 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
（7）抗癌药用植物鬼臼亚科的系统发育基因组学和生物地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 系统发育基因组学 |
| 1.1.2 生物地理学 |
| 1.1.3 东亚-北美东部间断分布植物区系 |
| 1.1.4 鬼臼亚科研究背景 |
| 1.2 未解决的关键科学问题 |
| 1.3 研究内容 |
| 1.3.1 揭示鬼臼亚科叶绿体基因组进化 |
| 1.3.2 重建鬼臼亚科系统发育关系 |
| 1.3.3 探讨鬼臼毒素通路中关键基因的进化 |
| 1.3.4 阐明鬼臼亚科物种形成的地史成因 |
| 1.3.5 比较东亚-北美东部姐妹类群的物种分化 |
| 1.4 研究目的 |
| 1.5 技术路线 |
| 第二章 鬼臼亚科比较叶绿体基因组研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 野外调查与采样 |
| 2.1.2 叶绿体基因组测序与组装 |
| 2.1.3 叶绿体基因组注释与结构比较 |
| 2.1.4 简单重复序列(SSR)和重复序列鉴定 |
| 2.1.5 高变区(Hypervariable regions)鉴定 |
| 2.1.6 鬼臼亚科系统发育分析 |
| 2.1.7 正选择分析 |
| 2.2 研究结果 |
| 2.2.1 鬼臼亚科叶绿体基因组组装、注释与比较 |
| 2.2.2 鬼臼亚科与其他毛茛目物种的叶绿体基因组比较 |
| 2.2.3 简单重复序列(SSR)鉴定 |
| 2.2.4 高变区(Hypervariable regions)鉴定 |
| 2.2.5 鬼臼亚科系统发育分析 |
| 2.2.6 正选择分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 鬼臼亚科叶绿体基因组比较 |
| 2.3.2 开发DNA条形码用于后续研究 |
| 2.3.3 自然选择下的mat K基因 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 系统发育基因组学研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 野外调查与采样 |
| 3.1.2 转录组测序与组装 |
| 3.1.3 直系同源基因鉴定 |
| 3.1.4 简单重复序列(SSR)开发 |
| 3.1.5 鬼臼亚科系统发育分析 |
| 3.1.6 Ks方法推断全基因组复制(WGD) |
| 3.1.7 Gene-count方法确定全基因组复制(WGD) |
| 3.1.8 CYP基因家族鉴定 |
| 3.1.9 基因树的构建与基因重复位置的确定 |
| 3.1.10 鬼臼毒素合成通路中基因的正选择分析 |
| 3.2 研究结果 |
| 3.2.1 转录组组装 |
| 3.2.2 直系同源基因鉴定 |
| 3.2.3 简单重复序列(SSR)开发 |
| 3.2.4 鬼臼亚科系统发育分析 |
| 3.2.5 全基因组复制 |
| 3.2.6 CYP基因家族进化 |
| 3.2.7 CYP基因家族在毛茛目中的同源基因鉴定 |
| 3.2.8 CYP基因重复事件 |
| 3.2.9 鬼臼毒素合成通路中基因的自然选择 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 鬼臼亚科系统发育关系 |
| 3.3.2 毛茛目的全基因组复制 |
| 3.3.3 鬼臼毒素合成通路中关键基因的进化 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 鬼臼亚科生物地理学研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 鬼臼亚科分化时间估算 |
| 4.1.2 鬼臼亚科祖先分布区重建 |
| 4.1.3 鬼臼亚科物种分化速率估算 |
| 4.1.4 鬼臼亚科祖先繁育系统性状重建 |
| 4.1.5 繁育系统性状对分化速率的影响 |
| 4.1.6 鬼臼亚科生态位分化分析 |
| 4.2 研究结果 |
| 4.2.1 鬼臼亚科分化时间估算 |
| 4.2.2 鬼臼亚科祖先分布区重建 |
| 4.2.3 鬼臼亚科物种分化速率估算 |
| 4.2.4 鬼臼亚科祖先繁育系统性状重建 |
| 4.2.5 繁育系统性状对分化速率的影响 |
| 4.2.6 鬼臼亚科生态位分化分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 青藏高原隆升和气候变化促使鬼臼亚科物种分化 |
| 4.3.2 繁育系统性状演化及其对鬼臼亚科物种分化的影响 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 东亚-北美东部姐妹类群的物种分化比较研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 野外调查与采样 |
| 5.1.2 RAD测序 |
| 5.1.3 过滤与组装 |
| 5.1.4 遗传结构分析 |
| 5.1.5 群体间的系统发育分析和谱系间的分化时间估算 |
| 5.1.6 生态位分析 |
| 5.2 研究结果 |
| 5.2.1 八角莲属的RAD组装 |
| 5.2.2 八角莲属的遗传结构分析 |
| 5.2.3 八角莲属的系统发育分析和谱系间分化时间估算 |
| 5.2.4 八角莲属的生态位分析 |
| 5.2.5 足叶草属的RAD组装 |
| 5.2.6 足叶草属的遗传结构分析 |
| 5.2.7 足叶草属系统发育分析和谱系间分化时间估算 |
| 5.2.8 足叶草属的生态位分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 八角莲属的物种分化 |
| 5.3.2 足叶草属的谱系分化 |
| 5.3.3 EA–ENA间断分布的姐妹类群 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间主要成果 |
| 致谢 |
（8）四种中国蝉科昆虫谱系地理学研究暨枯蝉适应性进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 生物地理学 |
| 1.1.1 生物地理学研究概况 |
| 1.1.2 谱系地理学研究概况 |
| 1.1.3 主要地质事件概况 |
| 1.1.4 岛屿生物地理学概况 |
| 1.1.5 第四纪冰期的潜在影响 |
| 1.2 分类学研究概况 |
| 1.2.1 分类学研究原理和现状 |
| 1.2.2 分子系统发生学的应用 |
| 1.2.3 简化基因组学的应用 |
| 1.3 物种、物种界定与物种形成 |
| 1.3.1 物种的基本概念 |
| 1.3.2 物种界定 |
| 1.3.3 物种形成 |
| 1.4 生物声学概述 |
| 1.4.1 生物声学概念 |
| 1.4.2 脊椎动物声学研究进展 |
| 1.4.3 昆虫声学研究进展 |
| 1.5 蝉科昆虫研究现状 |
| 1.5.1 中国蝉科昆虫代表种概述 |
| 1.5.2 蝉科昆虫谱系地理学研究概况 |
| 1.5.3 蝉鸣声在蝉科昆虫分类研究中的应用 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 第二章 斑透翅蝉Hyalessa maculaticollis整合分类与种群分化研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 样品及样品收集 |
| 2.2.2 形态学研究 |
| 2.2.3 目的DNA提取、扩增、测序 |
| 2.2.4 分子系统发育分析 |
| 2.2.5 遗传多样性、种群结构与种群空间分布动态分析 |
| 2.2.6 分歧时间评估 |
| 2.2.7 种群鸣声结构的比较分析 |
| 2.2.8 声音回放实验 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 斑透翅蝉H.maculaticollis和“H.fuscata”的形态变异 |
| 2.3.2 斑透翅蝉H.maculaticollis种群结构和系统发育关系 |
| 2.3.3 遗传多样性及种群动态 |
| 2.3.4 分歧时间估算 |
| 2.3.5 斑透翅蝉H.maculaticollis种内遗传距离与Hyalessa种间遗传距离 |
| 2.3.6 斑透翅蝉H.maculaticollis雄性鸣声结构分析与比较 |
| 2.3.7 斑透翅蝉H.maculaticollis与“H.fuscata”雄性鸣声结构比较 |
| 2.3.8 鸣声回放实验 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 形态变异与遗传变异 |
| 2.4.2 种群分化与谱系地理结构 |
| 2.4.3 种群历史动态 |
| 2.4.4 物种界定 |
| 第三章 黄蟪蛄Platypleura hilpa谱系地理研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 样本采集 |
| 3.2.2 目的DNA提取、扩增、测序及微卫星基因分型 |
| 3.2.3 系统发育分析 |
| 3.2.4 遗传多样性与遗传结构 |
| 3.2.5 分歧时间评估 |
| 3.2.6 种群历史动态分析和种群结构分析 |
| 3.2.7 随时间变化的多样化率 |
| 3.2.8 祖先的地区重建 |
| 3.2.9 生态位建模(ENM)和关键环境变量 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 多样性指数和中立性检验 |
| 3.3.2 系统发育与遗传结构 |
| 3.3.3 分歧时间估算 |
| 3.3.4 种群历史动态 |
| 3.3.5 遗传距离及Fst值 |
| 3.3.6 微卫星多样性与种群结构 |
| 3.3.7 祖先位点重建 |
| 3.3.8 当前、过去和未来的生态位模型 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 遗传多样性与谱系地理结构的关系 |
| 3.4.2 气候变化对海南岛及其邻近大陆种群遗传分化的影响 |
| 3.4.3 蝉在海洋中的长距离扩散 |
| 3.4.4 种群历史动态 |
| 3.4.5 基于ENM证据的气候和环境变化的潜在影响 |
| 第四章 合哑蝉Karenia caelatata分布格局及演化历史 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方 |
| 4.2.1 样品收集、DNA提取、扩增、测序 |
| 4.2.2 形态学研究 |
| 4.2.3 系统发育分析 |
| 4.2.4 遗传多样性、种群结构 |
| 4.2.5 种群鸣声结构的比较分析 |
| 4.2.6 分歧时间评估及祖先区域重建 |
| 4.2.7 种群历史动态及种群基因流动 |
| 4.2.8 生态位建模(ENM)和关键环境变量 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 合哑蝉K.caelatata形态变异 |
| 4.3.2 系统发育关系和种群结构 |
| 4.3.3 振翅声分析与比较 |
| 4.3.4 遗传多样性及遗传距离 |
| 4.3.5 分歧时间评估及祖先区域重建 |
| 4.3.6 种群历史动态、多样化及种群基因流动 |
| 4.3.7 当前和过去的生态位模型 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 表型分化与遗传分化 |
| 4.4.2 山脉隆升作用的影响 |
| 4.4.3 种群多样化模式 |
| 第五章 枯蝉Subpsaltria yangi种群分化及谱系地理研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.0 样品及样品收集 |
| 5.2.1 目的DNA提取、扩增、测序 |
| 5.2.2 系统发育分析 |
| 5.2.3 系统发育分析 |
| 5.2.4 遗传多样性、种群结构与种群空间分布动态分析 |
| 5.2.5 分歧时间评估 |
| 5.2.6 种群鸣声结构的比较分析 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 序列特征 |
| 5.3.2 系统发育关系和种群结构 |
| 5.3.3 种群动态分析 |
| 5.3.4 遗传距离 |
| 5.3.5 分歧时间的评估 |
| 5.3.6 种群间的鸣声结构比较 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 枯蝉种群分化的形成因素 |
| 5.4.2 两种进化速率造成的分歧时间差异 |
| 5.4.3 分子方差分析(AMOVA)多样化 |
| 第六章 基于基因分型测序(GBS)技术的枯蝉Subpsaltria yangi适应性进化研究 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料和方 |
| 6.2.1 样本收集和寄主植物调查 |
| 6.2.2 目的DNA提取、SNP检测、基因型与多态性分析 |
| 6.2.3 系统发育及种群结构分析 |
| 6.2.4 分歧时期估算、多样化及祖先位点重建 |
| 6.2.5 种群历史动态分析 |
| 6.2.6 生态位建模(ENM)和关键环境变量 |
| 6.2.7 种群鸣声结构的比较分析 |
| 6.2.8 环境、地理距离、鸣声表型和寄主与遗传分化的关系 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 测序分析、SNP检测和过滤 |
| 6.3.2 单倍型网络、系统发育、主成分分析和种群结构 |
| 6.3.3 分歧时间、多样化的评估及祖先位点重建 |
| 6.3.4 种群历史动态 |
| 6.3.5 种群间的鸣声结构比较 |
| 6.3.6 当前、过去和未来的生态位模型 |
| 6.3.7 环境变量、鸣声表型、地理距离、寄主植物与遗传分化的相关性 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 地理隔离促进种群分化 |
| 6.4.2 寄主植物差异对种群分化的影响 |
| 6.4.3 种群基因组结构和表型分化 |
| 6.4.4 遗传多样性比较 |
| 第七章 总结与展望 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 主要创新点 |
| 7.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（9）横断山脉地区蚯蚓分类及分化与扩散研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 横断山脉概况 |
| 1.1.1 横断山脉地理位置 |
| 1.1.2 横断山脉气候特点 |
| 1.1.3 横断山脉生物多样性 |
| 1.2 蚯蚓分类与进化研究现状 |
| 1.2.1 蚯蚓分类研究进展 |
| 1.2.2 蚯蚓分子系统发育研究进展 |
| 1.2.3 蚯蚓群体进化研究进展 |
| 1.3 简化基因组测序技术研究现状 |
| 1.3.1 简化基因组测序技术 |
| 1.3.2 RAD-seq在群体进化中的应用 |
| 1.4 横断山脉地区蚯蚓分类与进化研究现状 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 1.6 研究内容与技术路线 |
| 1.6.1 研究内容 |
| 1.6.2 技术路线 |
| 第二章 横断山脉地区蚯蚓分类研究和地理分布格局分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 横断山脉地区物种组成分析 |
| 2.2.2 横断山脉地区蚯蚓名录 |
| 2.2.3 横断山脉地区新物种描述 |
| 2.2.4 横断山脉地区蚯蚓地理区系分析 |
| 2.2.5 横断山脉地区蚯蚓地理分布格局分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 横断山脉地区蚯蚓系统发育和生物地理学分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 基因序列特征分析 |
| 3.2.2 基因序列饱和性分析 |
| 3.2.3 基因遗传距离分析 |
| 3.2.4 系统发育分析和分化时间估算 |
| 3.2.5 生物地理学分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 横断山脉地区蚯蚓群体进化分析(以规整远盲蚓为例) |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 测序数据统计和质量评估 |
| 4.2.2 群体系统发育分析 |
| 4.2.3 群体遗传多样性分析 |
| 4.2.4 基因流分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 总结和展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间已发表或录用的论文 |
| 致谢 |
| 附录一 采样点信息 |
| 附录二 已提交的基因序列登录号 |
| 附录三 基于5 基因构建横断山脉地区蚯蚓ML树 |
| 附录四 基于BI树估算的分化时间最大置信树 |
| 附录五 GROUP4 中各CLUSTER系统进化树和分化时间估算 |
| 附录六 Group 7 中各 Cluster 系统进化树和分化时间估算 |
| 附录七 Group 8 中各 Cluster 系统进化树和分化时间估算 |
| 附录八 RAD测序数据产出统计 |
| 附录九 RAD TAG统计 |
| 附录十 序列比对率和覆盖深度统计 |
（10）紫荆属的历史生物地理学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 国内外研究现状 |
| 1.1.1 北半球洲际间断分布格局的理论基础 |
| 1.1.2 历史生物地理学的研究方法和进展 |
| 1.2 紫荆属研究现状及存在的历史生物地理学问题 |
| 1.2.1 物种介绍 |
| 1.2.2 紫荆属基因组学研究 |
| 1.2.3 紫荆属相关研究进展 |
| 1.3 本研究的目的及意义 |
| 第二章 野外采集与采样 |
| 2.1 收集与筛选分布点数据 |
| 2.2 实地采样与调查 |
| 2.3 野外采样信息总结 |
| 第三章 方法 |
| 3.1 基于生态位模型预测紫荆属潜在适生区研究 |
| 3.1.1 分布点数据收集 |
| 3.1.2 环境变量数据收集 |
| 3.1.3 Maxent |
| 3.1.4 结果处理 |
| 3.2 基于叶绿体基因组的紫荆属生物地理学分析 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 DNA提取 |
| 3.2.3 叶绿体基因组测序,组装,拼接和注释 |
| 3.2.4 系统进化树 |
| 3.2.5 时间树分析 |
| 3.2.6 祖先区域重建 |
| 3.2.7 多样化速率分析 |
| 3.3 基于GBS数据的广西紫荆群体遗传学分析 |
| 3.3.1 材料 |
| 3.3.2 DNA提取、送样与样品检测 |
| 3.3.3 GBS简化基因组建库测序与变异检测 |
| 3.3.4 SNP数据质量检测 |
| 3.3.5 群体遗传多样性分析 |
| 3.3.6 群体多样性参数分析 |
| 3.3.7 基因交流情况分析 |
| 3.3.8 群体进化动态分析 |
| 3.4 基于GBS的紫荆属历史生物地理学分析 |
| 3.4.1 材料 |
| 3.4.2 DNA提取、送样与样品检测 |
| 3.4.3 GBS简化基因组建库测序与变异检测 |
| 3.4.4 SNP数据质量检测 |
| 3.4.5 群体遗传多样性分析 |
| 3.4.6 群体多样性参数分析 |
| 3.4.7 基因交流情况分析 |
| 3.4.8 群体进化动态分析 |
| 第四章 结果 |
| 4.1 基于生态位模型预测紫荆属潜在适生区研究 |
| 4.1.1 精度检测 |
| 4.1.2 湖北紫荆结果 |
| 4.1.3 紫荆结果 |
| 4.1.4 垂丝紫荆结果 |
| 4.1.5 黄山紫荆结果 |
| 4.1.6 广西紫荆结果 |
| 4.1.7 革氏紫荆结果 |
| 4.1.8 南欧紫荆结果 |
| 4.1.9 加拿大紫荆原种结果 |
| 4.1.10 加拿大紫荆墨西哥变种结果 |
| 4.1.11 加拿大紫荆德克萨斯州变种结果 |
| 4.1.12 美西紫荆结果 |
| 4.2 基于叶绿体基因组紫荆属生物地理学分析 |
| 4.2.1 对紫荆属叶绿体基因组组装结构验证 |
| 4.2.2 叶绿体基因组基本特征统计 |
| 4.2.3 系统发育学分析 |
| 4.2.4 时间树分析 |
| 4.2.5 祖先区域重建 |
| 4.2.6 多样化速率分析 |
| 4.3 基于GBS数据的广西紫荆群体遗传学分析 |
| 4.3.1 广西紫荆样品群体分布情况 |
| 4.3.2 数据处理结果 |
| 4.3.3 群体遗传多样性分析 |
| 4.3.4 群体多样性参数分析 |
| 4.3.5 基因交流情况分析 |
| 4.3.6 群体进化动态分析(生物地理学分析) |
| 4.4 基于GBS的紫荆属全球生物地理学分析 |
| 4.4.1 全球紫荆属样品群体分布情况 |
| 4.4.2 数据处理结果 |
| 4.4.3 群体遗传多样性分析 |
| 4.4.4 群体多样性参数分析 |
| 4.4.5 基因交流情况分析 |
| 4.4.6 群体进化动态分析(生物地理学分析) |
| 第五章 讨论 |
| 5.1 基于生态位模型预测紫荆属潜在适生区 |
| 5.1.1 冰期避难所 |
| 5.1.2 环境影响因子对紫荆属物种空间分布格局的影响 |
| 5.2 紫荆属系统发育关系重建 |
| 5.3 紫荆属历史生物地理学分析 |
| 5.3.1 紫荆属遗传多样性中心 |
| 5.3.2 紫荆属洲际间断分布格局的形成机制 |
| 5.4 广西紫荆群体进化历史 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
四、浅谈生物地理学及替代分化生物地理学（论文参考文献）
- [1]新疆钩虾属分子系统学与生物地理学研究[D]. 张葵. 华中农业大学, 2021(02)
- [2]中国鸟类生物地理学研究回顾与展望[J]. 雷富民,宋刚,蔡天龙,屈延华,贾陈喜,赵义方,张德志. 动物学杂志, 2021(02)
- [3]蚁甲亚科系统发育与生物地理学研究[D]. 赵庆豪. 上海师范大学, 2021(07)
- [4]卫矛科南蛇藤属（Celastrus L.）系统发育和生物地理学研究[D]. 朱艺璇. 北京林业大学, 2020(02)
- [5]砾玄参复合群（Scrophularia incisa complex）的系统发育与生物地理学研究[D]. 高静. 浙江理工大学, 2020(06)
- [6]我国淮河以北花鳅属鱼类系统学及生物地理学研究[D]. 张慧. 河北大学, 2020(08)
- [7]抗癌药用植物鬼臼亚科的系统发育基因组学和生物地理学研究[D]. 叶文清. 浙江大学, 2020(08)
- [8]四种中国蝉科昆虫谱系地理学研究暨枯蝉适应性进化研究[D]. 刘云祥. 西北农林科技大学, 2020
- [9]横断山脉地区蚯蚓分类及分化与扩散研究[D]. 袁柱. 上海交通大学, 2020(01)
- [10]紫荆属的历史生物地理学研究[D]. 刘婉桢. 华南农业大学, 2019